Как пишет Вазари, это была последняя вспышка гения Рафаэля при написании прекрасного лика Христа. Закончив работу, он отложил кисть в сторону, словно понимая, что ничего лучшего создать больше не сможет, да и чувствовал себя неважно. Однако до того, как он серьёзно заболел и слёг, у него созрел общий замысел нижней половины картины и он оставил эскизы почти для каждой фигуры. Считается, что выразительная поза одного из апостолов в нижнем левом углу, сидящего с книгой у пруда, целиком написана Рафаэлем.

Нижняя половина как бы поделена образовавшимся проёмом между двумя группами собравшихся людей. Слева сгрудились девять апостолов, справа — бесноватый отрок с родителями, сестрой и простолюдинами, взывающими о помощи. «Преображение» — это два контрастных мира. В одном — тишина и безмолвие на горе Фавор, в другом — глубокое волнение, вызванное чудесным исцелением отрока. Как можно судить по картине, только один мальчик из всех стоящих на земле людей сподобился увидеть Преображение Господне и исцелиться. Но оба эти случая не трактуются Рафаэлем как объективные события. Он их преподносит как субъективное отражение через чувства зрителей, которые по-разному воспринимают увиденное.

Завершал картину Джулио Романо. К сожалению, он использовал краску nero di fumo, обладающую предательским свойством: поначалу тона у неё прозрачные и сильные, но с годами она так темнеет, что фигуры становятся неразличимыми.

Кардинал Джулио Медичи решил не отправлять картину в Нарбонн, дабы не лишать римлян возможности любоваться последним творением Рафаэля. Он подарил «Преображение» церкви Сан-Пьетро ин Монторио, где оно находилось до 1757 года, и с него была снята мозаичная копия для собора Святого Петра. Но и это последнее творение Рафаэля не избежало злой участи, оказавшись среди других произведений искусства, конфискованных французами в качестве военных трофеев. Лишь в 1815 году «Преображение» обрело постоянное место в Пинакотеке Ватикана.

Несмотря на занятость Рафаэля, который буквально разрывался между строительной площадкой собора Святого Петра и археологическими раскопками в разных районах Рима, друзьям удалось уговорить его написать декорации к комедии Ариосто Suppositi(«Подменённые герои»), занимательная фабула которой напомнила ему некоторые эпизоды собственных амурных похождений. Он не мог отказать другу Ариосто, не терявшему надежды добиться обещанных когда-то привилегий от папского двора, хотя в лице кардинала Биббьены имел серьёзного соперника.

На премьере присутствовали папа и вся римская знать. Когда после увертюры в исполнении небольшого оркестра под управлением любимца публики маэстро Мороне раскрылся занавес, зал разразился аплодисментами при виде яркого неба над цветущим садом. Расписанный Рафаэлем и учениками задник благодаря перспективному решению углубил сценическое пространство. Небо с плывущими облаками, освещёнными необычно слепящим светом, живо напоминало верхнюю половину незаконченного «Преображения». После премьеры в кругу друзей сияющий от радости Ариосто заявил, что успеху спектакля в значительной степени способствовали великолепные декорации Рафаэля, с чем нельзя было не согласиться.

По завершении работы во дворце Фарнезина, накануне праздника Преображения, в августе 1519 года произошло событие, всколыхнувшее весь Рим. Агостино Киджи в присутствии папы Льва X и всего ватиканского двора устроил бракосочетание с юной венецианкой Франческой Ордеаски, и сам понтифик надел на пальцы новобрачным кольца. Умная не по годам венецианка добилась своего, подчинив себе Агостино Киджи то ли чарами, то ли колдовством. После торжественной церемонии бракосочетания был дан приём в залах, расписанных фресками на фривольные темы. Счастливый хозяин дворца и на этот раз решил удивить собравшийся на празднество высший свет своими чудачествами.

Банкет изобиловал разнообразием яств и роскошью специально изготовленной по такому случаю позолоченной посуды и столовых приборов с вензелями. После каждой смены блюд слуги, словно сошедшие с фресок фавны в ярких набедренных повязках, собирали использованную посуду и, выйдя на террасу, выбрасывали содержимое подносов в Тибр, что производило ошеломляющее впечатление на собравшихся. Многие из гостей при каждом всплеске воды вздрагивали и инстинктивно вскакивали с мест, видя, как слуги хладнокровно выбрасывают в реку позолоченную посуду, приборы и хрустальные бокалы.

