В то же время с целью изучения причин возникающих повсеместно студенческих волнений и сочувствия студентов народническому движению была создана правительственная комиссия под руководством статс-секретаря П. А. Валуева, в состав которой входили семь министров, представитель императорской канцелярии, государственный контролер и, конечно же, шеф жандармов. После пяти заседаний комиссия изложила свои соображения о причинах «беспорядков» в среде студентов и предложила для ликвидации этих «беспорядков» следующие меры: пересмотр уставов высших учебных заведений, ограничение автономии профессорских коллегий, изъятие из их ведения дел «административно-полицейского свойства», усиление правительственного контроля за направлением преподавания, усиление средств инспекторского надзора за студентами, ограничение возможности поступления в высшие учебные заведения лиц «малоподготовленных в научном отношении» и «особенно же необеспеченных материально», «срочное и немедленное подавление всяких волнений и беспорядков без оказания какого-либо послабления и без допущения каких-либо переговоров и уступок со стороны начальства».
Реакция наступала. Каждое высщее учебное заведение России стало «конфиденциально» получать списки лиц, которым запрещалось обучение в университетах, институтах и других учебных заведениях, дающих высшее образование. Среди «проступков», послуживших причиной включения в эти списки, значились: «вредное направление образа мыслей», «явное сочувствие революционной пропаганде», «дурное влияние на товарищей», «явное сочувствие вредным учениям». В Медико-хирургической академии особая книга для выписывания имен означенных в секретных списках «нежелательных» лиц была заведена в 1875 году. В нее оказалось внесено немало имен и воспитанников этой академии.
Программа второго курса Медико-хирургической академии была сложной, но это не беспокоило Володю Бехтерева. Чувствовал он себя хорошо и учился успешно. В этот период он стал принимать участие в общественной деятельности и оказался близок к группе студентов, боровшихся за демократизацию порядков в академии и вообще за повсеместное торжество принципов справедливости. Володя стал завсегдатаем сходок, которые стихийно или по чьей-то инициативе возникали в студенческой читальне, а иногда и во дворе академии.
Студенты живо реагировали на разногласия в Конференции, где в это время активную наступательную политику проводила «немецкая партия», возглавляемая профессором Ланцертом. Реакционную немецкую группировку поддерживал известный своим германофильством воспитанник Дерптского университета главный военно-медицинский инспектор Козлов. В спорных ситуациях на ее стороне обычно оказывались и другие высшие чиновники военного ведомства. Еще А. И. Герцен обращал внимание на то, что в правительственных кругах России иностранцы и особенно немцы пользовались особым вниманием и доверием. Он писал, что «в немецких офицерах и чиновниках правительство русское находит именно то, что ему нужно: правильность и бесстрастность машины, прибавьте полное равнодушие к участи управляемых, глубочайшее презрение к народу, полное незнание его характера…» Студенты выступали против засилья немцев в академии. Они возражали против бездушия и формализма в преподавании, нагнетавшихся наиболее ненавистно относившимися ко всему русскому представителями немецкой группировки. Особенно энергично в этот период студенчество ополчилось на заведующего кафедрой физиологии И. Ф. Циона. Уже факт назначения Циона на должность «сверху» вопреки решению Конференции профессоров академии делал его положение «сомнительно законным». Но студентов особенно возмущала постоянная критика Ционом трудов его выдающегося предшественника по кафедре — И. М. Сеченова, которому в 1870 году пришлось подать в отставку и оставить таким образом академию в связи с тем, что не состоялось избрание на кафедру зоологии рекомендованного им молодого ученого И. И. Мечникова.
Цион был опытным физиологом, большим мастером экспериментальных исследований, в связи с чем он пользовался уважением у выпускника университета, начинающего в то время физиолога И. П. Павлова, которого Цион пригласил на свою кафедру в качестве ассистента. Но по своим философским убеждениям Цион относился к числу воинствующих идеалистов. Особенно активно он выступал против основных положений книги Сеченова «Рефлексы головного мозга», в которой автор указывал на возможность изучения физиологическими методами психических процессов. Непримиримо относился Цион и к эволюционному учению Ч. Дарвина, дававшему материалистическое объяснение многообразию существующих на земле видов животных и растений, которому официальные круги могли противопоставить лишь религиозные догмы. Все это, а также откровенно неуважительное отношение Циона к студентам академии привело к тому, что они высказали недоверие к профессору и потребовали его ухода с кафедры. Володя Бехтерев стал одним из инициаторов борьбы за «свержение» Циона.
Студентами Циону был объявлен бойкот. Вмешательство начальника академии, стремившегося уладить конфликт профессора со студенчеством, ни к чему не привело. События в академии приобрели широкую огласку, их подробности смаковались газетчиками. Распоряжением главного военно-медицинского инспектора 20 октября 1874 года были прекращены занятия на втором курсе академии, студентом которого в это время являлся Володя Бехтерев. Инспектор академии зачинщиками конфликта пытался представить нескольких человек, оставленных на втором курсе из-за неудовлетворительных оценок по физиологии. Их арестовали. Но на следующий день на митинг во дворе академии собрались студенты всех курсов. Явившемуся по их требованию начальнику было заявлено, что отставки профессора Циона требуют все, а не только студенты второго курса, что арестованные невиновны и общественность требует их освобождения. О студенческой сходке узнал градоначальник Ф. Ф. Трепов, который направил к академии эскадрон жандармов. Конные жандармы стали разгонять студенческую сходку; часть студентов оказалась оттесненной к Литейному мосту, а затем по мосту на противоположный берег Невы. После этого студенты всех курсов академии не вышли на занятия. 24 октября студенческая сходка повторилась. Начальник академии пообещал сделать все, чтобы арестованные были освобождены, и добился выполнения своего обещания.
Через день на квартире военного министра Милюкова состоялось приватное совещание в связи со студенческими волнениями в академии. Военно-медицинский инспектор Козлов стремился оправдать Циона, он даже высказался о том, что в академии существуют направленные против Циона «подговор и подстрекательство некоторых профессоров». Ему энергично возражал начальник академии Чистович. Министр решил, что конфликт, связанный с Ционом, зашел слишком далеко, и сделал следующее резюме: «Цион должен считать себя оскорбленным и подать в отставку». 28 октября на всех курсах академии занятия возобновились.
Судьба Циона, таким образом, была решена, однако во время связанного с ним инцидента военные власти пришли к выводу о необходимости укрепления своего влияния в академии. 26 ноября 1874 года ими была учреждена не предусмотренная действующим «Положением» и уставом академии так называемая «Временная комиссия по управлению делами Императорской Медико-хирургической академии». Комиссия состояла из группы профессоров, пользовавшихся особым доверием военного министра, во главе ее был утвержден представитель военного министерства генерал-адъютант Непокойчицкий, секретарем комиссии назначили профессора Ланцерта, в руках которого таким образом фактически оказались бразды правления академией. Комиссия подменила главного военно-медицинского инспектора и резко сузила полномочия начальника академии и Конференции профессоров. Ей были переданы даже такие функции, как присвоение ученых званий и заслушивание пробных лекций претендентов на звание приват-доцента. Уже после первого заседания комиссии начальник академии Чистович высказался следующим образом: «Ясно, что с нынешнего дня академическими делами будет управлять Ланцерт как докладчик и Козлов и Юнг как интимные советники его. Начальник же академии будет держаться для вида, пока это нравится хозяевам академических дел». Вскоре Чистович подал в отставку, которая охотно была принята военным министром.
