В 1655 году Локк получил степень бакалавра искусств, а через три года заслужил степень магистра.

В Оксфорде Локк сближается с энтузиастами нового научного направления, которое противостояло схоластической учености, господствовавшей в английских университетах. Еще до 1658 года он проявляет глубокий интерес к деятельности Джона Уилкинса, ученого «со страстью к научным экспериментам, невиданной в каком-либо человеке со времен Бэкона». Ричард Лоувэ, сторонник экспериментального изучения причин заболеваний, впервые применивший переливание крови, увлекает Локка занятиями медициной. Здесь же, в Оксфорде, Локк становится другом Роберта Бойля и совместно с ним проводит естественнонаучные эксперименты. Бойль впервые пробудил у него интерес к философии Декарта и Гассенди.

В это же время Джона занимает вопрос об отношениях церкви к государству. Локк посвятил этому предмету свое первое сочинение, которое, впрочем, никогда не было напечатано. В 1664 году Локк в качестве секретаря сопровождал в Берлин английского посла Вальтера Фена. Из писем его к друзьям следует, что он отправился в Берлин скорее в качестве туриста и не помышлял о дипломатической карьере. Локк пробыл на континенте около года. В письмах друзьям Джон обстоятельно и живо описывал решительно все, что обращало на себя его внимание, начиная с положения финансов в Берлине и кончая крестинами одного новорожденного берлинца, на которых ему пришлось присутствовать.

В том же году Локк возвратился в Лондон. Занимаясь вопросом об отношении церкви к государству, Локк познакомился с влиятельными духовными лицами и близко сошелся с некоторыми из них. Один из его приятелей занял важный пост в Дублине и предложил ему видное место в духовной иерархии в Ирландии. Эта должность как нельзя более прельщала благочестивого Локка, но скромность заставила отказаться, он считал себя в то время недостаточно к ней подготовленным.

Постоянные заботы о собственном здоровье рано привели Локка к изучению медицины. По свидетельству современников, он вскоре стал искусным врачом, но, не желая заниматься медицинской практикой, давал советы только друзьям. Локк соблюдал строгую диету. Он пил только воду и считал это верным средством продлить жизнь.

В 1666 году Локк познакомился с лордом Энтони Эшли, страдавшим непонятной болезнью. Поставив точный диагноз, Локк посоветовал лорду сделать операцию и тем самым спас тому жизнь. В знак благодарности лорд Эшли пригласил Локка погостить к себе на лето, а потом предложил ему поселиться в его доме навсегда. Локк принял это предложение и продолжал лечить лорда и всех членов его семьи. Обязанности домашнего доктора не мешали Локку продолжать занятия философией и естественными науками. Благодаря Энтони Эшли Джон заинтересоваться политикой и теологией. Одновременно продолжал заниматься наукой. В 1668 году Локка избирают членом Королевского естественнонаучного общества, а в 1669 году — членом Совета этого общества.

В конце 1667 года он пишет Бойлю: «Место, которое я теперь занимаю, удержало меня от совершения каких-либо дальнейших химических экспериментов, хотя я чувствую, что у меня руки чешутся, чтобы еще позаниматься этим делом». После знакомства и сближения с выдающимся врачом-новатором Томасом Сиднхэмом он начинает писать трактат «О медицинском искусстве» (1669), в котором приводит доводы в защиту экспериментального исследования заболеваний. Правда, этот трактат не был закончен.

В 1668 году Локк сопровождал во Францию графа и графиню Нортумберлендских. После смерти графа он возвратился в Англию ранее, чем предполагал, и снова поселился в доме лорда Эшли. Лорд поручил ему воспитание своего единственного сына. Локк ответственно отнесся к своей новой обязанности. Любопытно, что именно он подобрал красивую, добрую и умную жену своему питомцу.

По совету своих друзей в 1671 году Локк принимает решение осуществить тщательное исследование познавательных способностей человеческого разума и тех шагов, которые совершает «ум в своем движении к знанию».

