Макиавелли посетил Лион, Невер, Мелея, Париж, присутствовал на королевских аудиенциях и выступал там, вел полуофициальные и частные разговоры на латинском и французском языках. Его сообщения флорентийской Синьории были не менее важны, чем ведение переговоров.

«Французы ослеплены своим могуществом, — писали Макиавелли и Каза, — и считаются лишь с теми, кто обладает оружием или готов давать деньги».

Вскоре Каза заболел, и Макиавелли остался единственным представителем республики при дворе. Он не только изучал французскую политику, но и пытался оказать на нее влияние. Когда однажды кардинал Руанский заявил, что итальянцы ничего не понимают в военном деле, Макиавелли ответил ему, что «французы ничего не понимают в политике, так как если бы понимали, то не позволили бы папству достичь такого могущества». Совет Макиавелли заставил французский двор пристальнее оценивать политику папства. Этот диалог Макиавелли счел достойным через тринадцать лет внести на страницы своего «Государя».

По возвращении из Франции, в 1501 году, на секретаря комиссии Десяти свалились заботы, связанные с подчиненной, но вечно непокорной Пистойей: он ведет переписку, пишет приказы, трижды ездит туда для улаживания сложных внутренних политических столкновений. И здесь он не остается только чиновником, представителем метрополии. Пистойские дела дают ему пищу для размышлений, результатом которых явилось написанное им в апреле 1502 года «Сообщение о мерах, принятых Флорентийской республикой для замирения партий в Пистойе».

В 1502 году Макиавелли встречается с тем, кто послужил ему прообразом «Государя», Цезарем Борджа — герцогом Валентине. Жестокий, хитрый, не считающийся с какими-либо нормами морали, герцог произвел на него большое впечатление как смелый, решительный и проницательный правитель. Флорентийский секретарь не идеализировал Цезаря Борджа, а изучал его способы подчинить и объединить целые области Италии. Макиавелли не раз будет встречать этого героя шпаги и отравленного вина, но всегда, судя по его донесениям, будет искать в нем черты государственного деятеля, достойные послужить материалом для теоретических обобщений.

Вместе с епископом Вольтерры Франческо Содерини Макиавелли прибыл в Урбино, захваченный Цезарем Борджа. Содерини и Макиавелли были приняты в два часа ночи 24 июня 1502 года. Их общее впечатление было изложено в донесении: «Герцог так смел, что самое большое дело кажется ему легким. Стремясь к славе и новым владениям, он не дает себе отдыха, не ведает усталости, не признает опасностей. Он приезжает в одно место прежде, чем успеешь услышать о его отъезде из другого. Он пользуется расположением своих солдат и сумел собрать вокруг себя лучших людей Италии. Кроме того, ему постоянно везет. Все это вместе взятое делает герцога победоносным и страшным». Этот портрет военачальника и политика можно считать первым наброском знаменитого трактата «Государь», появившегося из-под пера Макиавелли в 1513 году.

В сентябре 1502 года во Флорентийской республике была учреждена должность пожизненного гонфалоньера, которым стал Пьеро Содерини, брат епископа Вольтерры, ездившего в Урбино вместе с Макиавелли. Он был павой Синьории, имел право законодательной инициативы и вмешательства в судебные дела Содерини был хорошим оратором, но не обладал ни особыми дарованиями, ни особой энергией.

От имени комиссии Десяти Макиавелли поспешил уведомить нового гонфалоньера об избрании и, поздравив, выразил надежду на успешную его деятельность. Вскоре Макиавелли приобрел неограниченное доверие Содерини, стал его постоянным советчиком и фактически правой рукой. Так будущий автор «Государя» стал «государем» своей республики, ее первым умом, и оставался им в течение десяти лет. Не будучи диктатором по натуре, Макиавелли выполнял роль умного и опытного советчика, но это заставляло его еще глубже обдумывать и решать вопросы теории и практики государства. На второй год после начала своего секретарства Макиавелли руководил поимкой находившегося на службе у Флоренции известного кондотьера Паоло Вителли, готовившего измену в пользу Пьеро Медичи.

