14 мая 1940 г. для проверки информации о намерениях бельгийских властей взорвать горнорудные предприятия в случае вторжения вермахта разведгруппа бранденбуржцев из трех человек забрасывается в район г. Шарлеруа.

25 мая в результате дерзкой спецоперации взвод диверсантов захватывает автодорожный мост под Ньюпортом и удерживает его до подхода передовых моторизованных частей вермахта.

19 июня 1-й взвод 1-й роты батальона «Бранденбург-800» захватывает и разминирует подготовленные французскими саперами к уничтожению нефтяные скважины Пехельброна в Верхнем Эльзасе.

1 августа по плану операции «Морской лев» (захват Великобритании) приступает к тренировкам особо выделенное подразделение «Бранденбурга-800».

15 августа в Берлине создается главный штаб «Бранденбург-800», в непосредственное подчинение к которому переходят все до сих пор самостоятельные спецподразделения вермахта.

30 августа на совещании в Берлине адмирал Канарис докладывает в оперативном управлении Верховного главнокомандования Вооруженными силами о необходимости усиления контингента немецких войск в нефтеносных районах Румынии (гарнизон в Русе-на-Дунае – 150 солдат, гарнизон в Бухаресте и Плоешти – 150 солдат, 6 бронекатеров и 2 моторные лодки на Дунае, вооруженные группы сопровождения на всех румынских танкерах).

12 октября 1940 г. батальон «Бранденбург-800» реорганизовывают в полк под новым названием – «Строительный учебный полк для специальных применений „Бранденбург-800“». В дальнейшем это наиболее известное разведывательно-диверсионное подразделение Третьего рейха получает в абвере неофициальный статус «домашнего войска Канариса».

Командиром полка (вначале 3, затем 5 батальонов) назначается полковник Х. фон Ланценауэр, местом постоянной дислокации штаба полка становится Берлин. 1-й батальон (1, 2, 3-я роты и 4-я парашютная рота) – место постоянной дислокации штаба г. Бранденбург. 2-й батальон (5, 6, 7, 8-я роты) – место постоянной дислокации штаба г. Баден (Австрия). 3-й батальон (9, 10, 11, 12-я роты) – место постоянной дислокации штаба г. Дюрен. 4-й батальон (13, 14, 15, 16-я роты) – место постоянной дислокации штаба г. Гамбург, затем – г. Бранденбург. 5-й батальон (17, 18, 19-я роты) – место постоянной дислокации штаба местечко Регенвурм близ г. Мезеритц. Численность каждого батальона составляла около тысячи человек. В полку имелся учебный батальон, учебный лагерь (лагерь «А») и рота связи. В 1-й роте были собраны только фольксдойче, и она использовалась не только как боевая единица, но и в качестве резерва агентуры абвера за границей.

Как и ранее, главная задача диверсантов заключалась в том, чтобы добиться эффекта внезапности, который должен был обеспечить идущим за ними полевым войскам вермахта условия для стремительного броска механизированных соединений вглубь вражеской территории. Поскольку роты полка специального назначения были оснащены только легким стрелковым оружием, они не были пригодны для ведения боевых действий в течение длительного времени против превосходящих сил противника. В этих условиях уровень боевой и специальной подготовки бранденбуржцев становился определяющим для эффективного выполнения поставленной задачи и собственного выживания. Поэтому обучение длилось около девяти месяцев с учетом того, что будущие диверсанты в достаточной степени владели какой-либо воинской специальностью. В процессе выполнения задания и командир группы, и его заместитель могли погибнуть – в этом случае любой из бранденбуржцев мог заменить погибшего. Поскольку и у солдат, и у офицеров качество подготовки было одинаковым, каждый из бойцов обладал навыками практического руководства боевой диверсионной группой. До самого конца войны бранденбуржцы не испытывали дефицита в унтер-офицерском и младшем офицерском составе. Курс боевой и специальной подготовки отличался высокой интенсивностью, о чем свидетельствуют немногие сохранившиеся документы.

