Перри вернулся в начале 1855 года для подписания окончательного договора (21 февраля 1855 года). Сёгунат принял это соглашение, не заручившись поддержкой императора, лишь из страха перед военной мощью Америки, и навлек на себя обвинения в трусости и государственной измене.

Соединенные Штаты подали пример другим странам, и вскоре Великобритания, затем Россия и Голландия (которая уже отправила по просьбе сёгуната в 1855 году фрегат «Канкомару» в качестве учебного судна для японских моряков) также добились значительных торговых преимуществ. Император, узнав о договорах, навязанных Китаю в 1858 году, не осмелился противостоять подписанию соглашений сёгуната с иностранцами и скрепя сердце одобрил заключение второго договора с американцами, открывшего им доступ к новым портам и обеспечившего их дипломатическим имммунитетом. За этим документом последовали соглашения с Голландией, Россией, Великобританией, Францией, Португалией и Пруссией (период с 1858 по 1861 год). Новый сёгун, Токугава Иэмоти, который сменил Иэсаду, отправил полномочных министров в Соединенные Штаты (1860) и затем в Европу (1862), не учреждая тем не менее посольств в этих странах.

Сложившаяся ситуация, согласно понятиям японского кодекса чести «позорившая страну», вызвала недовольство сторонников императора и спровоцировала волну сопротивления и даже ненависти к европейцам. Главный сторонник Бакуфу — Ии Наосукэ вместе с заговорщиками из клана Мито организовал убийство представителей клана Сацума в 1860 году. Тем временем ненависть к иностранцам нарастала, особенно после того, как многие японцы пострадали из-за спекуляций европейцами золотом.

Продвижение русских в Маньчжурии и на Сахалине, захват англичанами территорий в Гонконге и Китае, французская колонизаторская политика в Кохинхине (Южном Вьетнаме) вызвали огромное беспокойство политических кругов Японии. Многие европейцы стали жертвами террористов. Влиятельные юго-западные княжества: Тёсю, Сацума, Тоса и Хидзэн (их общее наименование — Садзётохи или Сатётохи) приняли сторону императора, который противостоял иностранцам-«варварам» и сёгунату, благоприятствовавшему их пребыванию на священной земле Японии. В 1862 году сёгунат не смог удержать под своим контролем даймё «внешних» кланов, и они поспешили покинуть столицу Бакуфу и перебраться в Киото, резиденцию императора, ставшую вскоре политическим центром Японии. Освободившись от давления Эдо, даймё по призыву императора объединились в противостоянии Бакуфу. Сам император, чувствуя поддержку даймё и осознавая усиление своей власти, решил с помощью кланов объявить войну иностранцам. Военные действия начались 25 июня 1863 года: Тёсю открыли огонь в проливе Симоносеки по американскому судну «Пемброк». Голландская «Медуза» и французская «Хань-Шан» также подверглись обстрелу с берега. Вскоре последовал ответ: американцы потопили пароход, принадлежавший Тёсю, а французы уничтожили батареи на берегу Симоносеки. Великобритания атаковала город и порт Кагосима, вынудив клан Сацума подписать соглашение, которым англичане воспользовались, чтобы продать Японии военные корабли и снаряжение.

Император Комэй стал осознавать, что европейские государства значительно превосходят Японию по военной мощи, и решимость некоторых кланов идти до конца в противостоянии с Западом начала мешать ему. Требовалось во что бы то ни стало сохранить целостность территории, и это заставило императора пересмотреть свои взгляды на ведение внешней политики. Его ближайшими советниками стали даймё Сацума и Тоса, довольно благосклонно относящиеся к открытию Японии для иностранцев. Клан Тёсю остался не у дел и попытался вернуть политический вес, атаковав Ююто в августе 1864 года. Он был разбит объединенным французским, голландским, английским и американским флотом, нанятым императором (хотя об этом факте мало кто знал). Затем флот занял Хиросиму (принадлежащую Тёсю) и освободил проливы. Остальные кланы объединились с Сацумой и с войсками Великобритании против Бакуфу Эдо.

