Заканчивая характеристику орографического строения Заилийского Алатау сравнением высоты его с Альпами, Пиренеями и Кавказом, Семенов переходит далее к рассмотрению растительных зон. В Заилийском Алатау им выделяются следующие зоны: степная, простирающаяся в некотором отдалении от подножья Заилийского Алатау на абсолютной высоте от 150 до 600 метров; культурная, или садовая, которая «простирается не только у самого подножья Заилийского Алатау, но и восходит на его предгорья и в его долины до нижнего предела хвойных лесов…», то есть до высоты 1400 метров на северном и 1500 метров на южном склоне Заилийского Алатау; третья зона, которую можно назвать зоной хвойных лесов, а также субальпийской, простирается от 1400–1500 метров до пределов лесной растительности, то есть 2300–2450 метров; четвертая зона, альпийская, простирается от верхнего предела лесной растительности до снежной линии. Эта зона подразделяется на нижнюю альпийскую, или зону альпийских кустарников, и верхнеальпийскую, или зону альпийских трав; «пятая зона есть зона вечных снегов…».
Семеновские характеристики отдельных зон были хорошо резюмированы в известной работе В. И. Липского о флоре Средней Азии. Укажем основные заключения Семенова относительно выделенных им зон, следуя частично изложению Липского.
Растительность степной зоны отличается, по Семенову, оригинальностью в сравнении с Европой. Оригинален не только состав флоры, многочисленные солончаковые растения, тамариксы, астрагалы, Hedysarum, Alhagi, Halimodendron, Ammodendron и другие, но и отсутствие скученности. «Нигде растения не образуют сплошного дерна, а растут… на довольно большом одно от другого расстоянии, так что почва большей частью обнажена в промежутках…». В степной зоне можно различить две области (яруса). Первая с саксаулом и другими характерными арало-каспийскими растениями, а также местными видами.
Вторая – характеризуется полынью (виды Artenisia) и содержит большую примесь европейских видов, чем первая область. Заключая характеристику степной зоны, Семенов указывает на особенности ее климата и на ее экономическое значение. «Климат и почва степной зоны отличаются необыкновенной сухостью. Реки, протекающие шумными горными потоками через три зоны, лежащие над степной, достигая сей последней, быстро уменьшаются в своем объеме и скоро совсем прекращают течение, образуя ряд плесов или озер с солоноватой водой, а затем отчасти всасываются в почву, отчасти превращаются в пары и впадают таким образом в сухую раскаленную летом атмосферу степной полосы.
Немногие многоводные реки, как, например, Или, делают исключение из общего правила, увлажняя свои берега постоянным своим течением. Вследствие таких физических свойств степной зоны она не имеет никаких удобств для колонизации. Зато для экономического быта туземных кочевников-киргизов степная зона чрезвычайно важна, так как здесь они имеют лучшие свои зимовки и хороший подножный корм в продолжение всей краткой и весьма малоснежной зимы этой зоны».
Культурная, или садовая, зона занимает подножье и предгорье Алатау до нижнего предела хвойных лесов. Из фруктовых деревьев этой зоны Семеновым указывается «дикая яблоня, урюк, или дикий абрикос, а в западном Тянь-Шане – фисташковое дерево и грецкий орех».
Из других деревьев Семенов называет Populus laurifolia, Populus tremula, Betula davurica, Acer Semenovi, Sorbus aucuparia, Primus padus, Crataegus pinnatifida; кроме того, ряд кустарников (перечислено более 30).
Флора этой зоны заключает более 60 % среднеевропейских видов. Между азиатскими видами есть элементы флор сибирско-алтайской (указано 21), арало-каспийской (23) и собственно джунгарской (указано более 30). Культурная зона отличается большими удобствами для хлебопашества и садоводства и необыкновенным плодородием, но только при одном условии, а именно при возможности искусственного орошения (ирригации). Обращаясь к вопросу о значении зоны для земледелия, Семенов указывает на различие тех подгорий в ее пределах, которые находятся ниже снежных или высоких частей Алатау и отличаются плодородием вследствие обилия воды, приносимой горными потоками из этих зон, и сухих подгорий, расположенных там, где горный гребень понижается.
