28 декабря 1999 года в Урус-Мартане была обнаружена школа по подготовке диверсантов, которая, кроме учебных помещений, имела полигон, где курсанты испытывали самодельные взрывные устройства. Кроме того, там изъяты аммиачная селитра и алюминиевая пыль — те самые компоненты, которые входили в самодельные взрывные устройства, использовавшиеся в Москве и Буйнакске.
В этой школе были поставлены на производство самодельные взрывные устройства, закамуфлированные под стандартные бетонные блоки (типа фундаментных). Именно такие блоки активно используют федеральные силы при создании контрольно-пропускных пунктов и перекрытии дорог. Блоки в большом количестве валяются по территории всей Чечни. Блок состоит из бетонного кожуха, в который спрятано порядка 250–300 кг мощного взрывчатого вещества, из него выведены провода, к которым присоединяется инициатор взрыва. Установить такой блок и подключить к нему инициатор достаточно просто.
Бесконтрольная добыча и кустарная переработка нефти в Чечне, хищения из нефтепровода Баку — Новороссийск, проходящего по территории республики, привели к колоссальным загрязнениям окружающей среды.
Чечня стала центром экологического терроризма. Прямая перегонка нефти из «трубы», использовавшаяся здесь для получения бензина, не позволяла полностью переработать весь продукт. При этом около 60 % от общего объема украденной нефти сливалось местными дельцами непосредственно на грунт, в результате чего образовались реки и озера мазута. Так, вблизи населенного пункта Банки-Юрт было обнаружено 176 мини-заводов. Площадь загрязнения возле одного такого «предприятия» составляла 3–5 гектаров, глубина пропитки грунта — более одного метра. В ходе разборок между главарями бандформирований была повреждена одна из скважин. Высота факела горящей нефти достигала ста метров, а дымовой шлейф — полукилометра.
Начиная с середины 1998 года российские власти стали уделять большое внимание укреплению южных границ России. При этом особая роль отводилась Ставропольскому и Краснодарскому краям и Ростовской области. В мае 1998 года своим указом Президент Ельцин назначил бывшего командующего внутренними войсками МВД России генерал-полковника Л. Шевцова начальником нового оперативного штаба МВД на Северном Кавказе. Формально ему были подчинены подразделения Министерства обороны, Федеральной пограничной службы (ФПС) и Федеральной службы безопасности (ФСБ). Тем самым была сформирована так называемая «временная оперативная группировка на Северном Кавказе» с общей численностью личного состава около 15 тысяч человек Ее штаб первоначально находился в г. Моздок (Северная Осетия), вблизи границы с Чечней, а затем, в июне 1998 года, был переведен в Ставрополь. Кроме того, Л. Шевцов опирался на Северокавказский округ внутренних войск с численностью личного состава 50 тысяч человек (четыре дивизии, дислоцированные в Новочеркесске, Махачкале, Пятигорске и Владикавказе). Российская сторона усилила свои позиции и в воздухе: 4-я воздушная армия с ее штабом в Ростове-на-Дону в конце 1997 года имела на вооружении около 280 боевых самолетов (Су-24, Су-25, Су-27, МиГ-29) и около 40 вертолетов.
Москва пыталась разрешить северокавказские конфликты прежде всего мирным путем. Как правило, каждый новый российский премьер-министр начинал свою работу со знакомства с этим регионом. В августе 1998 года состоялась встреча С. Кириенко с А. Масхадовым, а Е. Примаков уже в первые недели после вступления на свой пост провел встречи с руководителями Дагестана, Ингушетии, Северной Осетии и Чечни. Эти консультации и переговоры, проведенные незадолго до заседания российского Совета министров по стабилизации социально-экономической ситуации во всей стране, сыграли важную роль.
Перед Москвой стояла огромная задача — не допустить отделения Северного Кавказа, восстановить статус-кво в регионе, продолжая играть важную роль в Закавказье. Поскольку Чечня дестабилизировала обстановку на всем Северном Кавказе, решение чеченского вопроса вполне вписывалось в новую концепцию национальной безопасности России.
