Если старший его брат Атауальпа к концу срока своего заключения наконец догадался об истинных намерениях испанцев, Манко все еще не обращал внимания на ту трансформацию, которая происходила в Перу. В данный момент Манко все еще не понимал, что Франсиско Писарро проявляет дружелюбие и учтивость просто потому, что стремится выиграть время: дождаться прихода военных подкреплений. Едва появившиеся в Перу испанские города можно было уподобить тонкой цепочке островов в центре бескрайнего недружелюбного моря. В настоящее время море было относительно спокойным, однако в любой момент погодные условия могли измениться. Так что последнее, чего хотел Писарро, — это возбуждать в туземцах мятежные настроения.
Однако в то же самое время Франсиско Писарро уже начал осознавать, что некоторые испанские подкрепления, которых он так ждал, могут представлять собой большую опасность, нежели потенциальная атака туземцев. Еще в марте до Писарро дошли тревожащие новости о том, что заместитель Эрнана Кортеса, Педро де Альварадо, ступил на берег Эквадора с 550 конкистадорами. Альварадо, очевидно, был настроен утвердить свое собственное губернаторское правление в этой области, несмотря на то что Писарро был единственным человеком, имевшим королевскую лицензию на осуществление завоеваний в какой бы то ни было части Инкской империи.
Услышав эти новости, партнер Писарро, Диего де Альмагро, устремился на север. Совсем не желая, чтобы годы потраченных им с Писарро усилий пошли под откос в результате соперничества, он сумел в ходе переговоров добиться мирного разрешения вопроса. Взамен за 100 000 песо (около 1000 фунтов золота) Альварадо согласился отказаться от своих завоевательных планов и к тому же предоставил 340 своих конкистадоров в распоряжение Писарро и Альмагро для завершения завоевания Перу. Оказалось, что переговоры состоялись как раз в урочный час. Как только Альмагро двинулся на юг, он почти сразу же столкнулся с огромной армией под предводительством генерала Кискиса, которая возвращалась на север после того, как покинула Куско шесть месяцев назад.
Кискис и его войска, находившиеся вдали от своих домов вот уже более двух лет, были поражены, встретив крупное испанское соединение там, где они менее всего ожидали его увидеть. Инкский генерал надеялся, что северная часть империи все еще свободна от власти ненавистных чужеземцев. В короткое время последовала серия сражений. В ходе одного из них войска Кискиса организовали успешную засаду, куда попала группа из 14 испанцев — все они были обезглавлены. Во время другого сражения индейцам удалось ранить 20 испанцев и убить 3 их лошади. После нескольких лет боев, неожиданно столкнувшись с испанским отрядом, насчитывавшим порядка 500 человек и имевшим в своем распоряжении большое число лошадей, воины Кискиса были явно деморализованы; подавляющее их большинство испытывало желание побросать оружие, покинуть расположение войск и вернуться к себе домой. Но еще больше гордого инкского генерала поразил тот факт, что даже его собственный офицерский корпус желал прекратить борьбу.
«Офицеры обратились к Кискису с предложением просить испанцев о мире, поскольку те явно были непобедимы», — писал историк XVI в. Франсиско Лопес де Тамара. Однако генерал Кискис — командующий, которому довелось провести свою победоносную армию вдоль всей протяженности Андских гор, который успешно сражайся с Уаскаром и пленил его, а затем оккупировал Куско, — настаивал на том, чтобы его войска продолжали оставаться на своем месте и дрались с врагом. Способный тактик, Кискис со временем понял, что, размещая своих бойцов на крутых откосах, там, где лошади испанцев не могут маневрировать, он в состоянии нейтрализовать самое мощное оружие захватчиков. Но сейчас, когда его собственные офицеры угрожали покинуть поле боя, бывший генерал Атауальпы уже не мог сдержать свою растущую ярость. «Он [Кискис] угрожал им ввиду проявленной ими трусости и приказал им следовать за собой в место, где можно было бы перегруппировать войска [и продолжать сражаться]». Но офицеры Кискиса взбунтовались, отказываясь выполнять приказы своего генерала.