Вителли был схвачен, допрошен и через день казнен. В эту эпоху политических противников устраняли без колебаний и сожалений. Через полтора года был задержан Пьетро Гамбакорти, которого допрашивали о деталях предательства уже казненного Вителли, часть протокола написана рукой Макиавелли. В1503 года против Флоренции восстали Ареццо и Валь-ди-Кьяна, в связи с чем Макиавелли счел необходимым сформулировать способы замирения городов, отложившихся от своей метрополии. Он советовал применять решительные меры не только по отношению к аретинцам и вальдекьянцам, но и к любым нарушителям государственных интересов и предателям.

Хотя второй канцлер республики и был первым человеком при главе правительства, он продолжал выполнять сложные дипломатические поручения, так как никто не мог точнее и вернее оценить политическую атмосферу в чужой стране и дать характеристику ее деятелям.

Когда Синьория торопила его с присылкой донесений, он отвечал «серьезные вещи не отгадываются если не хочешь излагать выдумок и сновидении, необходимо все проверить». Во все ответственные моменты итальянской и европейской истории второй канцлер отрывался от своих дел во Флоренции и направлялся в другие государства и чужие страны. В 1503 году он оказался в войске Цезаря Борджа, занимавшего Перуджу, Ассизи, сиенские замки.

В том же году его срочно направили в Рим в связи со смертью Александра VI и выборами нового папы Юлия II. В 1504 году он вторично едет во Францию, в Лион, с новыми инструкциями флорентийскому послу при Людовике XII Никколо Валори, который в письмах к Десяти лестно отзывался о Макиавелли, помогавшем ему советами.

В следующем году он едет с дипломатическими поручениями к синьору Перуджи Бальони, к маркизу Мантуи и синьору Сиены Пандольфо Петруччи, а еще через год представляет республику при папе Юлии II, который во паве своих войск направлялся на захват Перуджи и Болоньи. Флорентийский посол должен был в дипломатичной форме сообщить воинственному папе, что Флоренция, хотя и является его союзником, пока не может оказать ему помощи в его «святом деле»10 января 1507 года состоялось избрание Девяти, а 20 января они принесли присягу правительству.

Секретарем Девяти был избран Макиавелли, который до 1511 года фактически руководил всеми делами этой комиссии. В1509 году он занят делами, связанными с империей, и направляется в Мантую для уплаты денежного взноса республики Максимилиану, а затем в Верону, откуда наблюдает за ходом военных действий между Венецией и союзниками Флоренции.

В следующем году он в третий раз едет с дипломатической миссией во Францию для переговоров о совместной борьбе против Венецианской республики. После этой поездки им были созданы «Описания событий во Франции».

Не прошло и года, как его снова направляют во Францию через Милан для обсуждения вопроса о Пизанском церковном соборе, который организовал Людовик XII против папы Юлия II.

В ноябре 1511 года в Пизе открылся собор, и Макиавелли был послан туда республикой для наблюдения за его ходом. Многое сделал Макиавелли как секретарь военной комиссии Десяти, проявив себя на этом поприще не только как умелый исполнитель, но и как инициативный организатор.

Однако в 1512 году произошли драматические события, которые привели к гибели Флорентийской республики и пресекли бурную политическую деятельность Никколо Макиавелли, человека действия, говорившего: «Сначала жить, потом философствовать».

11 апреля испанское войско захватывает Прато, учинив там беспощадную резню и разграбление Пьеро Содериьн бежит из Флоренции, где восстанавливается синьория Медичи. В результате переворота Макиавелли лишается должности и высылается на год за пределы города, несмотря на его попытку обратиться с дипломатичным воззванием к «партии шаров».

В следующем году был раскрыт антимедичейский заговор во главе с Боски, в соучастии в котором был заподозрен Макиавелли в марте этого года он был брошен в тюрьму, подвергнут пытке — ему нанесли шесть ударов плетьми, — и вышел из заключения только благодаря амнистии, объявленной в связи с избранием на папский престол Джованни Медичи, принявшего имя Льва X.