Торжественное заседание в связи с созданием Попечительства состоялось в декабре 1909 года во время III съезда отечественных психиатров. В работе этого заседания приняли участие и делегаты съезда. Академик Бехтерев выступил в этот день с докладом «О положении душевнобольных в России». Попечительство взяло на себя сбор средств на нужды душевнобольных и больных нервными заболеваниями. Часть этих средств должна была расходоваться на строительство и содержание клиник при Психоневрологическом институте, призванных обеспечить «не только призрение, но и изучение причин развития и распространения душевных и нервных заболеваний». Фонды попечительства пополнялись за счет пожертвований, благотворительных вечеров, членских взносов… Бехтерев передал Попечительству собственные деньги, заработанные во время частного приема больных, который проводился им регулярно по четвергам. Плата за консультацию была строго определенной и составляла 20 рублей. В 1911 году с разрешения Петербургского митрополита для нужд Попечительства деньги собирали в церквах. Попечительство о душевных и нервных больных стало массовой всероссийской организацией. В него вступали люди, живущие в разных концах страны. Бехтерев входил в число почетных членов Попечительства.
Большое значение Бехтерев придавал созданному по его предложению «Обществу вспомоществования нуждающимся студентам Психоневрологического института». Оно выдавало нуждающимся единовременные или постоянные пособия (беспроцентные ссуды), занималось подысканием работы для неимущих студентов, проявляло заботу о заболевших и принимало различные меры «по удешевлению жизни студентов в столице». Средства общества состояли из пожертвований, членских взносов, возвращенных ссуд, из доходов за организуемые концерты, спектакли, публичные лекции и пр. Членами общества являлись практически все преподаватели института и немало лиц, не состоявших в его штате. Чтобы считаться членом общества, достаточно было вносить ежегодно по три рубля или же внести единовременно не менее 100 рублей. Тщеславие жертвователей подогревал установленный порядок: единовременный взнос в триста рублей обеспечивал звание почетного члена общества, а начиная со взноса в пятьсот рублей и больше, жертвователь получал право на ношение на часовой цепочке специально установленного жетона. Такие правила играли на суетности толстосумов, но — как бы то ни было — эта не слишком привлекательная черта человеческого характера позволяла пополнять фонд общества. А выигрывали в результате студенты.
Для оказания студентам медицинской помощи в штате института состояли врачи, проводившие регулярные приемы. Лекарства студентам продавались со скидкой в 25 процентов. Имел институт и штатного юрисконсульта.
Материальная база института постепенно укреплялась. Библиотеки скончавшихся профессоров-психиатров И. М. Балинского и В. X. Кандинского, переданные институту в дар их родственниками, легли в основу Фундаментальной библиотеки.
С каждым годом в институте возрастало число студентов. Уже с 1909 года секции института были преобразованы в факультеты: педагогический с естественно-историческим и словесно-историческим отделениями, юридический и медицинский.
Наряду с интенсивной учебной работой сотрудники Психоневрологического института все в большем объеме занимались исследованиями научного характера. Бехтерев и его помощники много делали для создания при Психоневрологическом институте специализированных научных учреждений. Первым из них стал Педологический институт (педология — учение о детях), задуманный Бехтеревым еще в 1903 году, как «педологический отдел для экспериментальных и иных исследований в области воспитания». Его созданию содействовал меценат В. Т. Зимин, предложивший Бехтереву в сентябре 1907 года 52 тысячи рублей на учреждение, имеющее целью «изучение человека как предмета воспитания», и, кроме того, изъявивший желание передать в ведение Психоневрологического института небольшой интернат, уже устроенный им для этой цели. Из пожертвованных средств 30 тысяч рублей Зимин предназначал для организации особого фонда имени К. Д. Ушинского, на проценты от которого в Педологическом институте должно было содержаться трое воспитанников, остальные 22 тысячи предназначались для строительства нового здания Педологического института. Совет Психоневрологического института 12 сентября решил принять пожертвования Зимина и согласиться на выдвинутые им условия. Созданный таким образом Педологический институт временно возглавил сам Бехтерев. С марта 1910 года директором этого института был назначен приват-доцент К. И. Поварнин. В нем работали профессора А. Н. Шкарин и П. Ф. Коптеров, врачи И. Н. Спиртов, Г. Е. Шумков, Ю. Н. Болдырева. В число попечителей, помимо Зимина, входила дочь Бехтерева Ольга (в замужестве Никонова). После смерти Зимина попечительским советом института руководил Бехтерев.
В пансионат при институте принимались только здоровые дети не старше семи лет, имеющие здоровых родителей. Срок их содержания в пансионе устанавливался не менее десяти лет. Часть детей содержалась за счет частных стипендий, остальные за определенную плату, взимаемую с родителей. До постройки собственного здания Педологический институт располагался на Нюстадской улице. Летом воспитанники жили на даче на берегу Финского залива.
В 1910 году при Психоневрологическом институте открылись Криминологический и Психиатрический институты. Для изучения преступности в детском возрасте было получено разрешение проводить научные исследования в земледельческой колонии для малолетних преступников под Петербургом.
В Психоневрологическом институте систематически проводились административные и научные заседания Совета. В научных заседаниях принимали участие не только профессора и преподаватели, но и студенты. Нередко их посещали сотрудники и студенты университета, Военно-медицинской академии и других учебных заведений Петербурга.
Состав студентов и преподавателей Психоневрологического института определял демократический характер установившихся в нем порядков. Дисциплина в институте строилась на сознательном отношении к делу. Многие преподаватели охотно общались со студентами и во внеучебное время. Уже в 1909 году в институте работали студенческие учебно-образовательные кружки, созданные по решению Совета: научно-педагогический, историко-философский, философско-социологический и многие другие. Помимо преподавателей, с членами кружков занимались такие известные деятели культуры, как М. Горький, А. Ф. Кони, И. Е. Репин.
Начиная с 1908 года в России активизировалось движение за единение славян. Когда первая русская революция оказалась подавлена и либеральная интеллигенция убедилась в невозможности создания всенародного братства внутри своей страны, ввиду непримиримого антагонизма между эксплуатируемыми и эксплуататорами, жаждущая активной дяетельности общественность вновь обратила свои взоры на «младших братьев» — славянские народы.
В 1909 году в Петербурге при активном участии Бехтерева было создано Общество славянского научного единения. Бехтерев стал президентом этого общества. В состав возглавляемого им комитета входили профессора Ваганов, Фортунатов, Шахматов, Погодин, Ковалевский и другие. Василеостровскую часть комитета возглавлял лингвист академик Шахматов, на квартире которого у Дворцового моста обычно и собирались руководители общества и засиживались там подчас до поздней ночи, горячо обсуждая проблемы единения с коллегами из славянских стран. Единение народов, правда, мыслилось ими не на классовой и не на политической, а на национальной, научной и даже просто языковой основе.
Как бы там ни было, но после 1908 года, когда в Праге состоялся съезд сторонников единения славян, движение за укрепление «духовных связей» между славянскими народами ширилось, и Бехтерев оказался одним из его признанных лидеров. В мае 1910 года на Подготовительном славянском съезде в Софии он выступил с большим программным докладом «Вопросы славянского научно-литературного единения в связи с культурным их сближением».