«Однажды у меня собралось небольшое общество, пять-шесть человек, — писал Локк. — Зашел разговор о предметах, не имеющих ничего общего с содержанием книги. Наблюдая за развитием разговора и ходом мыслей, я заметил, что затруднения в выводах представлялись со всех сторон, и старался уяснить себе причину этого, причем нашел, что она кроется в недостаточном знакомстве с самими свойствами нашей познавательной способности. Я тотчас же сообщил эту мысль своим друзьям; они нашли ее справедливой и пожелали ей дальнейшего развития. Я тут же передал им, что в данную минуту думал об этом предмете, и возбудил в них большой интерес; они убедили меня заняться исследованием законов нашего мышления…»

Локк задумал написать книгу, рассчитанную на читателей, которые не довольствуются «ленивой жизнью на крохи выпрошенных мнений», а способны обратить «в дело собственные мыслительные способности для отыскания и исследования истины». Это был «Опыт о человеческом разуме». Локк работал над ней на протяжении девятнадцати лет.

В 1672 году лорд Эшли стал лордом Шефтсбери и великим канцлером Англии. Локк же благодаря покровителю занял высокий пост секретаря правления по делам благотворительности. На этой должности он пробыл до конца 1673 года, то есть до того времени, когда патрон его снова впал в немилость. Служебные взлеты и падения Шефтсбери, как эхо, отражались на судьбе философа.

Локк отправился во Францию, в Монпелье, где пробыл с конца 1675 года до середины 1679-го. Здесь он поправлял здоровье и участвовал в философских дискуссиях с учениками Декарта и Гассенди. Локк окончательно утвердился в мысли, что схоластическая философия отжила свой век.

Из Монпелье он отправился в Париж, где очень близко сошелся с Юстелем, дом которого в то время служил убежищем для всех ученых скитальцев. В этом гостеприимном доме Локк познакомился с Генелоном, знаменитым в то время врачом из Амстердама, лекции которого по анатомии вызывали общий восторг в Париже; здесь же он встретил известного живописца Суаниора, приславшего ему копию с одной своей картины; последнее доставило большое удовольствие Локку, потому что он любил живопись и был ее знатоком.

В1679 году лорд Шефтсбери снова занял пост президента совета Приехав в Лондон, он тотчас вызвал из-за границы своего друга. Однако вскоре лорд Шефтсбери в очередной раз впал в немилость короля и эмигрировал в Голландию.

Положение Локка в Лондоне после отъезда Шефтсбери стало небезопасным. Философ пытается найти убежище в Оксфорде. Но и здесь он подвергается преследованиям. В 1683 году вслед за Шефтсбери Локк эмигрирует в Голландию.

Вскоре Шефтсбери скончался в Амстердаме.

Для Локка начались годы напряженного труда, глубокого изучения идей Декарта и Гассенди, знакомства с протестантским движением во Франции и Голландии. Но это были и годы тревоги.

В 1685 году герцог Монмут со своей партией обосновался в Голландии и начал готовить государственный переворот в Англии. Английское правительство, узнав о его заговоре, тотчас послало предписание своему посланнику в Гааге потребовать выдачи нескольких подозреваемых им английских подданных, в том числе и Локка. Леклерк, хорошо знавший Локка, утверждает, что философ тогда не имел никаких связей с герцогом Монмутом и не верил в успех его предприятия.

Документы тех лет хранят скрупулезные отчеты правительственных агентов, докладывающих в Англии о каждом шаге философа.

В конце 1684 года Локк находился в Утрехте; он приезжал в Амстердам только на короткое время с намерением снова уехать в Утрехт, чтобы его случайно не включили в число заговорщиков. В Амстердаме же он узнал, что требуют его выдачи, и ему поневоле пришлось скрываться.

Локк продолжал жить в Амстердаме, однако из предосторожности выходил из дома только по ночам. В конце года он переехал жить к Генелону, но только в 1686 году начал снова показываться днем, потому что только к этому времени окончательно выяснилось, что он не имел ничего общего с замыслами герцога. И в это смутное время Локк написал и напечатал свои письма «О веротерпимости».