Таким образом, когда он весной 1794 года приехал в Йену, чтобы занять предложенную ему кафедру философии, его имя было достаточно хорошо известно и привлекло на его лекции большое число слушателей. Публичные лекции Фихте, посвященные теме «Назначение ученого», посещало так много людей, что большая аудитория Йенского университета не могла вместить всех желающих. Вот что писал он своей жене, еще не переехавшей к нему в Йену: «В прошлую пятницу я читал свою первую публичную лекцию. Самая большая аудитория Йены оказалась слишком тесной; вход и двор были полны народа; сидели и стояли на столах и скамьях, тесня друг друга… Теперь я могу сказать с еще большей уверенностью, что все приняли меня с распростертыми объятиями, и очень многие достойные люди желают лично со мной познакомиться. Этим я обязан отчасти моей известности, которая в действительности гораздо больше, чем я думал…»
Молодых слушателей увлекал пафос Фихте, резко критиковавшего старые феодальные порядки во имя разума и свободы. «Всякий, считающий себя господином других, сам раб. Если он и не всегда действительно является таковым, то у него все же рабская душа, и перед первым попавшимся более сильным, который его поработит, он будет гнусно ползать… Только тот свободен, кто хочет все вокруг себя сделать свободным.»
Кроме публичных, Фихте читал и курс частных лекций, предназначенных уже не для широкой публики, а для студентов, которым он излагал содержание своей системы. Программа этого курса была предварительно подготовлена и напечатана под заголовком: «О понятии наукоучения, или так называемой философии». Лекции Фихте составили содержание его важнейшего сочинения первого периода — «Основы общего наукоучения», которое печаталось отдельными листами по ходу чтения лекций и было предназначено для слушателей. Несмотря на то, что наукоучение было весьма трудным для понимания и вызывало много вопросов не только у студентов, но и у коллег-философов, дидактический дар и ораторское искусство Фихте облегчало восприятие сложного построения.
В 1795 году Фихте вместе со своим другом Ф. И Нитхаммером, тоже профессором философии в Йене, стал издавать «Философский журнал общества немецких ученых», в котором публиковались многие работы самого Фихте и близких ему философов. Йенский период в творчестве философа был очень продуктивным: им был написан ряд исследований, в том числе две большие работы — «Основы естественного права согласно принципам наукоучения» (1796) и «Система учения о нравственности согласно принципам наукоучения» (1798). В этих произведениях получили свое обоснование и развитие те идеи, контуры которых были намечены в сочинениях, посвященных Французской революции. Его известность и влияние росли. Выдающиеся умы стали приверженцами наукоучения, среди них — Карл Рейнгольд, уже знаменитый философ, и молодой Фридрих Шеллинг.
Фихте завоевал уважение и признание таких людей, как Гете, Якоби, Вильгельм фон Гумбольдт, братья Фридрих и Август Шлегели, Шиллер, Тик, Новалис. Романтики Йенской школы создавали свои культурно-исторические и эстетические теории под непосредственным влиянием наукоучения. И материально Фихте теперь тоже был обеспечен. Вначале, правда, его жалованье сверхштатного профессора не превышало 200 талеров в год: на его приватный курс записалось сначала только 26 студентов. Однако к концу первого семестра число слушателей возросло до 60, а во втором семестре — до 200. Вместе с гонорарами за свои сочинения философ получал теперь до 3000 талеров в год; часть денег он отсылал родственникам в Рамменау, а в 1797 году смог даже купить себе дом в Йене. Однако кипучая деятельность молодого профессора была неожиданно прервана.
В Йенском университете у Фихте из-за его бескомпромиссности было и немало противников, в особенности после того, как он утратил поддержку Канта. Фихте считал, что его учение это лишь разъяснение правильно понятой им философии Канта, но на самом деле далеко от нее отошел и прежде всего от присущей ей созерцательности Кант заметил, что Фихте слишком удалился от его основных принципов, якобы развивая их. Например, отказался от «вещи в себе», а за разумом признал отвергнутую им способность к интуиции.
