Находившиеся на полуострове 51, 145, 93 и 94-й строительные батальоны, 124-й инженерный батальон, 21-й дорожно-восстановительный батальон и 101-я строительная рота были подчиненные центральным управлениям в Москве, а 296-я отдельная строительная рота и 219-й саперный батальон — Ленинградскому военному округу (ЛВО). Большинство строительных частей в мирное время подчинялись особому строительному отделу — ОСО-3.

В Ханко имелись управление коменданта города (комендант старший лейтенант Орлов) с подчиненной 158-й отдельной местной стрелковой ротой, управление военной железной дороги с подчиненным ему 8-м железнодорожным батальоном.

Тыл базы возглавлял капитан 2-го ранга Н. С. Куприянов. Порт Ханко (командир интендант 1-го ранга А. В. Колесников) обеспечивал базирующиеся корабли углем, нефтью, продовольствием, водой и пр. Для угля был построен склад вместимостью 2000 т, для нефти — цистерны на 2000 т. Запас продовольствия был рассчитан на 4–6 месяцев, запас пресной воды составлял 200 т. Порт имел пять буксиров (ПХ-1, ПХ-2, ПХ-3, ПХ-4 и И-17), два мотобота (№ 42 и 46), баржи (№ 12, 14, 18, 37 и Р-55), плавкраны. Уже после начала войны в Ханко прибыли транспорты «Вахур», «Вохи» и «Хильде» для обеспечения деятельности базы.

Медико-санитарную службу базы возглавлял военврач 2-го ранга М. Г. Ройтман. На Ханко имелись два госпиталя. Военно-морской госпиталь — начальник военврач 2-го ранга Ю. В. Лукин. В расположении 8-й ОСБ находился полевой госпиталь. При базе существовал дом отдыха «Гангутец».

Кроме того, в Ханко имелись такие организации как управление помощника командира базы по гражданской части, управление милиции, военторг, рыболовецкая артель, ремстройконтора и другие мелкие строительные организации. В городе действовали почта, ЗАГС, сберегательная касса, работали школа, магазины, аптеки, кинотеатр, библиотека.

На Ханко находилась редакция базовой газеты «Боевая вахта». 8-я ОСБ имела свою газету «Защитник Родины».

Общая численность гарнизона ВМБ Ханко определялась в 25 300 бойцов и командиров различных родов оружия и войск. Вместе с гражданским населением на полуострове находилось около 30 000 человек.

В ходе войны гарнизон пополнился одной пулеметной ротой, 46-м строительным батальоном в составе 1100 бойцов, 300 запасниками, 500 эстонцами, призванными по мобилизации, и 530 бойцами, эвакуированными с острова Хиума.

Однако в обороне островов Ханко была одна, но довольно существенная проблема: граница по островам проходила таким образом, что на одном острове располагались советские войска, а на другом, через 10–15 м, — финские. Зимой, когда узкие проливы между островами покрывались льдом, обойти нашу полосу обороны для противника не составило бы особого труда: целесообразности в обороне каждого острова не было, а зимой, когда почти три четверти суток темно, финны могли легко пересечь залив вдали от этих островов и нанести удар там, где их совсем не ждали.

ВМБ Ханко больше, чем любая другая, находилась в отрыве от остальных баз флота. Все виды довольствия, в том числе и артиллерийское снабжение, шли железной дорогой из Выборга через всю южную Финляндию и морским путем из Ленинграда и Таллина. В случае войны с Финляндией доставка грузов сушей, естественно, прекращалась, морем — становилась затрудненной, а сам порт Ханко, где хранились основные запасы и осуществлялась разгрузка кораблей, мог оказаться под огнем противника.

Кроме того, 8-я ОСБ и все части Ленинградского военного округа (около 15 тыс. чел., а всего база насчитывала 25 300 чел.) довольствовалась отдельно, их снабжали из Ленинграда помимо тыла флота. В случае блокады и прекращения подвоза из Ленинграда и Выборга по железной дороге базе пришлось бы обеспечивать и эти части, то есть запасы сокращались вдвое. В ходе Великой Отечественной войны именно так и произошло. Что касается боеприпасов, то для орудий основных калибров (305, 180, 130 и 100-мм) имелся только один боекомплект, что по нормам военного времени соответствовало двухмесячному запасу. У 8-й бригады насчитывалось до десяти боекомплектов (на срок до 6,5 месяца боевых действий). Запасов бензина на Ханко хватало лишь на полтора месяца.

