После того, как выяснилось, что Владислав не мог быть претендентом на московский престол, ввиду стремления занять его Сигизмундом, Ляпунов продолжал держаться того взгляда, что претендентом должен быть иноземный принц, и поддерживал кандидатуру шведского наследника принца Филиппа, сына Карла IX. Этим он отталкивал и донских казаков, стремившихся избрать московского царя российского происхождения. Казаки потребовали Ляпунова на Круг, Ляпунов испугался и бросился бежать в Рязань. Его схватили, привели на Круг и он был зарублен саблями.

Выяснилось потом, что в договоре бояр о призвании польского королевича писалось: «На Волге, Дону, Яику и на Тереке казаки, буде надобе, или не надобе, о том государю королевичу говорили с бояры и думными людьми, как буде на государстве…» (Сватиков. «Россия и Дон», стр. 56). Выступая против бездомных людей, сорванных с мест анархией, представители земства решение приняли несвоевременно, не имея средств для приведения решении в жизнь, ибо казаки составляли подавляющую часть ополчения. После гибели Ляпунова земские ополчения стали расходиться и как повествует летописец: «Мнози разыдошася от царствующаго града, и мало по малу отидоша от Москвы прочь…» Под Москвой остались казаки да некоторые дворяне, бывшие в Тушино и Калуге. Единственной силой под Москвой остались казаки. Им принадлежала власть в стране и они продолжали борьбу против поляков, укрепившихся в Москве.

После распада Земского ополчения и Земской думы в стране не осталось никакой власти. Москва была занята поляками. Казаки, поставленные сложившимися событиями в положение центральной власти, были не в состоянии выполнить роль организующего политического центра. По своему бытовому и социальному положению казакам чужды были московские порядки и, кроме того, они могли нести для русского народа идеи равенства и экономического раскрепощения. Призывы эти противоречили целям земства и создавали между ними враждебные отношения. Кроме политических разногласий между казаками и земством имелось еще одно обстоятельство, а именно — в стане казаков при атамане Заруцком Находилась Марина, считавшая себя законно коронованной царицей Московского государства, и у нее был сын Иван, которого она и Заруцкий считали наследником на московский престол, что в глазах русских патриотов считалось «казачьим воровством».

Безотрадность русской общественности заключалась в том, что она утратила привычную ей политическую организацию и не находила в себе сил для ее восстановления. Боярство, как политическая сита, сходила с исторической сцены и для руководящей политической роли требовались новые силы, выдвигаемые новыми общественными слоями русского народа. Эти силы начинали постепенно формироваться в среднем слое русского народа: духовенства, служащих, торгового люда и горожан. К этим слоям решительно примыкали донские казаки.