Началу войны предшествовали боевые действия в Дагестане. События 1999 года, которые действительно грозили России полной потерей влияния в Дагестане, начались в соседней Цумаде. Стрелять первыми начали местные ваххабиты, разоружившие несколько милицейских постов и введшие в селах Цумадинского района шариатское правление. После этого на подмогу им в ночь с 6 на 7 августа 1999 года вторгся отряд чеченских боевиков численностью до полутора тысяч человек под командованием Басаева и Хаттаба. Основные бои развернулись тогда в Ботлихском районе, откуда через перевал Харами отступающие боевики в конце концов вернулись в Чечню. Почти одновременно экстремисты напали на Новолакский район Дагестана. Война началась тогда и в так называемом «Кадарском треугольнике» — российским войскам пришлось штурмовать даргинские села Карамахи и Чабанмахи, за несколько лет до этого принявшие шариатское правление и отменившие на своей территории законы Российской Федерации. К концу сентября российским военным, дагестанским милиционерам и ополченцам удалось справиться с боевиками на всех трех фронтах. Политики Дагестана поспешили заявить о верности России.
Вторжение «экспедиционного корпуса» Шамиля Басаева и эмира Хаттаба положило начало широкомасштабным военным действиям, которые вылились в так называемую контртеррористическую операцию на территории Чечни.
Было принято решение о создании зоны безопасности по административной границе Чечни. Здесь сосредоточивались армейские соединения и части, что позволило уже в первых числах октября создать на сопредельных территориях 100-тысячную группировку, которая в начале октября 1999 года начала наступление на Чечню. Началась вторая чеченская кампания.
Войска не вступали в непосредственное боевое соприкосновение с боевиками, а наносили удары по ним, используя артиллерию и авиацию. Мирные жители, дабы избежать бомбардировок, сами заставляли боевиков покидать города и селения. Уже к середине декабря федеральные войска окружили Грозный, практически полностью заняли равнинные районы Чечни, оттеснив боевиков в горы. Одновременно они перерезали дорогу Итум-Кале-Шатили, связывавшую Чечню с Грузией, тем самым перекрыв каналы снабжения.
Расчет командования на то, что удастся выдавить окруженных боевиков из Грозного без боя, не оправдался, и к концу декабря войска втянулись в уличные бои. Упорное сопротивление, которое сепаратисты оказывали в Грозном, заставило перебросить к городу значительные силы.
Для руководства операцией в Чечне были привлечены в основном генералы, прошедшие школу первой чеченской кампании. Среди них: начальник Генерального штаба генерал-полковник Анатолий Квашнин
(командовал Северо-Кавказским военным округом в 1995–1996 годах), генерал-полковник Виктор Казанцев (ранее был начальником штаба у Квашнина), генерал-майор Евгений Трошев (командующий Восточной группировкой федеральных войск, ранее был командующим 58-й армии), генерал-майор Владимир Шаманов (командующий Западной группировкой войск, ранее был командующим группировкой Минобороны). Начальник Генштаба привлек к операции командира Южно-Сахалинского корпуса генерал-майора Ивана Бабичева, который командовал Псковской воздушно-десантной дивизией и входил в 1994 году в Чечню из Ингушетии, а потом брал Грозный.
Среди других лиц, участвующих в кампании, — заместитель председателя Правительства России, полномочный представитель Правительства России в Чечне Николай Кошман, Малик Сайдуллаев и Бислан Гантамиров, бывший мэр Грозного, которому была отведена главная роль в освобождении Грозного.
Главным двигателем чеченской кампании являлся премьер-министр Владимир Путин. Именно он сформулировал цель операции, окончательное уничтожение террористических формирований.
В полдень 31 декабря 1999 года Президент России Борис Ельцин заявил, что уходит в отставку. Он извинился перед россиянами, что не смог провести преобразования наилучшим образом. Одновременно Ельцин объявил, что им подписан указ о проведении президентских выборов через три месяца. Таким образом, Ельцин открыл дорогу Путину к борьбе за президентское кресло.
