Отвага и энергия Кокрейна сочетались с пренебрежением к дисциплине. У молодого лейтенанта были неприятности из-за несоблюдения субординации. Вернувшись домой в отпуск в конце лета 1801 года, он вновь стал враждовать с графом Сент-Винсентом, первым лордом адмиралтейства. Причиной ссоры стало хищение денег, предназначавшихся Кокрейну в качестве награды за победу над испанцами, и непродвижение по службе его помощника.

Вызывающее поведение Кокрейна спровоцировало Сент-Винсента на провокационное высказывание, что «небольшое количество погибших людей на борту „Спиди“ еще не гарантирует продвижения по службе». В ответ на это Кокрейн неосторожно заметил, что на борту первого флагмана лорда Сент-Винсента в битве у острова Сент-Винсент погиб всего один человек. Надо сказать, что лорд Винсент чувствительно относился к любым напоминаниям об этой битве. Многие считали, что он намеренно не вступил в бой в тот день.

Продление отпуска, связанное с Амьенским миром, подписанным в марте 1802 года, позволило Кокрейну восстановить пробелы в своем образовании. Он понимал, что должен учиться дальше. Когда он не был занят борьбой с начальством и сражениями на море, то много времени проводил за книгами. Теперь он отправился в Эдинбург и записался в университет — к знаменитому профессору философии Дугалду Стюарту.

В мае 1803 года возобновилась война между Британией и Францией. Сент-Винсент, забыв обиды, позволил Кокрейну командовать кораблем, раньше транспортировавшим уголь. Корабль назывался «Араб». Когда Кокрейн увидел его в первый раз в Плимуте, то сказал: «Он будет плавать как стог сена». На «Арабе» он проплавал больше года, охраняя рыболовные суда на Оркнейских островах. Сент-Винсент характеризовал Кокрейна как человека, «не верившего никому на слово… сумасшедшего, романтичного, жадного до денег и к тому же лгуна».

К 1804 году Сент-Винсента сместили. Кокрейн был назначен капитаном тридцативосьмиорудийного фрегата «Паллас». Из-за банкротства своей семьи Томас Кокрейн был одержим идеей поправить финансовые дела и сделать карьеру. Он научился невероятно ловко захватывать трофеи. За несколько недель состояние Томаса возросло до семидесяти пяти тысяч фунтов.

На обратном пути с Азорских островов в марте 1805 года «Паллас» подвергся неожиданному нападению трех вражеских кораблей. При усиливающемся ветре и больших волнах Кокрейн ускорил ход и повел корабль зигзагом, виляя перед вражескими кораблями. Но два вражеских судна вскоре все-таки нагнали «Паллас». Они шли по сторонам от него на расстоянии полумили. Третий корабль, державшийся в отдалении, приготовился стрелять.

И тут на «Палласе» одновременно подняли все паруса. Тогда же штурвал на корабле был повернут на сто восемьдесят градусов. «Паллас» ринулся вперед через шторм. Ядра вражеских пушек не долетали до него. Кокрейн вновь велел поднять паруса, и на большой скорости, делая тринадцать узлов в час, «Паллас» пошел в противоположном направлении. Для того чтобы изменить курс и возобновить преследование, вражеским кораблям понадобилось проплыть несколько миль. С наступлением ночи Кокрейн с успехом повторил свою уловку с бочонком и свечой.

Когда у Томаса было уже достаточно денег, он решил заняться политикой и выдвинул свою кандидатуру на выборах в парламент от захудалого городка Хонитона, что рядом с Плимутом. Его отказ покупать голоса стоил ему места в парламенте. Но зато он вознаградил своих сторонников, выдав по десять гиней каждому. Это было вдвое больше, чем давали за свои голоса победившие его оппоненты. Он сделал так, чтобы его сторонники «смогли устоять перед взятками».

Какое-то время «Паллас» нес конвойную службу между Плимутом и Квебеком. А в начале 1806 года «Паллас» перевели на Ла-Манш, недалеко от побережья Франции. В апреле 1806 года, узнав, что несколько французских корветов укрылось в Гаронне, Кокрейн, оставив костяк экипажа на «Палласе», послал корабельные лодки в ночную атаку на патрульный корабль французов «Тапажёз». Моряки Кокрейна успешно справились с поставленной задачей, но на реке появились еще три вражеских корабля.