В 1798 году возник так называемый «спор об атеизме», переросший в общественный скандал, в результате чего весной 1799 года Фихте, обвиненный в атеизме, был вынужден подать в отставку. Поводом послужила публикация в 1798 году в «Философском журнале» статьи одного из слушателей Фихте Форберга «О развитии понятия религии», с которой Фихте как редактор журнала был не во всем согласен, а потому сопроводил ее своей статьей — «Об основании нашей веры в божественное мироправление». Фихте обвиняли за ограничение религии лишь моральной сферой. В действительности это обвинение было искусственным, поскольку и мораль как таковая носит у Фихте в конечном счете религиозный характер — он осознавал роль религии в объединении сил национального освобождения. В учении Фихте несомненно были элементы пантеизма (единства Бога и всего сущего), а его противники изображали это как атеизм. Все попытки друзей и высоких покровителей Фихте, среди которых был, в частности, Гёте, уладить скандал и сохранить для него возможность дальнейшей работы в Йенском университете не принесли желаемых результатов: философ предпочел уйти в отставку, нежели в чем-то поступиться своими принципами.
Оставаться после этого в Йене Фихте не захотел и летом 1799 года переехал в Берлин. Здесь он завязывает дружеские отношения с романтиками Ф. Шлегелем, Л. Тиком, Ф. Шлейермахером. Дружба скрашивает его жизнь в разлуке с семьей, которая еще некоторое время остается в Йене. По-прежнему Фихте продолжает много писать. Он завершает уже ранее начатое сочинение «Назначение человека» (1800), в котором намечается новый этап его развития — не без влияния Якоби, чья доброжелательная и глубокая критика наукоучения дала толчок к новым поискам разрешения трудностей, обнаружившихся в «Основе общего наукоучения». В том же году выходит в свет работа «Замкнутое торговое государство», которую Фихте считал лучшим своим произведением, а в 1801 году — трактат «Ясное, как солнце, сообщение широкой публике об истинной сущности новейшей философии».
Начало нового столетия было омрачено для Фихте разрывом с его молодым другом Ф. Шеллингом, прежде считавшим себя последователем наукоучения. Полемика с Шеллингом побудила Фихте вновь обратиться к обоснованию и прояснению принципов наукоучения, к чему, впрочем, он пришел уже ранее под влиянием Якоби, и не случайно именно 1800-й год стал рубежом в творчестве философа: он во многом уточняет как трактовку свободы, так и исходный пункт своего учения — понятие «Я».
Берлинская молодежь неоднократно просила Фихте провести частный курс лекций, и с осени 1800 года, в течение нескольких лет, он читает лекции, на которые, как и в Йене, стекается много публики: в числе его слушателей не только студенты, но и вполне зрелые люди: среди них — министр фон Альтенштейн, придворный советник фон Бейме и даже австрийский посол при Берлинском дворе князь Меттерних. Зимой 1804–1805 года философом был прочитан курс лекций на тему: «Основные черты современной эпохи», где была разработана концепция философии истории, а в 1806 году — лекции по философии религии, опубликованные под названием «Наставления к блаженной жизни, или Учение о религии».
Драматическим событием в жизни Фихте, как и других его соотечественников, оказалось поражение немцев в войне с французами и оккупация Берлина Наполеоном. Осенью 1806 года Фихте оставил Берлин и переехал в Кенигсберг, где работал до весны 1807 года. Однако семья философа оставалась в Берлине, и в конце лета он вынужден был вернуться. В декабре Фихте читал в оккупированном Берлине свои знаменитые «Речи к немецкой нации», в которых взывал к национальному самосознанию немцев, побуждая свой народ к единению и борьбе против оккупантов. Это был гражданский подвиг мыслителя, требовавший большого мужества.
Нервное напряжение подорвало силы Фихте, и весной 1808 года он заболел. Болезнь была длительной и тяжелой, Фихте долго не мог работать. Но, когда в 1810 году вновь открылся Берлинский университет, он согласился принять предложенную ему должность декана философского факультета. Вскоре его избрали ректором университета — должность, которую было нелегко исполнять такому прямому, темпераментному и лишенному «дипломатических» качеств человеку, каким был Фихте. Уже через полгода он подал прошение об отставке, которая была ему дана весной 1812 года.
