Перестав посещать его школу, Абеляр объявил, что отныне он сам возьмется за толкование священного писания, ибо это доступно любому образованному человеку. Заявление Абеляра, так же как и то, что объявленные им лекции по богословию привлекли к себе очень большое количество слушателей и понравились им, вызвало ярость Ансельма Ланского и его ближайших учеников — Альберика Реймсского и Лотульфа Ломбардского.

Ансельм Ланский поспешил запретить Абеляру чтение лекций по богословию и изгнал его из Лана. Таким образом, столкновение Абеляра с Ансельмом Ланским по богословским вопросам привело к тем же самым результатам, что и философские споры Абеляра с Гильомом из Шампо.

Возвратившись в 1113 году из Лана в Париж, Абеляр возобновил чтение лекций по философии, причем слава его как магистра «свободных искусств» росла с каждым днем.

В кафедральную школу Парижа, где он преподавал, с разных концов Европы стекались ученики стремившиеся приобрести философские знания под руководством проставленного учителя, и постепенно, как признается сам Абеляр, он начал считать себя «владыкою в области диалектики».

Так, в неустанных научных занятиях и в непрерывном общении с многочисленными учениками, Абеляр провел пять наиболее спокойных и обеспеченных лет своей жизни. Роман с Элоизой, поистине замечательной девушкой своего времени, отличавшейся не только красотой и умом, но и редкой для того времени образованностью, нарушил спокойную жизнь философа, а внезапный и трагический конец этого романа привел Абеляра и Элоизу в монастырь (в 1119 году).

Элоиза, племянница парижского каноника Фульбера в момент своей встречи с Абеляром, в это время уже прославленным магистром, была еще совсем юной. Полюбивший ее Абеляр поселился в доме Фульбера и стал учителем, а затем и возлюбленным Элоизы. Однако любви Элоизы к Абеляру пытался воспрепятствовать Фульбер. Тогда спасаясь от гнева Фульбера, Абеляр перевез Элоизу к своей сестре в Бретань, и там Элоиза родила сына.

Затем она возвратилась в Париж и, уступая настойчивым просьбам дяди, вступила в брак с Абеляром, обвенчавшись с ним в одной из парижских церквей Это событие, согласно договоренности Абеляра с Фульбером, должно было оставаться в тайне, по-видимому, для того, чтобы Абеляр мог беспрепятственно продолжать чтение лекций в кафедральной школе Парижа.

Однако Фульбер желая восстановить доброе имя Элоизы, нарушил договоренность и стал повсюду рассказывать о заключенном браке, гневаясь на племянницу, категорически это отрицавшую. Абеляр вновь увез Элоизу из дома Фульбера и поместил ее временно в женский монастырь Аржантейль, где она когда-то воспитывалась.

Фульбер решил, что Абеляр насильно постриг Элоизу в монахини и, подкупив наемных людей, приказал им изувечить Абеляра, оскопив его. Вступив в монастырь Сен-Дени и несколько оправившись от пережитого потрясения, Абеляр, побуждаемый, как он сам говорит, настойчивыми просьбами клириков, через некоторое время удалился в одну из келий, расположенных вне монастыря, и вновь приступил к чтению лекций по философии и богословию, привлекших, как и ранее, множество учеников.

Возобновившаяся преподавательская деятельность Абеляра возбудила волнение церкви, и против Абеляра выступили ученики Ансельма Ланского — Альберик Реймсский и Лотульф Ломбардский. К этому времени и Гильом из Шампо и Ансельм Ланский уже умерли.

Враги Абеляра обвиняли его в том, что, несмотря на вступление в монастырь, он не прекратил занятий философией, хотя это и не подобает монашескому званию, а также в том, что он осмелился читать лекции по богословию, не получив на это предварительного церковного разрешения. Они требовали категорически запретить Абеляру вообще читать какие-либо лекции и добились созыва церковного собора для рассмотрения и осуждения «ошибочного учения» Абеляра.

В доказательство еретических взглядов последнего они ссылались на его богословский трактат, по-видимому, пользовавшийся у учеников Абеляра огромным успехом. Церковный собор был созван в 1121 году в Суассоне, духовенство которого отличалось фанатизмом. Оно доказало это и на Суассонском соборе 1092 года, осудившем учение Росцелина, и во время публичного сожжения представителей суассонской ереси в 1113 году.