Кокрейн опять прибегнул к уловке. При помощи сложной веревочной системы все паруса «Палласа» развернулись одновременно, создавая иллюзию мощи. Французы, в панике меняя курс, налетели на мель. Это дало Кокрейну возможность увести захваченный «Тапажёз» и его моряков. Узнав об этом, Наполеон окрестил Томаса Кокрейна «морским волком».

В августе 1806 года Кокрейна назначили капитаном фрегата «Амперьёз». Это тридцативосьмиорудийное судно водоизмещением в тысячу сорок шесть тонн было захвачено у испанцев. «Амперьёз» стал самым быстрым кораблем этого класса на британском военно-морском флоте. Среди корабельных гардемаринов был молодой Фредерик Маррьят. Позднее он станет писать романы под именем Капитан Маррьят. Вот отрывок из его воспоминаний:

В начале 1807 года конвой французских торговых кораблей в Бискайском заливе зашел в бассейн Арчачона. Войска, находившиеся в форте, вышли в море — охранять корабли ночью. Захватив практически безлюдный форт, Кокрейн атаковал противника с тыла. Французы отступили, оставив конвой без защиты. Семь вражеских кораблей были уничтожены. В середине февраля «Амперьёз» вернулся в Плимут.

В 1806 году Кокрейн со второй попытки был избран членом парламента от Хонитона-на-Девоне. На этих выборах неудачливым соперником Кокрейна был драматург Ричард Бринсли Шеридан. Вступив в должность, Кокрейн без промедления взялся за решение проблем злоупотреблений на военно-морском флоте и коррупции в адмиралтействе. Неудивительно, что вскоре его поспешно отправили на Средиземное море. Там он действовал с присущей ему изобретательностью, совершая рейды на позиции врага и опустошая суда французских войск на Пиренейском полуострове.

Одна из самых захватывающих операций Кокрейна была проведена в Монгате, недалеко от Барселоны. Основная часть французского гарнизона города отсутствовала. Французы осаждали испанцев в Героне. Местные партизаны уговорили Кокрейна атаковать город. Ночью он заблокировал две дороги в форт и открыл стрельбу из пушек со стороны моря. Вскоре французы сдались. Однако местные испанцы хотели отомстить французам, и Кокрейну пришлось отбивать девяносто пять французских пленников от толпы, чтобы доставить их невредимыми на корабли.

В ноябре 1808 года примерно с восемьюдесятью моряками с «Амперьёза» Кокрейн захватил форт Тринидад, который возвышался над городом Росас. С тех пор как французы захватили Тринидад у испанцев, через Росас шло подкрепление для французской армии на Пиренейском полуострове. Французские батареи обстреливали форт с вышерасположенных холмов и пробили в городской башне брешь на высоте примерно в пятьдесят футов. Кокрейн сразу же принял меры, чтобы через эту брешь в город не проникли лазутчики, и устроил возле нее ловушки из намазанных жиром досок — попав на них, непрошеные гости непременно должны были скатиться с башни вниз. Там были натянуты корабельные сети с рыболовными крюками. Башня к тому же была заминирована. Подразнивая противника, Кокрейн показался на парапете башни. В него полетели камни, одним из которых он был легко ранен.

30 ноября ожидаемое французами подкрепление прибыло. Французский авангард из ста двадцати человек начал взбираться на стены башни. Их встретили ловушки Кокрейна и огонь защитников крепости. Спустя некоторое время люди Кокрейна начали отступать, заманивая французов прямо на мины. Много солдат погибло, но французы упорно продвигались вперед. В конце концов их наступление было остановлено ручными гранатами. Французы отошли на безопасное расстояние. Однако 5 декабря обстоятельства вынудили Кокрейна вывести гарнизон из форта Тринидад. Отступая, англичане взорвали главную башню города. Таким образом, в течение двух недель Кокрейн сдерживал продвижение шеститысячной армии французов. При этом он потерял лишь трех солдат.