Созданных запасов продуктов в базе Ханко было недостаточно. Если запасов муки и сахара обеспечивали на 8–10 месяцев, то совершенно недостаточно было мясных продуктов, боезапаса, гранат и бензина.

В первых числах июня 1941 г. состояние военно-морской базы Ханко проверяли командующий войскам Ленинградского военного округа (ЛВО) генерал-лейтенант М. М. Попов, начальник штаба округа генерал-майор Д. Н. Никишев, командующий КБФ вице-адмирал В. Ф. Трибуц и представитель военного отдела ЦК ВКП(б) Н. В. Малышев, пришедшие на эскадренном миноносце. Прибывшие военачальники осмотрели строительство дотов, береговую батарею на острове Хесте-Бюссе, осмотрели систему оборонительных сооружений и ряд других объектов. Только что назначенный командир базы генерал-лейтенант береговой службы С. И. Кабанов доложил о состоянии дел, проблемах и недостатках.

Командующие обещали помочь, но лишь 8-я бригада через неделю получила три тысячи самозарядных винтовок СВТ и дополнительный боезапас для орудий 343-го артполка.

Видимо, более масштабные дела в июне 1941 г. заслонили проблемы военно-морской базы Ханко, но сам факт приезда такой представительной группы свидетельствовал о повышенном внимании к ВМБ Ханко со стороны ЦК ВКП(б), а также командования флота и округа.

Работы по завершению и строительству оборонительных рубежей шли полным ходом. На северном побережье полуострова и прилегающих к нему островах сооружались дзоты и доты, устанавливались проволочные заграждения и другие препятствия. На перешейке заканчивалось рытье большого противотанкового рва; вдоль него и в глубину ставились гранитные надолбы, проволочные и минные заграждения.

Тактическая глубина обороны достигала 1,5 км, а вся ее протяженность — 22 км. Основу обороны района составляли дзоты. Инженерные части строили в глубине полуострова, отступив от границы 4–6 км, полосу долговременных огневых точек (доты) — главную полосу обороны базы. К июню 1941 г. шесть дотов забетонировали, для большей части вырыли только котлованы: не было материалов, закладных частей и вооружения. Все огневые средства (станковые пулеметы и батальонные 45-мм орудия) были в дзотах, построенных так же, как и на перешейке.

Всего к началу войны было построено: дзотов — 190, минометных позиций — 22, незащищенных КП и НП — 28, артиллерийских позиций — 11, защищенных КП — 3, проволочных препятствий в 3–6 рядов — 21 км, противотанковых рвов и эскарпов — 2,5 км, противотанковых надолб — 2,5 км.

В основном было закончено строительство позиций железнодорожных батарей и установка открытых береговых батарей. Построены одна позиция для 9-й батареи, одна основная и одна запасная для 17-й батареи. Для 305-мм башенной батареи на острове Руссаре были готовы только котлованы.

Защищенных убежищ для личного состава, госпиталей, учреждений, машин, самолетов, топлива и боезапаса построено не было. Острова и побережье оборудованы слабо.

Защищенных командных пунктов было только три: из них два — ФКП штаба базы и КП штаба СБО как временные, третий — КП 8-й ОСБ не был оборудован.

Инженерное строительство тормозилось отсутствием в воинских частях средств и материалов и тем, что все строительство непосредственно замыкалось на строительные и инженерные управления наркомата ВМФ.

Таким образом, на перешейке, соединявшем полуостров с материком, была создана надежная система сухопутной и противодесантной обороны, опирающаяся на доты, дзоты и надолбы, плотно расположенные по фронту и эшелонированные в глубину. До войны только дотов и дзотов было построено 190, прорыт противотанковый ров, установлены проволочные заграждения.

Ханко была единственная советская военно-морская база, имевшая до начала войны полноценную сухопутную оборону. Оборонительные рубежи на сухопутном направлении у Севастополя, Таллина и Одессы начали возводиться только после того, как противник приблизился к ним. Но о том, что войска неприятеля подойдут к Главным базам флота с суши, даже не предполагалось.