Крылья ящеров-птеродактилей были натянуты, помимо плеча и предплечья, на очень длинном мизинце. У рукокрылых перепонку крыла поддерживают кости четырех очень длинных пальцев «рук». Третий палец равен обычно длине головы, тела плюс ноги. Лишь конец первого, то есть большого, пальца свободен, выступает из переднего края перепонки и снабжен острым когтем. У большинства видов свободен и крохотный коготь второго пальца. Пальцы задних конечностей — с когтями, от перепонки свободны. Ими рукокрылые, отдыхая днем или в зимней спячке, цепляются за ветки и другие предметы и висят вниз головой, плотно прижав к телу свои эластичные крылья, мускулатура которых, сокращаясь, стягивает и уменьшает их поверхность.

На мускулы, приводящие крылья в движение, приходится лишь 7 процентов веса животного (у птиц в среднем 17). Однако на грудине у рукокрылых вздымается небольшой, подобный птичьему, киль, к которому крепятся главные из этих мышц.

У большинства летучих мышей хвост обтянут летательной перепонкой. Свободнохвостые летучие мыши (Rhinopomatidae) из Северной Африки и Южной Азии — мелкие зверьки с длинным хвостом, похожим на мышиный. В этом семействе один род и три вида. У ринопомы хвост тонкий, длинный, равен длине головы и туловища и торчит целиком из перепонки. Заползая в щели и пятясь задом, ринопомы хвостом прощупывают дорогу.

Сзади у ринопом тело голое, а под голой кожей на крестце, в основании хвоста и на брюхе спрятаны богатейшие запасы жира — они равны почти половине веса самого зверька.

Самец африканского молотоголового крылана (Hypsignathus monstrosus) отличается крупной головой с похожей на молоток мордой, а его огромная гортань занимает треть полости тела. Взрослые самцы обладают парой воздушных мешков, которые открываются по бокам носоглотки и могут быть по желанию надуты, а также огромной, увеличенной гортанью и голосовыми связками. Гортань почти равна по длине половине позвоночного столба, заполняет большую часть грудной полости и оттесняет сердце и легкие назад и вбок. В результате крылан производит продолжительные звуки, похожие на кряканье или кваканье, которое привлекает самок. Объединенные хоры крыланов напоминает лягушачий пруд.

Большинство рукокрылых не может сравниться по скорости полета с более быстрыми птицами, однако у ночниц (Myotis) она достигает приблизительно 30–50 км/ч, у большого бурого кожана (Eptesicus fuscus) 65 км/ч, а у бразильского складчатогуба (Tadarida brasiliensis) почти 100 км/ч.

У ширококрылых летучих мышей полет спокойный, 15–16 км/ч. Набрав достаточную скорость, летучие мыши могут немного парить.

Бедренные кости у летучей мыши настолько тонки, что она не может ходить. Многие летучие мыши не способны передвигаться по твердой поверхности, но вампиры быстро и ловко ползают, опираются при этом они на мозоли кистевого сгиба крыльев и подошвы задних ног. Некоторые виды лазают по вертикальным плоскостям, цепляясь когтями больших пальцев, которые торчат спереди из перепонки крыла, и когтями задних лап. Это не относится к подковоносам, которые на земле довольно беспомощны, ползать по горизонтальным плоскостям не умеют и потому спят в убежищах с широкими входами, в которые можно влетать.

Стартуя с ветки или иного предмета, одни летучие мыши просто падают вниз, а потом, расправив крылья, летят. Другие еще в положении вниз головой машут крыльями, с силой вздымают свое тело вверх, быстро разжимают лапки и летят. С горизонтальных выступов они взлетают как с земли — прыгнув в воздух.

Летучие мыши утоляют жажду, снижаясь к воде, несколькими подхваченными на лету каплями. Если мышь вдруг упадет в воду, она довольно быстро выбирается на берег.

Рукокрылые в большинстве своем — это общественные существа, живущие колониями, в которых бывает от нескольких до многих тысяч зверьков. Колонии бразильского складчатогуба в пещерах на юго-западе США насчитывают миллионы животных. Селятся рукокрылые обычно в пещерах, на деревьях и чердаках. В Карлсбадских пещерах (Нью-Мексико, США) ночуют 9 млн летучих мышей. В сумерках они двадцать минут вьются над выходом из пещеры столбом семи метров в поперечнике, издали похожим на дым пожара.