Они продолжали осаду Москвы, как будто желая доказать, что со смертью Ляпунова ничего не изменилось. Гонсевский, чтобы разложить казаков и заставить отойти от Москвы, выслал к ним «лазутчика», с предложением покинуть стены Белого города и передать его полякам. Казаки «лазутчика» посадили на кол, и продолжали держать поляков в осаде. В стан казаков из Троицкой лавры был прислан образ Казанской Божьей Матери. Казаки встретили его торжественно, а на другой день Заруцкий приказал бить тревогу и двинул казаков на приступ Девичьего монастыря, занятого немцами в 200 человек и 400 запорожцев. (Костомаров, «Смутное Время», стр. 231). Монастырь был взят, и защитники все были уничтожены. В монастыре были освобождены черницы, среди которых были дочь двоюродного брата царя Ивана Грозного и дочь Бориса Годунова, Ксения, которые были отправлены во Владимир. Казаки не оставляли поляков в покое и 23 сентября пустили гранаты в Китай-город и зажгли его. Поляки не могли остановить пожар и должны были уйти в Кремль, что еще больше стеснило их. Но к этому времени под Смоленском положение изменилось в пользу поляков. Смоленск был взят приступом. Сигизмунд оставил в городе гарнизон под начальством коменданта Якуба Потоцкого, и с войсками ушел в Польшу. Был созван Сейм и в торжественной обстановке королю были представлены знатные московские пленные, в числе которых были бывший царь Василий Шуйский, его брат, защитник Смоленска, воевода Шеин и великое посольство, во главе с Филаретом. Сеймом было принято решение послать в Москву помощь гранизону под начальством гетмана Ходкевича. Организация отправки войск была поручена коменданту Смоленска Потоцкому. Ходкевичу было дано 3 000 пехоты и потом присоединены были 1 500 всадников. С этими войсками Ходкевич двинулся к Москве. Движение его сопровождалось все время стычками с «шиши», или русскими партизанами. В начале октября Ходкевич приблизился к Москве и выслал отряд запорожских казаков с извещением осажденных о своем походе. Отряд этот попал в засаду «шиши» и весь был уничтожен, спасся один их атаман Ван-сович. 4 октября Ходкевич приблизится к Москве и 12 двинулся на ступ позиции казаков. Приступ казаками был отбит и Ходкевич отошел с войсками в Красное Село. Не имея возможности прорвать линию обороны казаков, Ходкевич ограничивался отдельными стычками. Но положение казаков после его подхода к Москве осложнилось, и казаки из осаждавших превратились в осажденных. «И бысть в русском стане глад велик, свинцу и пороху недостаток». Трубецкой и Заруцкий писали в Обитель, чтобы слали свинец и порох, и слали грамоты с призывом людей на помощь. После того, как патриарх Гермоген был посажен под стражу поляками, роль призыва к борьбе русското народа против поляков перешла к Троицко-Сергиевской лагре. Архимандрит Дионисий с келарем Авраамием Палицыным с Собором рассылали грамоты по всей стране и казакам послали на помощь пеших слуг, свинец и порох (Авраамий Палицьгн. «Сказание об осаде Троицко-Сергиевской Лавры»), На разосланные грамоты и призыв стали собираться ополчении разных городов, и одним из более значительных оказалось нижегородское.

В это время в Пскове появился третий Лжедимитрий, и часть холопей казаков, стоявших под Москвой, целовала ему крест. Лавра отвергла это целование, однако это событие произвело резкий раскол среди казаков. Донские казаки поднялись против «голытьбы», возглавлявшейся Заруцким и совершенно отделились от них.

В течение месяца Ходкевич оставался в Красном Селе, тревожимый все время партизанами и имея стычки с казаками. Не имея возможности изменить участь осажденных, гетман отправился с войсками к Рогачеву и остановился у Волоколамска, предоставив осажденных своей участи. Продолжавшаяся осада Москвы истощила казаков материально: они были босы и наги, испытывали недостаток в военных припасах, и к весне ожидался поход к Москве Ходкевича, усиленного литовскими войсками. Руководители ополчении Нижнего города Пожарский и Минин, не торопились двигаться к Москве. Вначале поджидали подхода ополчении казанцев, но не дождавшись, перешли в Ярославль и оставались в нем. Пожарский решительно уклонился от соединении с казаками и целью его было избрание царя без участия казаков. Из Ярославля Минин и Пожарский рассылали грамоты с призывом выборных людей от городов для избрания законного государя. Вместе с тем, он вел переписку через Новгород с шведским королем, прося его отпустить наследного принца на московский престол, и в то же время вел переписку и с австрийским императором, прося его сына на московское царство. Пожарский, как и многие представители московского боярства, был сторонником иноземного кандидата на московский престол. По заявлению псковского летописца: «Народи же не восхотеша тому быти». В народе, и главным образом среди казаков, избрание царем иноземного происхождения было неприемлемо. Среди казаков давно уже называлось имя «ближайшего братенича блаженнаго государя Федора Иоанновича, сына Федора Никитича Романова — Михаила». В этом отношении Пожарский и казачий стан были непримиримы. Примирение между казаками и лагерем Пожарского взяла на себя Сергиевская лавра. Чтобы принудить Пожарского идти с ополчением к Москве, Дионисий и Авраамий послали к нему послов с нареканием, что если Ходкевич раньше вашего «к Москве придет, то всуе труд будет и тще ваше собрание». Пожарский «старцев в Обитель отправил и косно и медленно о шествии помышлял, некоих ради междуусобных и смутных словес в Ярославле стояше и войско учреждаше». После чего Авраамий, с благословения архимандрита и братии, 28 июля выехал в Ярославль.