Дю Шатле принял решение покончить с собой. Он отравился, оставив все свое нехитрое наследство Миранде и другим заключенным. После этого дни тянулись совсем уныло.
В августе Миранда предстал перед Особым уголовным трибуналом революции. В сентябре его дело вновь рассматривал национальный Конвент. Миранда попросил, чтобы ему позволили отправиться в ссылку. Он сказал, что хочет продолжить свою борьбу с испанским правительством. Французам было все равно — лишь бы Миранда вышел из игры и уехал подальше, но пока его предпочли держать в тюрьме.
Положение Миранды становилось все отчаяннее, ведь он выступал против «жулика Сен-Жюста» и против Дантона, предавшего его. Однако вскоре ситуация изменилась. Дантон был казнен в апреле 1794 года. Робеспьер был лишен всех гражданских прав и вместе с Сен-Жюстом казнен в июле 1794 года.
Полиция проверила все источники финансирования Миранды и не нашла никаких нарушений. Миранда получал деньги за генеральское звание, а также от своих богатых покровителей. Тем временем тюремное заключение Миранды продолжалось. Он приобрел новых друзей в тюрьме, в их числе известного ученого и антиквара Энтони де Куинси.
В декабре 1794 года Миранда сделал блестящий ход против Конвента, написав письмо, где осудил «отвратительные принципы Робеспьера, которые требуют от человека приносить свои интересы в жертву общественным». Идеи тиранов — от Тиберия до Филиппа II, — оправдывающие их бесчинства, он назвал «дьявольскими». Миранда закончил свое письмо с присущим ему достоинством: «Я не прошу пощады у Конвента. Я требую самого строгого судебного разбирательства для себя и тех, кто осмелился… скомпрометировать устремления французского народа и его национальный образ». Подозреваемый в революционной измене и проведший в тюрьме более года, Миранда демонстрировал достойную восхищения силу духа.
26 января 1795 года Миранду наконец освободили из тюрьмы Ла-Форс и тут же препроводили в роскошные апартаменты на улице Святого Флорентина, стоимость которых составляла 1400 фунтов в год — невероятная по тем временам сумма! Миранда, так долго лишенный общения с женщинами, пустился во все тяжкие. Женщины, театры, элегантные приемы — его привычные удовольствия… В тюрьме, кстати, он встретил давнюю знакомую — Дельфину, красавицу маркизу де Кюстин. Ее муж также был пленником Ла-Форс. Миранда вновь страстно увлекся ею. Но вскоре обнаружил, что Дельфина одинаково благосклонна к Шатобриану, Фуше, Александру Богарне, М. де Гроши, Луи де Сегуру, Бойси д’Англесу и доктору Кореву. Страстная и умная Дельфина была, несомненно, нимфоманкой. Это открытие охладило пыл Миранды. Они продолжали встречаться, но уже не были любовниками. Незаконная дочь Людовика XV, Дельфина была искуснейшей кокеткой и, согласно свидетельствам современников, «любила всех, даже своего мужа». Она засыпала Миранду письмами, часто встречалась с ним. И провожала его, когда он уезжал из Франции.
Тюремное заключение Миранды не помешало ему принимать посильное участие в революционной борьбе. И теперь он приступил к выработке собственной умеренно-либеральной программы, в основе которой — анафема политическому экстремизму. В частности, он проявил невероятную для атеистического века терпимость по отношению к либерально мыслящим церковнослужителям. Миранда восхвалял также достоинства Джорджа Вашингтона, «заслужившего доверие соотечественников не популярностью, которой он избегал, а спокойствием духа и честностью намерений». Это высказывание говорит о том, что нигилизм Миранды уступил место уважительному отношению к чужим Достижениям.
