Успехи русских войск против Ливонии затрагивали интересы Ливонского Ордена, Польши и Швеции. Во главе Ордена стоял энергичный магистр Кеплер. Он возбудил против Москвы польского и шведского королей и они потребовали от московского царя, чтобы он очистил занятые города и области Ливонии. После отказа московского царя выполнить требования, начиналась война против коалиции Польши, Швеции, Ливонского Ордена и Ливонии.

Ко времени начала второго периода войны на западном фронте, в пограничной полосе против Крыма, произошли изменения. Гетман Вишневецкий после похода в Кабарду, отойдя в устье Днепра, стал сноситься с польским королем и вступил снова на его службу. Авантюра Вишневецкого окончилась трагически. Он предпринял поход в Молдавию с целью занять место молдавского господаря, но был предательски схвачен и отправлен в Турцию, приговорен к смертной казни и сброшен с башни на железные крючья, повиснув на которых, умирая, проклинал султана. Переход Вишневецкого на службу польского короля, был, видимо, делом его личного настроения, так как с его гибелью положение среди днепровских казаков изменилось. Гетманом их стал князь Богдан Михайлович Ружинский. Он происходил тоже, как и Вишневецкий, из рода Гедиминовичей. Попав в стан казаков и став их гетманом, он вошел в сношения с московским царем, получил от него жалованье и приказ, чтобы казаки верно служили и весной шли на Крым.

Для продолжении Ливонской войны в Можайске было собрано 37 000 войска, в числе которых было 6 054 казаков и 5 854 татар, которые составляли части легкой конницы. Начальником всей легкой конницы был донской атаман Янов, и атаманом донских казаков был Ермак Тимофеевич. (Дневник короля Стефана Батория). В 1563 году московскими войскам ми был взят Полоцк и королевская Рада обратилась с предложением перемирия, и снова был заключен; мир. Но в 1564 году опять началась война. В числе доверенных и любимцев царя был кн. Андрей Курбский. Он, как и Алексей Адашев (священник Сильвестр), входил в состав «Царской Рады». Посылая войска в Ливонию, царь сказал Курбскому: «Мне должно самому ехать в Ливонию, или вместо себя послать воеводу опытного, бодрого, славного и с благоразумием… Избираю тебя, моего любимого, иди и побеждай». Кн. Курбский одержал восемь побед над войсками Ливонского Ордена. Магистр Ордена сложил с себя полномочии, и Орден распался на пять частей и оказался во владениях Москвы, Польши и Швеции. Но успехи окончились тяжелой неудачей. При наступлении на Ковель, Курбский допустил непростительную и непонятную оплошность. Его 40-тысячный корпус был разбит восьмитысячным отрядом ливонцев, потеряны были весь обоз и артиллерии. После такой неудачи Курбский, не ожидая решения царя, перешел на сторону польского короля, бежав в Польшу. Война на западе продолжалась, и московские войска удерживали все занятые области.

Польский король Сигизмунд старался втянуть в войну против Москвы крымского хана и Турцию. Это ему удалось. Крымский хан, стесненный нападениями казаков со стороны Дона и Днепра, не мог делать походы на московские владении. По определению султана, казаки занимали все выходы ив Крыма, и он находился в положении осажденной крепости. Пользуясь войной московского царя на западе, турецкий султан решил начать войну против Москвы с целью освобождении Казани и Астрахани от зависимости Москвы и одновременно очистить Дон от казаков. В 1569 году султан прислал в Крым 18 000 спагов и приказал крымскому хану присоединить к ним 100 000 крымских татар и итти Доном, с целью изгнании казаков и занятии Астрахани. В Крыму было собрано 90 000 войска и они под начальством Касим Паши и крымского хана двинулись вверх по течению Дона.

