Бесчеловечность национал-социалистской расовой идеологии, которая превозносила расо-во "ценных" людей и презирала, подчас уничтожая, "неполноценных", во всей "красе" раскрылась в "Лебенсборне". Там не любили говорить о детях, которые родились с "дефектами". Но родителей таких детей тут же усиленно проверяли на наличие наследственных болезней. Если обнаруживалось, что у пары уже были больные дети, то дело отца и матери могли передать в РуСХА. Это не было пустой формальностью или условностью. Исход мог закончиться их стерилизацией, Только в условиях военного времени, которые не позволяли провести точное изучение наследственности родителей, подобные приговоры не стали массовыми.

Сами же "дефективные" дети "устранялись" из домов "Лебенсборна", которые отказывались брать над ними шефство. Многим из этих детишек отказывали в праве на жизнь. Как "неприспособленные" к жизни, они передавались руководством "Лебенсборна" в специальные учреждения, которые специализировались на эвтаназии, В 1941 году Гитлер отдал приказ об убийстве этих беспомощных существ, который беспрекословно выполнялся.

После начала Второй мировой войны "Источник жизни" ожидали всесторонне изменения. Поначалу они выразились в повышенной потребности в попечении над детьми, что было вызвано трудностями войны. Вместе с тем "внебрачное обслуживание" стало распространяться на новый круг людей. Когда нападение на Советский Союз, миновало стадию "блицкрига" и превратилось в континентальную, глобальную битву, вновь встала проблема увеличения рождаемости. Все эти мероприятия "Лебенсборна" проводились под более умелым руководством организации и при более солидной финансовой поддержке.

С началом войны "Лебенсборн" принял две новые, изначально чуждые ему задачи. Сначала он сооружал в Бромберге в аннексированной части Польши служебную инстанцию, которая должна была поддерживать крестьянок из числа "фольксдойче", мужья которых погибли во время так называемого "бромбергского кровавого воскресенья". Основной задачей этого попечения было восстановление разрушенных крестьянских домов и восстановление дворов. Эта деятельность была закончена лишь в марте 1943 года.

Кроме этого, Гиммлер в октябре 1939 года поручил "Источнику жизни" соблюдать юридические интересы вдов погибших во время "польской" военной кампании служащих СС Для подобных женщин и их семей материальная помощь была предусмотрена лишь в единичных случаях. Лишь в случае "внезапной смерти" супруга государство брало на себя поддержку семьи, воспитание и образование детей. В специально созданном в "Источнике" главном отделе эсэсовских сирот к июлю 1944 года помощь была оказана 15 тысячам вдов и 22 500 сиротам.

Одновременное расширением работы "Лебенсборна" и распространением его на новые области изменялись отношения и внутри самих домов "Лебенсборна", Забота о внебрачных детях, что, собственно, являлось изначальной целью "Источника", становилась невыгодной в домах, которые были рассчитаны на небольшое количество детей. Большинство незамужних матерей, которые возвращались на работу, в большинстве случаев не могли забирать своих детишек. В подобных случаях свой первый год жизни дети проводили в стенах "Источника", пока их матери пытались устроиться в жизни. Тенденция к попечению над детьми, которая все больше превращала "Лебенсборн" из учреждения родовспоможения в детский дом, вызвала озабоченность, но никаких форсированных мер не предпринималось. Только резкий скачок детской смертности в годы войны побудил руководство "Источника" предпринять соответствующие действия.

Осознавая, что высокая детская смертность могла негативно сказаться на репутации "Лебенсборна", Эбнер не без гордости за свою организацию докладывал, что по состоянию на конец 1936 и 1939 годов детская смертность в "Источнике" составляла 3 %, в то время как в целом по Германии она была вдвое больше, то есть 6 %. Но, несмотря на эти самодовольные заявления, в апреле 1940 года смертность уже составляла 3,83 %, в середине того же года 4,17 %, а в 1941 году 4,23 %. Гиммлер, которому регулярно вплоть до самого 1945 года сообщалось о делах в домах "Лебенсборна", в том числе об уровне детской смертности, был разгневан и требовал от Эбнера принять экстренные меры. За этими вспышками гнева скрывался страх, что неуклонно растущая детская смертность могла подорвать силы СС как элитной с демографической точки зрения организации. По этой причине в 1940 году Эбнер не раз проводил консультации с имперским врачом СС, с докторами-консультантами и многими другими специалистами. Все сходились во мнении, что главными причинами роста детской смертности и заражения грудных детей были недостаточная изолированность родильных домов от внешнего мира и слишком короткий период кормления грудных детей материнским молоком. Оба этих обстоятельства были непосредственно связаны с переполненностью домов "Лебенсборна", что и приводило к печальным последствиям. Выход из положения пытались найти в том, чтобы сократить места для матерей, но увеличить места для детей. Более того, пребывание матери в доме "Лебенсборна" после родов, как правило, ограничивалось 6 неделями. Все это привело к тому, что к весне 1940 года в "Лебенсборне" как учреждении родовспоможения находилось в два с половиной раза больше детей, чем было изначально предусмотрено. В абсолютных цифрах ситуация в апреле 1940 года выглядела так. В домах "Лебенсборна" находилось 497 детей и 208 матерей.

Эбнер как медицинский руководитель "Лебенсборна" выслушивал множество упреков со стороны Гиммлера, а потому решил извести "зло" в самом его корне. Он считал необходимым продлить срок кормления грудью. Только в этом случае можно было избежать нарушений в системе пищеварения детей и дать им достаточное количество разнообразных защитных веществ от всех возможных болезней, По этой причине было решено, что пребывание матери в доме "Лебенсборна" должно быть увеличено с 6 недель до 4 месяцев. Однако для начала надо было справиться с переполненностью домов. Эбнер рассматривал в качестве идеального состояния одинаковое количество детей и кормящих матерей. В 1940 году он повторил свое предыдущее предложение организовать центральный дом для грудных детей и специальный детский дом "Лебенсборна".

Чтобы в кратчайшие сроки разгрузить дома, руководство "Источника жизни" решило отделить подросших детей в возрасте 9—12 месяцев от грудничков. Для этой цели 1 ноября 1939 года в Висбадене был открыт дом "Таунус". Первоначально он был запланирован как родильный дом, но после ряда переговоров в нем стали заботиться о 55 детишках. Данная практика продолжалась почти три года, пока "Источник" не получил в свое распоряжение центральный детский дом. В ноябре 1942 года новостройка, которую "Лебенсборн" купил у Саксонии в Корен-Залисе, была торжественно открыта как детский дом "Зонненвизе" ("Солнечный луг"). Там под постоянным медицинским присмотром могло расположиться около 170 детей. Грудные дети, матери которых уже покинули "Источник", отныне направлялись сюда изо всех родильных домов. В конце войны энергичное расширение "Лебенсборна" привело к увеличению количества детей, которые опекались этой организацией. Вследствие этого руководство "Источника" вынуждено было открывать новые детские дома: летом 1943 года в Люксембурге был открыт дом "Мозельланд", а год спустя в торжественной обстановке были открыты еще два дома "Франкен-1" и "Франкен-2", которые располагались в Шалькенхаузене (Бавария).