Разработка всех этих разделов психологии стала одной из главных задач дальнейшей творческой деятельности Бехтерева. Эта работа проводилась им главным образом на основании материалов, полученных в научных учреждениях Психоневрологического института.
В Психоневрологическом институте работали профессора и преподаватели, которые хотели вырваться из атмосферы казенщины и бюрократизма, царивших в государственных учебных заведениях. Здесь они могли излагать студентам материал, выходящий подчас далеко за рамки утвержденного министерством народного просвещения учебного плана, делились со студентами новейшими достижениями науки, обменивались с ними мыслями о социально-политической обстановке в стране, не опасаясь вмешательства каких-нибудь инспекторов, штаб-офицеров и иных подобных им чиновников от воспитания.
Жалованья в Психоневрологическом институте платили меньше, чем в университете и тем более — в Военно-медицинской академии, но работать здесь было интереснее. К тому же студенческая масса, более демократическая по происхождению и устремлениям, проявляла живую заинтересованность в занятиях. А когда власти пытались помешать общественной жизни института, студенты и преподаватели выступали единым фронтом.
Уже в 1909 году более 30 процентов профессоров и преподавателей Психоневрологического института числились в департаменте полиции как «лица неблагонадежные в политическом смысле». Так, например, профессор П. Ф. Лесгафт был «известен своей политической неблагонадежностью еще с 1871 года». Возглавляемые им Биологические курсы, с точки зрения полиции, являлись «одним из центров революционной агитации в столице, оказывая на слушателей своих вредное влияние, вселяя в них революционную убежденность».
Бывший депутат Государственной думы профессор M. M. Ковалевский «был связан еще с народовольцами, принимал участие в деятельности нелегальных съездов в августе 1905 года» и в полицейских досье характеризовался как «человек крайне либерального образа мыслей».
Литератор профессор В. А. Мяконин в течение трех лет находился под гласным надзором полиции. Во время революции 1905 года он был «в составе комитета по руководству действиями всех подпольных организаций, направленными к ниспровержению самодержавной власти, вместе с литератором Пешковым (М. Горьким). Он же призывал избирать в Государственную думу представителей левых партий, рекомендуя при этом не слагать оружия, пока народ не добьется полной победы».
Математик профессор В. И. Бауман, родственник агента «Искры» большевика Н. Э. Баумана, убитого черносотенцами в Москве в октябре 1905 года, отличался «крайне политической неблагонадежностью и хранил революционную литературу по рабочему движению».
На профессора-невропатолога М. П. Никитина в полиции имелось досье, в котором указывалось, что он когда-то занимался пропагандистской деятельностью среди рабочих Нижнего Новгорода. О докторе медицины А. П. Щеглове было известно, что он тесно контактировал с петербургскими революционными кружками. Профессор-филолог К. Ф. Жаков у себя дома устраивал собрания студентов, на которых обсуждались вопросы, «далеко выходившие за пределы языкознания и филологии, носившие политическую окраску».
В полицейских документах указывалось на то, что преподаватели и студенты Психоневрологического института «в громадном большинстве, как можно судить по постоянным их выступлениям, отличаются ярко революционным настроением». Градоначальник Петербурга докладывал министру внутренних дел, что в возглавляемом Бехтеревым институте «существует целый ряд разрешенных его Советом студенческих организаций, таких, как кружок имени Н. К. Михайловского (партия социал-революционеров) и философско-экономический кружок (партия социал-демократов). Кроме того, среди слушателей и слушательниц совершенно открыто действуют три революционных кружка: 1. Народников (партия социал-революционеров), имеющий свой периодический орган «Листок студентов-психоневрологов»; 2. Марксистов (социал-демократическая партия), пользующийся тем же печатным органом; 3. Радикал-автономистов, который также издает собственную газету под названием «Отклики нашей жизни», ставит себе главной целью отстаивание полной автономии высшей школы… Вполне понятно при таких условиях, что не было ни одного политического события, на которое слушатели и слушательницы института не реагировали бы в революционном направлении».
В донесении градоначальника отмечалось также, что руководство института и его президент Бехтерев «неизменно обнаруживают полную неспособность или явное нежелание прекращать или предупреждать подобного рода выступления. В частности, по постановлению совета министров от 3 января 1911 года о временном запрещении студенческих собраний не подчинилось одно только управление Психоневрологического института».
Полиции было известно, что 7 сентября 1911 года в здании института на Невском проспекте под председательством профессора Венгерова состоялся вечер, посвященный памяти Л. Н. Толстого, с участием более тысячи человек, «на коем некоторыми ораторами произнесены были речи тенденциозного содержания, причем один из говоривших призывал всех собраться на Казанской площади для устройства демонстрации с целью выражения протеста против смертной казни. Год спустя в одной из аудиторий нового здания института за Невской заставой была проведена массовая студенческая сходка, сопровождающаяся резкими противоправительственными выходками и призывами к ведению пропаганды среди фабричных рабочих. 19 октября 1912 года проходило собрание студентов и преподавателей института, «посвященное изложению сущности марксизма». Сходка 1500 студентов и преподавателей 24 октября завершилась «резкой резолюцией против осуждения членов Государственной думы второго созыва и пением революционного похоронного марша». Кроме того, в полицейских документах указывалось, что в Психоневрологическом институте беспрепятственно распространяются противоправительственные прокламации, что студенты института часто принимали участие «в уличных беспорядках», в частности в событиях, возникших в связи с Ленским расстрелом, в в Первомайских демонстрациях и еще многое в том же роде.
Во «всеподданнейшем отчете» санкт-петербургского градоначальника за 1912 год отмечалось, что в Психоневрологическом институте существует «определенно выраженное противоправительственное направление как преподавательского его персонала, так и всего состава слушателей». Подчеркивалось также «вредное влияние этого института на другие высшие учебные заведения столицы и на рабочее население района, где расположено названное учреждение». Император Николай II внимательно ознакомился с донесением и на полях его написал: «Какова польза от этого института для России? Желаю иметь обоснованный ответ».
Царская фраза наглядно демонстрировала отношение правящих кругов к Психоневрологическому институту и его президенту. Она развязывала руки министру народного просвещения Кассо, давно уже лелеявшему мечту ликвидировать ненавистное ему научно-учебное учреждение, которое он рассматривал не иначе как «гнездо революционной демократии».
Над Психоневрологическим институтом явно сгущались тучи, но президент его продолжал интенсивно работать. Ввиду большой занятости организационными обязанностями, лечебной и педагогической работой научные статьи и книги Бехтерев писал вечерами, нередко засиживаясь и до глубокой ночи. Работе он отдавал и дни отдыха.
К тому времени Бехтеревы приобрели дачу на Черноморском побережье за Туапсе. Ею широко пользовались родственники, но самим ее хозяевам выбираться туда удавалось редко. А вот за несколько лет до того построенную на берегу Финского залива другую дачу — ей в семье дали имя «Тихий берег» — Бехтеревы зачастую посещали по воскресеньям и в праздничные дни. Но и здесь Владимир Михайлович больше работал, чем отдыхал. Как писала его дочь Екатерина Владимировна, дети «никогда не видели отца вне целенаправленной деятельности». Его постоянная занятость не давала ему возможности поддерживать связи со старыми друзьями, поскольку времени хватало только для контактов, имевших общественный характер.