Вероятно, такая скученность полезна с точки зрения терморегуляции, поскольку снижает колебания температуры. В колониях-питомниках поддерживаются высокие температуры, ускоряющие рост детенышей.

Некоторые виды рукокрылых держатся поодиночке. Например, южный мешкокрыл (Coleura afra) на отдыхе не подвешивается вниз головой, предпочитая вместо этого заползать в щели или прицепляться к стенам; некоторые летучие мыши отдыхают в земляных норах. Американский листонос-строитель (Uroderma bilobatum) сооружает для себя индивидуальное укрытие, перекусывая жилки на листе банана или пальмы, чтобы его половинки обвисли, образуя навес, защищающий от дождя и солнца.

Когда самки беременны или кормят детенышей, самцы ночуют отдельно от них, мужскими компаниями. Летние колонии, как правило, состоят из самок с детенышами. В них могут присутствовать и немногие взрослые самцы, но обычно это не способные к размножению годовалые особи. У некоторых видов самцы образуют холостяцкие колонии, хотя для них более типична одиночная жизнь. Одинокая летучая мышь за окном в начале лета — это обычно самец. А вот у южного подковоноса это правило не соблюдается. Самки этого вида кормят детенышей сообща.

В отсутствие детенышей тело отдыхающих рукокрылых обычно остывает почти до температуры окружающей среды (дневное оцепенение). Похоже, что такой механизм экономии энергозатрат — один из факторов, способствующих поразительной долговечности этих мелких млекопитающих, которые доживают до 30-летнего возраста.

Если температура в районе обитания рукокрылых падает зимой ниже нуля, они впадают в спячку в пещерах или других защищенных местах. У зимующих летучих мышей температура тела резко падает. Даже понижение до минус 4–5 градусов для них не смертельно. Другие теплокровные на это не способны. У активного зверька температура тела составляет 37–40 °C, а во время спячки опускается до 5 °C. Дышат они в зимнем сне лишь 5–6 раз в минуту, а сердце бьется 15–16 раз в минуту. В движении, летом, ритм дыхания и сердцебиения совсем другой — соответственно 96 и 420 раз в минуту.

Многие летучие мыши, как и птицы, улетают зимовать на юг, юго-запад, где нет больших морозов. Одни сравнительно недалеко, километров за 100–150, другие за 300 — прудовые вечерницы. Большие ночницы с Украины кочуют осенью в Венгрию. А североамериканские летучие мыши из рода лазиурус проводят зиму на лазурных берегах Флориды и Бермудских островов, до которых тысячи километров пути над бурным океаном. Оставшиеся зимовать лазиурусы пребывают в летаргической спячке у себя на родине. Мигрирующие летучие мыши обычно пролетают расстояния более 300 км. Бразильский складчатогуб может преодолевать почти 1600 км, направляясь с юго-запада США на «зимние квартиры» в Мексике.

Накануне зимовки самец спаривается с самкой, однако его сперма хранится в теле самки все время зимовки, оплодотворение происходит позже. Например, у ночниц (Myotis), спарившихся осенью, сперма сохраняется в матке в течение примерно пяти месяцев, до следующей весны, когда происходят овуляция (высвобождение яйцеклетки) и оплодотворение. У пальмового крылана (Eidolon helvum) яйцеклетка оплодотворяется сразу же после спаривания, и зигота развивается до стадии бластоцисты (микроскопический полый шарик из клеток), но затем ее развитие останавливается, и она имплантируется в стенку матки только через 3–5 месяцев. У ямайского фруктоядного листоноса (Artibeus jamaicensis) остановка развития примерно на 2,5 месяца наступает уже после имплантации бластоцисты в матку.

На продолжительность беременности может влиять температура, поскольку при холодной погоде развитие замедляется. Беременность длится, за вычетом задержек, примерно два месяца: у ночниц — 54 дня, ушанов — 56–100, вечерниц — 73 дня). Однако она растягивается почти на 6 месяцев у летучих лисиц (Pteropus) и на 7 месяцев — у обыкновенного вампира (Desmodus).