Как и любое воинское соединение, инкская армия функционировала на основе строгой дисциплины. Атауальпа в свое время приказал казнить целый батальон своих солдат в Кахамарке лишь за то, что они выказали страх при виде испанских лошадей. Неповиновение являлось еще более серьезным преступлением и сурово наказывалось. Даже с учетом хаоса в настоящей ситуации поведение, продемонстрированное офицерами Кискиса, граничило с изменой. «Кискис выказал им за это свое презрение и поклялся наказать бунтовщиков», — писал Лопес де Гамара. Неожиданно «Уайпалкон [один из офицеров Кискиса] метнул копье, которое пробило ему грудь. Тогда и многие другие офицеры бросились вперед со своими дубинками и боевыми топорами и убили его».
Так закончилась жизнь одного из самых блестящих генералов Инкской империи, человека, который в свое время оказался вынужден повиноваться, хотя и с большой неохотой, приказам Атауальпы дозволить трем испанским добровольцам разграбить инкскую столицу. Несмотря на факт казни своего императора, Кискис отважно повел свой отряд в бой против испанцев.
Вскоре после гибели Кискиса один из капитанов Писарро, Себастьян де Беналкасар, сумел в Эквадоре загнать в угол последнего из трех выдающихся военачальников Атауальпы, генерала Руминяви. После продолжительных тактических маневров в итоге произошла решающая битва, в результате которой войска Руминяви сдались, однако самому генералу посчастливилось бежать. Испанские войска догнали инкского генерала, когда он переходил через заснеженную гору. В Кито ни к Руминяви, ни к другим плененным представителям инкской аристократии со стороны испанцев не было проявлено никакой пощады. По словам капеллана Маркоса де Нисы, «капитан Беналкасар вызвал к себе Луеса, одного из самых высокопоставленных людей в Кито, и поджег ему ступни, и применил к нему еще много других пыток, с тем чтобы заставить его раскрыть местонахождение сокрытых сокровищ Атауальпы [якобы существовавших], о которых он ничего не знал. [Затем] капитан сжег заживо вождя Чамбу, который также был невиновен. Капитан также сжег Косопангу, который был губернатором провинции Кито и который явился с миром, поскольку он предоставил золото не в таком количестве, которое было затребовано [капитаном Беналкасаром], и он также ничего не знал о зарытых сокровищах. [Капитан] сжег его вместе со многими другими вождями и высокопоставленными людьми — чтобы на этой земле более не осталось туземной знати».
Наконец испанцы вывели и генерала Руминяви на главную площадь Кито. Там выдающийся генерал был казнен за вмененное ему «преступление», заключавшееся в оказании сопротивления иноземной оккупации.
Итак, когда три верховных военачальника Атауальпы были мертвы, партнер Кортеса, Педро де Альварадо, был подкуплен, а сотни новоприбывших испанских солдат держал и путь на юг страны, перуанские богатства, вероятно, оказались под контролем двух партнеров, вместе начинавших свой завоевательный путь: Франсиско Писарро и Диего де Альмагро. Посредством марионеточного императора Манко Инки эти два конкистадора контролировали огромный инкский аппарат управления, имели возможность взимать подати и были готовы подавить любые потенциальные восстания туземцев. В случае, если бы им удалось поддерживать состояние мира, Писарро и Альмагро явно были способны постепенно превратить Тавантинсуйю в прибыльную колонию стремительно разраставшейся Испанской империи.
В связи с тем, что последняя военная кампания против враждебных инкских войск успешно завершилась, Писарро решил постепенно отходить от своей роли военного руководителя — в пользу роли администратора. В конце концов, он являлся правителем королевства Новая Кастилия, протянувшегося на 700 миль обширной туземной империи, на завоевание которой у него были санкции, полученные от испанской короны. Существовала только одна маленькая проблема, которая проявилась еще в тот момент, когда Писарро явился из Испании с титулами, полученными только для самого себя, но не для своего партнера. Альмагро, конечно, тогда был крайне разозлен и почти готов отказаться от совместного продолжения завоевания Перу. Только пообещав партнеру контроль над тем государством, которое они оба смогут завоевать, Писарро в итоге смог убедить Альмагро, и тот продолжил участвовать в общем предприятии.