Ситуация была крайне сложной. Император противостоял клану Тёсю и, не доверяя сёгунату, подтвердил прежние договоры между сёгунатом и иностранцами. Под предлогом защиты императора войска сёгунов продвинулись до Осаки и Хиросимы, но были отброшены хорошо вооруженными войсками Тёсю, так что император решил прекратить военные действия против клана. Тем временем сёгун Иэмоти скончался в Осаке. Его сменил назначенный императором Кэйки Ёсинобу. Став вассалом императора, Кэйки сразу же распустил войско сёгунов и Тёсю.

Император Комэй скончался 3 февраля 1867 года, и на престол взошел его пятнадцатилетний сын Муцухито. Практически все кланы присягнули ему и принесли клятву верности, возможно, надеясь повлиять на юного правителя. Последние сторонники сёгуна Токугавы были разбиты войсками Сацумы и Тёсю, вставшими наконец под знамя императора. Кэйки Ёсинобу был вынужден бежать на американском корабле «Ирокез» и затем пересесть на свой корабль «Каё-мару». В мае 1868 года армия императора настигла последних сторонников в Эдо и на севере страны, где те пытались скрыться.

Кэйки Ёсинобу сложил с себя полномочия в пользу императора, и 3 января 1868 года сёгунат официально прекратил свое существование. Император сосредоточил в своих руках всю власть и на все ответственные должности назначил представителей Садзётохи. Это событие явилось началом «установления эпохи Мэйдзи» — 1 января 1868 года по восточному календарю. Император перенес резиденцию из Киото в Осаку и затем в Эдо, переименовав город в Токио — «столицу Востока». Гражданская война завершилась 27 июня 1869 года капитуляцией Эномото — адмирала, до конца преданного исчерпавшей себя системе сёгуната.

Появилась необходимость внести изменения не только в государственную систему, но и в менталитет народа, а это невозможно сделать одним лишь постановлением свыше. Чтобы Запад признал новую Японию, требовалось прежде всего избавиться от феодального строя. Во время инаугурации 6 апреля 1868 года император произнес речь, в которой говорил о пяти принципах, определивших судьбу Японии вплоть до сегодняшнего дня и положивших начало целой серии значимых изменений в истории страны. Эти принципы были разработаны самим императором при участии трех государственных деятелей родом из благородных феодальных родов: Ивакуры Томоми (1825–1883), принадлежащего к одной из ветвей императорской семьи, Кидо Койна (Такаёси или Такамаса, 1834–1877), главы клана Тёсю, и Фукуоки Котэй (Такасика, 1835–1919) — влиятельного представителя клана Тоса. Все они по разным причинам (чаще личным) так или иначе участвовали в устранении системы сёгуната.

Ознакомление с пятью пунктами «торжественной присяги» императора чрезвычайно важно для понимания причин, приведших к появлению новой Японии:

1. Обещание создать совещательное собрание для решения всех государственных дел в соответствии с общественным мнением.

2. Обещание привести страну к процветанию, объединив для достижения этой цели усилия правителей и управляемых.

3. Всем людям будет дозволено осуществлять свои законные стремления и развивать свою деятельность.

4. Постепенное устранение всех традиций и обычаев, признанных «бессмысленными». Справедливость и беспристрастность, как они понимаются всеми, должны стать основами всякого действия.

5. Поиск знаний во всем мире, для того чтобы они служили укреплению основ государства.

Перед тем как приступить к осуществлению этой обширной программы, император разработал нечто вроде конституции (июнь 1868 года), которая сразу же установила разделение исполнительной, законодательной и судебной властей. Исполнительная власть закреплялась за императором, а законодательной и судебной обладал Государственный совет, состоящий из Верхней палаты, члены которой избирались из представителей аристократии, даймё и самураев, и Нижней, в которую входили самураи из всех кланов. Таким образом происходило возвращение к той форме управления государством, которая существовала в Японии приблизительно с VII века. Реальная власть была сосредоточена в руках министров (гидзо) и советников (са-ньё), полных решимости изменить страну.