Никто из гостей не догадывался, что это была хитрая уловка — под водой была натянута крепкая металлическая сетка, в которой оседала на мягкой подкладке выброшенная посуда. Как ни старались некоторые смельчаки, собравшиеся на противоположном берегу, поживиться, ныряя в мутные воды Тибра, их усилия оказались тщетны — металлическая сетка-ловушка была снабжена крепким колючим ограждением, а затем предусмотрительно вытянута на поверхность.

Побывавший на празднестве во дворце Фарнезина Леонардо Селлайо в письме Микеланджело подробно описал это событие и назвал фрески Рафаэля в лоджии Психеи постыдными (vituperi),позорящими высокое звание художника, выразив надежду, что друг Дель Пьомбо сможет вскоре своими работами затмить хвалёного урбинца.

После памятного приёма, наделавшего немало шума, в доме Рафаэля собрались друзья.

— Вы заметили, — спросил Бембо, — как в глазах Его Святейшества вспыхивали искорки зависти при виде чудачеств Агостино? Это ему даром не пройдёт.

— Чего только не делают деньги с людьми, — поддержал его Кастильоне. — Но Психея действительно удалась на славу. Сдаётся мне, дорогой Рафаэль, что следующим заказом банкира будет портрет его теперь уже законной возлюбленной.

— Если такой случай представится, — ответил Рафаэль, — беднягу Киджи ждёт жестокое разочарование, ибо увидит он отнюдь не Психею, а смазливую куколку, лживую и жадную до денег.

Говоря это, он подумал о Форнарине, с которой произошла очередная размолвка, и след её простыл. По всей видимости, именно тогда им был написан великолепный «Автопортрет с другом» (Париж, Лувр). По сравнению с предыдущими его изображениями Рафаэль выглядит здесь несколько старше, подурневшим и с потухшим взором — сказались огромная занятость и беспорядочная личная жизнь.

Вызывает интерес личность друга, которому Рафаэль положил руку на плечо. Его выразительный взгляд с признательностью обращён к художнику Высказывалось предположение, что это его ровесник Порденоне, оказавшийся в то время в Риме и подпавший под влияние живописи Рафаэля. Но Порденоне никак нельзя причислить к друзьям художника — по натуре он был завистлив и коварен, чего Рафаэль не терпел в людях. Предполагалось также, что это один из учеников Полидоро да Караваджо, значительно преуспевший в работе. Однако при всей любви к ученикам Рафаэль соблюдал некоторую дистанцию и, кроме преданного Бавьеры, никого из них не допускал в свой интимный мир. Возможно, на картине изображён близкий к кругу Биндо Альтовити тренер по фехтованию, правой рукой опирающийся на эфес шпаги. Но тогда возникает вопрос: зачем Рафаэлю понадобились уроки фехтования? Уж не собирался ли он вызвать на дуэль соперника — одного из богатых клиентов Форнарины? Эти вопросы остаются без ответа, как ни заманчива идея развить тему и поведать о некой романтической истории вскрывшейся измены и страстном желании свести счёты с соперником. Рафаэль никогда не поднял бы руку на человека — уж такова была его натура.

Приближались любимые всеми с детства рождественские праздники. Кроме Бавьеры и Перина дель Вага никто в мастерской не соблюдал пост — люди молодые и не столь уж крепкие в вере. Решено было установить presepio,то есть вертеп с яслями, где родился Иисус, искусно изготовленный кем-то из подмастерьев, в самом большом рабочем помещении дворца перед незаконченным «Преображением». Бавьера заранее заказал у пекарей традиционные рождественские panettoni— куличи (в Италии разговляются куличами именно на Рождество, а не на Пасху) и другие лакомства для праздничного стола. По традиции, заведённой Рафаэлем, в мастерской за рождественский стол усаживались все мастера и подмастерья со своими жёнами и подружками, как только в небе появится Вифлеемская звезда.