Со стороны Хмельницкого и старшин проявилось полное нежелание считаться с авторитетом московской власти, но, кроме того, выяснилось недовольство со стороны киевского духовенства о принятом подданстве Москве. Киевский митрополит писал на польский Сейм, что с московскими людьми в союзе быть невозможно. Король прислал Универсал Хмельницкому, но он переслал его царю. Махмед Гирей, видя опасность соединения казаков с Москвой, выступил на помощь Польше. Хмельницкий соединился снова с Бутурлиным и вошел в соприкосновение с войсками Польши и татар. Затем вторглись в Галицию, нанесли поражение Потоцкому, подошли ко Львову и осадили его. Хмельницкий взял с осажденных выкуп в сумме 60 000 злотых и ушел от города, Бутурлин снял осаду и ушел к Люблину. Люблинцы принесли присягу московскому царю.

То есть в 1655 году русские войска имели решительные успехи: были заняты Вильно, Ковно и Гродно. Против Польши выступила Швеция и Карл X Густав занял всю Белую Польшу, население ее принесло ему присягу, а польский король Ян Казимир бежал в Силезию, после чего шведами были заняты Варшава и Краков. Начались мирные переговоры Москвы с Польшей. Польша, чтобы поссорить Москву со шведами, обещала царя Алексея Михайловича избрать польским королем. Поэтому в 1659 году в Вильно был заключен мирный договор, по которому Польше возвращались все занятые земли, кроме тех, которые принадлежали московским царям. Хмельницкий и казаки были недовольны этим решением, но еще больше недовольны тем, что представители казаков не были допущены для переговоров. Началось распространяться недовольство против Москвы, преимущественно казачьими старшинами.

В то время, когда днепровские казаки из-за неравной борьбы с Польшей принесли присягу на службу московскому царю, донские казаки, истощенные азовским сидением, ощущали недостаток сил и средств для защиты против Крыма и Турции. А надо было не только защищаться, необходимо было строить укрепленные городки в сторону Крыма. К счастью война крымского хана на стороне Польши отвлекала его, что давало передышку донскому войску, и Дон постепенно стал укрепляться. Московские части находились на Дону, но воеводам давался строгий наказ не вмешиваться в казачьи дела. Все население Дона считалось неприкосновенным, бежавшие из пределов московских владений выдаче не подлежали почему большая тяга к бегству на Дон. К этому времени относится значительное усиление Дона выходцами из пределов России и Приднепровья. Эти выходцы составляли рабочую силу для всех хозяйственных работ: скотоводства, коневодства, добычи и варки соли, пчеловодства, кустарных изделий и торговли. В 1646 году был издан царский указ, по которому разрешалось вольным людям уходить на Дон, что послужило толчком для многих крестьян и другого люда для объявления себя вольными. Уход на Дон шел не только путем официальной записи с разрешения правительства, но и простым переходом и набором казачьими посольствами, прибывавшими по делам в пределы московских владений. При проезде атамана Каторжного с товарищами из Москвы к нему пристало много беглецов. «Воронежский воевода при игумнах, попах, при стрелецких и казачьих пятидесятниках и при торговых людях в съезжей избе говорил о беглых людях. Каторжный ответил, что беглых выдавать не велено. А приехавшего с „погонной“ грамотой дворянина Мясного Каторжный ударил в душу, вырвал у него государев наказ, заткнул его себе за голенищу и хотел убить Мясного. Уезжая Каторжный заявил: хотя приедет сам воевода беглых людей вынимать мы и ему отсечем уши и пошлем их в Москву». Относительно убежища на Дону, Котошихин писал: «А люди и крестьяне быв на Дону хоть одну неделю или месяц а случиться им с чем-нибудь к Москве отъехать, и до них впредь дела не бывает никому, потому что Доном от всех бед освобождаются». Еще проще это происходило на Дону. В 1646 году прибывший из Москвы посланец жаловался царю, что семеро его людей сбежали с казаками, а на его требование о их возврате казаки вызывали его на Круг и хотели убить. «Прислали по меня в тот день есаулов звать на Круг, чтобы я сам говорил об людях своих». Посланец им заявил, что в Круг он не пойдет, а будет просить на свое разорение не у них, а у царской милости. «За такие слова казаки на Круге закричали, что любо его убить и саблю войсковую выдали, чем было меня казнить, а по меня прислали посланцев, и с ними казаков многих и велели меня за ноги приволочь к Кругу». За посланца вступились стрельцы и казаки оставили его в покое. Привлечение на Дон народа извне вызывалось экономической необходимостью. Однако прием в казаки находился под строгим контролем Войска. Многие историки указывают на значительных рост казачьих городков, относящийся ко времени царствовании Алексея Михайловича. Есть сведении, что за десятилетие количество казачьих городков увеличилось с 48 до 125. Утверждение, что рост казачьих городков на Дону был причиной сильного притока беглого люда извне, противоречит общим условиям внутреннего быта казаков. Население Дона находилось под строгим контролем и в состав казаков принимали только по решению Войска. С этим положением считались даже в Москве, и были случаи, когда в состав посольства с Дона прибывали новоприемные казаки, тогда из Москвы требовали, чтобы таких казаков в посольство станицы не включать.