Описание этого похода составлено московским послом Семеном Мальцевым, посланным царем для переговоров с ногаями и взятым в пути в плен татарами. Турки привязали его к одной из мачт, и в таком положении везли по реке Дону. Он писал: «Хан с 90-тысячью выступил в поход. Суда с пушками под прикрытием 500 ратников под страхом шли от Азова до Переволоки пять недель. Турки шли великим страхом, и дивились, что на Дону ни государевых людей, ни казаков не было… а какие крепости и удобные места были для засад…».

При наступлении турецко-крымской армии казаки оставляли городки и уходили в сторону Астрахани на соединение с отрядом стрельцов воеводы Серебряного, занимавшего Астрахань. По приказанию московского царя гетман Ружинский с днепровскими казаками 5 000 человек, должен был итти на помощь Астрахани. Выйдя из Приднепровья, гетман через Бахмут, северной стороной донской терртории вышел к излучине Дона, сближающей его с Волгой, где и соединился с донскими казаками. В половине августа турки достигли Переволоки, и Паша приказал рыть канал для соединения Дона с Волгой. Но продолжать работу долго не могли, как пишет историк Российской Вифлиотики Новиков: «Когда турецкое войско подошло к Астрахани, призванный из Черкасс гетман с 5 000 казаков, совокупясь с донскими, великую одержали победу…». Турецкая армии оказалась в окружении казаков и лишена была подвоза и добычи, средств питании, а также возможности связи с народами, на помощь которым они пришли и на помощь которых могли рассчитывать. Касим-паша приказал прекратить рыть канал и тянуть суда с Переволоки к Астрахани. Подойдя к Астрахани, паша приказал строить крепость. Но войска его оказались и здесь в окружении. Паша решил отказаться от ocaды Астрахани, и, несмотря на строгий указ султана взять Астрахань, приказал сжечь построенное укрепление и двинулся с войсками в обратный путь. Прямой путь по Манычу на Азов был занят казаками и Касим должен был вести армию безводной степью, обходными путями и возвратился в Крым с армией в 16 тыс. человек. Донские казаки после разгрома крымской армии возвратились на Дон, восстановили свои городки и окончательно и прочно укрепились на своих землях. Часть днепровских казаков, недовольная разделом добычи, отделилась от гетмана Ружинского и осталась на Дону. Многие расселились по городкам, а часть заняла Черкесск, укрепила его и превратила в окраинный город, впоследствии ставший столицей всего войска Донского.

Успешное отражение нашествии турецко-крымской армии на Дон и Астрахань, в то время, когда главные силы Москвы и Донского войска находились в тяжелой войне на западном фронте, показывало на перелом соотношении сил в борьбе за владение черноморскими степями, за владение которыми Русь в течение веков была бессильна в борьбе с азиатскими народами. Экспедиции турецко-крымской армии показала, что господство в этик степях переходило на сторону Руси и казаков. С этого времени господство Турции на северном побережье Черного и Азовского морей и в Крыму начинало падать, и в то же время шел к окончательному упадку и весь азиатский мир. Положение Турции в северно-черноморском побережье и существование Крыма продолжалось еще потому, что Русь вела борьбу на два фронта: против Турции и против запада, и вместе с тем вследствие двойственной политики сильно стесняла и деятельность казаков.

Война Москвы с Ливонией продолжалась и принимала характер большого напряжении. Напряжение во внешней войне осложнилось внутренним положением Москвы. После бегства кн. Курбского в Польшу царем начались жестокие преследования противников самодержавии и власти царя Всея Руси. Им были приняты новые реформы управлении страной. Русь была разделена на Разряды, «Опричнины», во главе которых стал сам царь, и «Земства», поставленного под власть Земского главы. Войска также были разделены и власть между ними не совмещалась. В связи с этой реформой устранялись от государственного правлении бывшие приближенные царя «Думной Рады» священник Сильвестр и братья Адашевы. Царь создал новое окружение, в состав которого принимал еще менее известных и знатных лиц. После реформы он оставил Москву и переселился в Александровскую Слободу, около Троицко-Сергиевской лавры, где обосновал свой двор.