Наиболее осторожные участники Суассонского собора пытались несколько отсрочить расправу над Абеляром, стремясь противопоставить ему самых опытных в диспутах богословов и предлагая перенести его дело на суд парижского духовенства. К сторонникам такого решения принадлежал, в частности, видный член «теократической партии», один из ближайших помощников Бернара Клервоского — Готфрид, епископ Шартрский.

Собор осудил взгляды Абеляра как еретические и принудил его публично предать свой собственный богословский трактат сожжению. После этого Абеляр был отправлен в монастырь Св. Медарда, славившийся строгой дисциплиной, и подвергнут в нем как бы заключению. Решения Суассонского собора произвели на него крайне тяжелое впечатление.

От глубокого потрясения, испытанного во время сожжения его книги, Абеляр не избавился уже до конца жизни. Возвратившись в монастырь Сен-Дени, Абеляр погрузился в чтение монастырских рукописей и провел за этим занятием несколько месяцев.

А затем для него вновь наступили беспокойные дни.

Основываясь на содержании одной из прочитанных рукописей, он вступил с монахами Сен-Дени в спор по поводу того, кого именно надо считать основателем их монастыря и, вызвав своими предположениями сильнейшее негодование с их стороны, был вынужден бежать из Сен-Дени и отдаться под покровительство графа Шампани. Начались длительные переговоры между Абеляром и аббатом монастыря Сен-Дени, в результате которых Абеляр, прибегнувший к поддержке видных членов королевского совета, получил, наконец, разрешение жить вне стен этого аббатства с условием — не подчиняться никакому другому аббатству, кроме монастыря Сен-Дени. Абеляр поселился в пустынном местечке, недалеко от Труа, на подаренном ему (каким-то оставшимся нам не известным владельцем) участке земли и с помощью одного из своих учеников выстроил небольшую молельню.

Однако уединенная жизнь Абеляра длилась недолго. Как только ученики узнали, где находится знаменитый учитель, они тотчас же двинулись вслед за ним, и вскоре в долине реки Ардюссона, близ воздвигнутой Абеляром молельни, выросла шумная и многолюдная колония, созданная явившимися туда школярами.

Выстроив себе хижины, они занялись обработкой полей и, снабжая своего учителя всем необходимым, усердно слушали его лекции. В занятиях и трудах прошли два мирных года (1122–1123).

Но это спокойствие кончилось, лишь только вести о новой школе распространились по Франции. Большое стечение школяров, готовых мириться со всевозможными неудобствами ради лекций учителя, который был только что осужден на церковном соборе, не могло не встревожить церковь, тем более что ардюссонская школа существовала вне всякого контроля с ее стороны. На борьбу с Абеляром на этот раз выступили два наиболее видных представителя «теократической партии» — Бернар Клервоский и Норбер, из которых первый превосходно знал обо всем, что происходило в ардюссонской колонии, ибо монастырь Клерво, основанный Бернаром в 1115 году в долине реки Об, находился недалеко от местопребывания Абеляра.

В состоянии паники и растерянности стал ожидать Абеляр нового удара, как только до него дошли слухи о том, что Бернар и Норбер замышляют против него нападение. Когда Абеляр, впав в отчаяние, уже начал обдумывать план бегства из «христианского мира» к мусульманам в Испанию, он получил неожиданное известие из Бретани о том, что братия находившегося там монастыря Св. Гильдазия, по-видимому, прельщенная славой своего земляка, избрала его аббатом. Стремясь укрыться от нависшей над ним угрозы, Абеляр не раздумывая покинул свою ардюссонскую школу и переехал в Бретань (1126).

Задача, которую ставил перед собою Бернар Клервоский на данном этапе борьбы с Абеляром, была достигнута его последняя школа закрыта, а тесные связи с учениками на долгое время прерваны. Но самому Абеляру его переезд в Бретань не принес спокойствия. Совершенно не подготовленный к роли руководителя монастырской братии, он очень быстро испортил с ней отношения и бежал из монастыря Св. Гильдазия, бросив его на произвол судьбы.