Отношение Миранды к Французской революции красноречиво проявилось в одном из его высказываний: «Я люблю свободу, но не ту, что основана на крови и безжалостном отношении к женщинам, старикам и детям. Такой порядок существовал до последнего времени в этой стране». Миранда не скрывал, что хочет служить послереволюционной Франции. Через два месяца после освобождения из тюрьмы Ла-Форс Миранда познакомился с молодым Наполеоном Бонапартом. В первый раз они встретились в салоне Жюли де Сегур. Миранда пригласил Наполеона к себе на обед. Вот что написал Наполеон после визита к Миранде: «Вчера я обедал у одного действительно необычного человека. Я думаю, что он двойной агент, — работает одновременно на Испанию и Англию. Он живет на третьем этаже. Его квартира обставлена в восточном стиле. Среди всей этой роскоши он жаловался на свои страдания… Я привык встречаться с разными важными персонами. Он один из них. Очень хочу встретиться с ним еще. Он — вылитый Дон Кихот, с той лишь разницей, что находится в здравом уме… В душе генерала Миранды горит священное пламя».
Узнав Миранду ближе, Наполеон изменил мнение — теперь он видел в нем демагога и псевдореспубликанца.
Сам же Миранда после встречи с Наполеоном оставил следующую запись в дневнике: «Он был очень удивлен роскошью, которой я так люблю окружать себя». Другой гость Миранды находил его апартаменты «совершенно прекрасными… Недовольный тем, как идут дела в политике, он занимал себя искусством и наукой. У него была одна из лучших библиотек и квартира, изящнее которой я ничего не видел. Попав туда, я вообразил, что нахожусь в Афинах в доме Перикла».
Роялисты и «умеренные», вступившие в политический союз, хотя не очень-то рассчитывали на Миранду, все же рассматривали его кандидатуру в качестве одного из лидеров готовящегося военного переворота. Видный роялист того времени язвительно заметил по этому поводу, что «восхождение по политической лестнице испанского креола, лейтенанта провинциального полка его католического величества, абсолютно неизвестного во Франции, где он прожил всего несколько лет и где известен только со времен революции, является очевидным недоразумением».
Окончательное выяснение отношений между роялистами и республиканцами было неизбежно и должно было произойти в самое ближайшее время, но Миранда никак не мог решить, стоит ли ему принимать в этом участие. Когда правительство ночью направило полторы тысячи солдат против активистов-радикалов, собравшихся в одном из театров 4 октября в два часа ночи, революционные газеты возвестили, что именно Миранда несет ответственность за это беззаконие. Вендимария и Наполеон приложили немало сил, чтобы усмирить бунтовщиков. Миранду назвали одним из основных заговорщиков. Он затаился и выжидал. Затем объявился и заявил, что не имеет ни малейшего отношения к происшедшим событиям.
Его арестовали и приказали немедленно покинуть Францию, но исполнение этого приказа было отложено. Миранда оставался на свободе, но теперь за ним неотступно следовал жандарм. Однажды Миранде все-таки удалось обмануть своего сторожа. Он сбежал из-под ареста, спрятался у друзей и начал слать в газеты письма, в которых защищал себя и обвинял своих врагов. В конце концов Миранда получил официальное разрешение остаться во Франции. И по-прежнему активно участвовал в политических интригах и по-прежнему выступал со своей либеральной, антиэкстремистской и антимонархической программой.
В сентябре 1797 года правительство подавило еще один монархистский заговор. В числе его организаторов опять был назван Миранда. Пришлось ему снова скрываться, поскольку полиции было приказано задержать «перуанского генерала», если он еще не уехал в Афины. Миранда окончательно разочаровался во Французской революции. Опасаясь вновь оказаться в тюрьме и еще больше опасаясь альянса Франции и Испании, он решил уехать в Британию.
На прощание Миранда страстно поцеловал Дельфину, надел парик, зеленые очки и, как обыкновенный купчишка, отправился на лошадях в Кале. В январе 1798 года на датском корабле он прибыл в Дувр. Там на таможне в чемодане Миранды было обнаружено двойное дно, где были спрятаны какие-то бумаги. Но все уладилось. Миранде вернули его бумаги, и он отправился в Лондон.
По прибытии в Англию Миранда был вызван в загородную резиденцию Уильяма Питта в Кенте. Там он доложил Питту о ситуации во Франции и вновь просил помощи в деле освобождения Южной Америки от Испании. Возвратившись в Лондон, начал работу по созданию собственной организации в Южной Америке и Европе.