Так в 1637 году царь писал Донскому Войску: «А вы к нам к Москве новых казаков прислали вместе с старыми казаками, не ведая, что они пришли к вам бегом внове». Государь приказал не давать своего жалованья на таких казаков и велел отписать «чтоб таких новоприходцев новых казаков к Москве в станицах не присылали».

Рост городков определялся экономическими условиями Дона. Недостаток средств существовании заставлял казаков из сосредоточенного военного лагеря вокруг Черкасска расселяться по всему течению Дона и его притокам. Этому содействовало и общее положение. Верховье и среднее течение Дона становились безопасными от набегов азиатских орд, и становилось возможным добывание средств существовании мирным путем. Жалованье, присылаемое Москвой, служило лишь поддержкой, и на него могло рассчитывать только старое казачество, для которого только оно и отправлялось из Москвы. Кроме жалованья, войско пользовалось и другими преимуществами, например, беспошлинной торговлей в русских городах, чем не мог пользоваться пришлый элемент. Шедший приток из пределов московских владений составлял на Дону элемент иногороднего населении, — или же совершенно чуждый, но проникавший внутрь казачьих поселений, или же скоплявшийся на их окраинах. Центральная власть донских казаков с середины XVI в. находилась в Нижних Раздорах, а затем в Черкасске. Сюда же ежегодно, весной, на Круг собиралось все Войско, тут же находились управление и контроль над всем Войском. Центральное правление не только держало казаков в своем подчинении снизу доверху, но строго охраняло и право в сношениях с Москвой. В 1584 году, когда в грамоте царя было написано «верховым и низовым казакам», то казаки заявили московскому послу: «Прежде сего государь писывал к нам грамоты низовым и верховым, а ныне писано верховым, а после нам низовым, а верхние же казаки государевой службы не знают». Полнота власти и контроль на всей территории Войска принадлежала атаману и стоявшему при нем старшине. На Дону не могло возникать поселенний самочинно и потому Войско было однородно. Население, не принадлежавшее к Войску, считалось проживающим временно, правами казаков не пользовалось, но находилось под властью атамана и его контролем.

Причем, атаманы могли принимать решительные меры не только к отдельным лицам, но и целым станицам, которые, ввиду непокорности, брались «на щит».

Однако этот способ организации власти и управления Войском к середине XVI века явно устарел. Атаманы выбирались на один год общим собранием и частая их смена, зависимая от масс, не давала власти, необходимой устойчивости. Требовались, изменении всего казачьего быта, перехода его от быта военных дружин к более сложному…социальному и экономическому устройству.