В 1875 году начальником Медико-хирургической академии назначили А. М. Быкова, в прошлом заместителя главного военно-медицинского инспектора. Это был человек откровенно реакционных взглядов, которые, однако, умело маскировал, равно как и истинное, обычно пренебрежительное отношение к тем, кто стоял ниже его. Быков не раз пытался вступать в переговоры со студентами, но доверием у них не пользовался, так как слова его часто расходились с делами. О нем говорили: «Мягко стелет, да жестко спать». Именно в тот период, когда пост начальника академии занимал Быков, по отношению к студентам стали особенно часто применяться жесткие меры (исключение, высылка из Петербурга, аресты).
Конференция профессоров, прекратившая было свое существование, с февраля 1875 года возобновила свою работу. Отношения ее с комиссией определялись временной инструкцией. Комиссия, председатели которой периодически заменялись, просуществовала семь лет, при этом роль ее в управлении академией постепенно уменьшалась.
В мае 1876 года студенты выразили недоверие секретарю комиссии и Конференции профессору Ланцерту. Вгорячах он подал заявление об отставке, но вскоре потребовал его вернуть, ссылаясь на то, что делает это в соответствии с просьбой депутации студентов; к этому времени начались студенческие каникулы. Когда же в сентябре студенты возвратились в академию, они пришли в аудиторию, в которой Ланцерт собирался читать лекцию, и встретили его невообразимым шумом и выкриками «лжец», «долой»; в Ланцерта полетели всевозможные предметы. Появившийся в сопровождении инспекторов начальник академии Быков безуспешно пытался успокоить студентов. Инспекция тем временем составила список из 33 студентов, особенно активно выступавших против Ланцерта. Все они на следующий день были исключены из академии.
Ланцерту тем не менее пришлось уйти с занимаемых им постов в комиссии и Конференции, однако заведующим кафедрой он оставался вплоть до 1880 года.
6 декабря 1876 года студент четвертого курса Медико-хирургической академии Владимир Бехтерев с группой товарищей принимал участие в первой совместной демонстрации рабочих и студентов, на которой выдвигались политические требования. Демонстрация происходила на Невском проспекте у Казанского собора. С речью перед собравшимися выступил студент Горной академии Георгий Плеханов, который в то время представлял тайное революционное общество народников, ставившее перед собой задачу объединения разрозненных революционных сил для решительной борьбы с самодержавием. Плеханов тогда сказал: «Наше знамя — их знамя; на нем написано: «Земля и воля крестьянину и работнику. Вот оно. Да здравствует земля и воля!» В этот момент взобравшийся на плечи товарищей молодой рабочий Яков Потапов развернул красное знамя с надписью. В. И. Ленин расценивал позже эту демонстрацию как первую социально-революционную демонстрацию в России. Демонстрация была разогнана полицией и жандармами, несколько десятков студентов и рабочих при этом оказались арестованы, а в последующем приговорены к ссылке или каторге. Бехтереву ареста удалось избежать. Вспоминая в «Автобиографии» свои студенческие годы, Бехтерев на склоне своих лет напишет: «Какой-то счастливый рок спас меня от ареста и других последствий суровой Немезиды, которые постигли многих из моих сородичей и ближайших товарищей».
В той же «Автобиографии» Бехтерев укажет и на то, что уже к четвертому курсу обучения в академии он избрал свою будущую профессию — нервные и душевные болезни, потому что именно эта специальность казалась ему «из всех медицинских наук того времени наиболее тесно связанной с общественностью и, кроме того, увлекала вопросами о познании личности, связанными с глубокими философскими проблемами…». Нервные болезни привлекали его, кроме того, «точностью диагностики органических поражений мозга, главным образом спинного». При этом он, «естественно, увлекался мыслью о возможности уточнить до той же степени и диагностику болезни головного мозга, тем более что учение о локализации функций в головном мозгу тогда едва только начало намечаться». Потому-то на четвертом курсе Владимир Бехтерев особое внимание стал уделять нервным болезням, которые читались И. П. Мержеевским, занявшим кафедру душевных и нервных болезней после ухода в 1876 году в отставку по болезни профессора И. М. Балинского.
Иван Павлович Мержеевский как психиатр был одним из ближайших учеников своего предшественника, невропатологию же он изучал главным образом под руководством профессора Парижского университета Ж. Шарко, у которого в свое время проходил стажировку. Он был убежден в органической основе нервных заболеваний и придерживался мнения о том, что и психические болезни должны иметь свой материальный субстрат. Последнее обстоятельство позволило Бехтереву через четверть века назвать Мержеевского «творцом патологоанатомического направления в психиатрии».
Из его лекций Бехтерев вынес идею о том, что для понимания сущности нервных и душевных болезней необходимо прежде всего абсолютное знание морфологии и физиологии нервной системы. Однако знания эти в ту пору были скудны, фрагментарны, отрывочны. Повседневная практика ставила массу вопросов, на которые не было возможности дать обоснованный ответ. Многое определялось на основе эмпирики и интуиции. Но недостаточная изученность избираемой профессии делала ее для любознательного студента особенно интересной и убеждала его в том, что именно этой профессии следует посвятить свою будущую трудовую деятельность.
В академии было немало и других интересных врачебных дисциплин и колоритных, запоминающихся преподавателей. На третьем курсе Бехтерев с большим вниманием слушал содержательные лекции по общей диагностике и терапии, читаемые Эйхвальдом, с энтузиазмом занимался на кафедре хирургической патологии и терапии, возглавляемой Н. В. Склифосовским. На четвертом курсе его покорили яркие, логичные по построению лекции пользовавшегося огромной популярностью у студентов С. П. Боткина, читаемые на кафедре внутренних болезней, располагавшейся на базе великолепно оснащенной клиники имени Виллие, открытой в 1872 году.
Сергей Петрович Боткин ввел в практику терапевтической клиники физиологические и лабораторные методы изучения различных форм патологии, рассматривая при этом эксперимент как средство раскрытия механизмов болезней человека. По его мнению, эксперимент должен руководствоваться «идеей, выработанной путем клинических наблюдений». Сергей Петрович утверждал, что целостность организма определяется и регулируется нервной системой, что состояние нервной системы может сказываться на функции других органов и тканей и во многом. определяет подверженность организма патологическим воздействиям, исходящим из внешней среды. Эти положения легли в основу учения, известного как «нервизм», в развитии которого в дальнейшем огромную роль сыграли воспитанники Медико-хирургической академии, всю жизнь считавшие Боткина одним из своих учителей, — Бехтерев и проходивший параллельно с ним курс обучения в академии уже после окончания естественного отделения физико-математического факультета Петербургского университета И. П. Павлов, который после окончания академии в течение десяти лет руководил физиологической лабораторией при кафедре Боткина.
Об умений Боткина распознавать и лечить различные болезни ходили легенды. И. П. Павлов позднее говорил о том, что Боткин поражал «способностью разгадывать болезни и находить против них наилучшие средства». К студентам он относился по-отечески, всегда был с ними доброжелателен, на экзаменах же требователен и строг, но справедлив. По просьбе студентов Боткин нередко участвовал в благотворительных концертах, обычно исполняя на виолончели произведения русской и западной классики.
В молодости, окончив медицинский факультет Московского университета, Боткин откликнулся на призыв Н. И. Пирогова и выехал, как тогда говорили, «на театр военных действий», приняв таким образом участие в Крымской войне.