Зона хвойных лесов характеризуется преобладанием ели Picea Schrenkiana, из лиственных пород есть тополь, осина, береза, рябина и другие. Среди перечисленных Семеновым кустарников (24) названо 7 видов Lonicera. Так же как и в культурной зоне, в зоне хвойных лесов – более 60 % европейских видов, в верхних частях зоны есть альпийские и полярные типы (указано 17); из прочих 40 % азиатских большая половина принадлежит к растениям сибирского севера, алтайско-саянским и частью полярным (указано 38); кроме того, кавказские (указано 10), гималайские (5) и местные тянь-шаньские (26). Экономическое значение этой зоны определяется ее лесами, дающими строевой материал и топливо. В некоторых местах зона приобретает субальпийский характер: леса заменяются субальпийскими лугами, перемежающимися со скалами. Эти луга важны для летних кочевок киргизов.
Альпийская зона разделяется на нижнеальпийскую, или зону альпийских кустарников, и верхнеальпийскую, или зону альпийских трав. Альпийские кустарники принадлежат к немногочисленным видам (перечислено 12). Замечательно отсутствие Rhododendrin, объясняемое сухостью климата. Европейских растений в этой зоне более 25 %, преимущественно альпийско-полярного типа (указано 23), немногие растения принадлежат к среднеевропейским (10), большая часть свойственна альпийской зоне, алтайско-саянской флоре и полярной Сибири (указано около 50), несколько гималайской (4); ряд растений принадлежит собственно тянь-шаньской флоре (30). Зона богата превосходными лугами и пастбищами и имеет большое экономическое значение для летних кочевок киргизов.
«Весьма большое, хотя только косвенное экономическое значение имеет и зона вечных снегов, так как только на тех подгорьях хребта, над которыми существует зона вечных снегов, культурная зона богата, орошена и вполне способна для ирригации, а следовательно, для хлебопашества, садоводства и колонизации». Так заканчивает Семенов характеристику последней из выделенных им зон Алатау.
Гораздо более краткой, благодаря меньшему количеству данных, является характеристика котловины озера Иссык-Куль. Прежде чем обратиться к семеновскому описанию котловины Иссык-Куля, укажем, что одним из главных результатов поездки Семенова на западную оконечность озера можно считать установление существующих соотношений между озером Иссык-Куль и рекой Чу.
Вплоть до экспедиции Семенова господствующим среди географов был взгляд, что река Чу вытекает из Иссык-Куля. Во время своей поездки Семенов установил, что Чу является продолжением реки Кочкура (по Семенову, река Кочкар или Кошкар), вытекающей из горной долины Тянь-Шаня к западу от Иссык-Куля.
Наблюдениями Семенова было установлено, что Чу, не доходя до Иссык-Куля, круто поворачивает в противоположную от озера сторону, врезываясь в поднимающиеся на западной стороне Иссык-Куля горы, и наконец врывается в Боамское ущелье. Дойдя до болотистой местности, находящейся у самого поворота реки Чу, Семенов обнаружил небольшую речку, соединяющую Чу с Иссык-Кулем. «…Река эта по своему мелководью и ничтожеству носит название Кутемалды, – писал потом в статье о поездке Семенов, – вот на что сводится, по крайней мере, в настоящее время, гидрографическая связь реки Чу с озером Иссык-Куль, которое прежние географы (Риттер и Гумбольдт) принимали за исток реки Чу».
В характеристике котловины Иссык-Куля Семенов использовал результаты своих наблюдений для разрешения вопроса о происхождении существующего соотношения между рекой Чу и Иссык-Кулем и генезисом Боамского ущелья.