Перечень дисциплин, обязательных к изучению боевиками, был весьма впечатляющим. Физическая подготовка и рукопашный бой на основе джиу-джитсу, бокса и уже известного в Европе карате в его прикладной форме. Огневая подготовка включала разностороннее владение основными образцами стрелкового оружия противника, навыки снайперской стрельбы, использование бесшумного оружия. На занятиях по инженерной подготовке изучались основы фортификации, навыки минирования и разминирования, штатные взрывчатые вещества и взрывные устройства, изготовление самодельных взрывных устройств из подручных материалов. Тактика действий малых групп включала в себя ориентирование на местности, маскировку и скрытное передвижение в различных условиях, захват и оборону объектов, практику скоротечных огневых контактов. К специальной подготовке относились парашютно-десантная подготовка, вождение мотоциклов, легковых и грузовых автомобилей, бронетранспортеров, танков и паровозов. В некоторых случаях изучалось пилотирование самолетов. Медицинская подготовка была обязательной для всех.

В разведшколе абвера и в Лаборатории технических исследований бранденбуржцы дополнительно изучали иностранные языки, радиоаппаратуру и фотодело, специальную шпионскую аппаратуру, способы подделки документов. Условия учений, на которых отрабатывалась тактика действий малых разведывательно-диверсионных групп в глубоком тылу противника, были максимально приближены к реальным, включая стрельбу боевыми патронами. В целях обеспечения секретности каждый боец имел две солдатские книжки. Одна предназначалась только для фронта и заполнялась на вымышленную фамилию, представляя собой штатный документ прикрытия, другая – подлинная – использовалась для внутреннего употребления. В качестве повседневной одежды в своем тылу и прифронтовой полосе бранденбуржцы носили форму егерей.

Не успев до конца завершить формирование, теперь уже полк «Бранденбург-800» приступает к выполнению новых заданий военной разведки. В конце 1940 г. 5-я рота 2-го батальона полка «Бранденбург-800», состоящая преимущественно из румынских фольксдойче, перебрасывается в Румынию для охраны нефтескважин в Плоешти, охраны судоходства по Дунаю и сопровождения грузовых транспортов и танкеров.

Отделение абвера в Гамбурге забрасывает двух радистов в Грецию для сбора развединформации и вербовки агентов-осведомителей среди местных жителей. Диверсионные группы абвера в Греции получают приказ Центра минировать все союзнические суда, заходящие в греческие порты.

В Танжере (Марокко) создаются филиалы абвера, опорные пункты и базы для агентов-диверсантов, действующих в Северо-Западной и Северной Африке. Абвер приступает к передислокации на Ближний Восток (Ливан, Сирия и Ирак) Арабской бригады особого назначения из состава полка «Бранденбург-800» для участия в боевых действиях против британских колониальных войск. В Анкаре (Турция) создается КО «Ближний Восток» для осуществления диверсионно-разведывательных операций на Ближнем Востоке и в Юго-Восточной Африке.

«Тропическая рота» 2-го батальона полка «Бранденбург-800» приступила к выполнению плана операции «Дора»: рекогносцировка пограничных областей Ливии и Французской Центральной Африки, проверка картографического материала и разведка обходных караванных путей, ведущих через пустыню к дельте Нила.

В январе 1941 г. отряд особого назначения полка «Бранденбург-800», ведущий бои в Эритрее, под давлением превосходящих сил британцев отступает в Абиссинию. Для подготовки вторжения в Грецию в пограничных районах Болгарии создаются оперативные штабы вермахта. Командир полка «Бранденбург-800» переводит свой командный пункт в Софию. Абвер-II формирует КО «Болгария».

3 февраля отделение абвера в Вене получает приказ сформировать спецподразделение диверсантов для осуществления операций на территории Югославии и Греции (план «Марита»).

1 марта София присоединяется к Антикоминтерновскому пакту. Вермахт вступает на территорию Болгарии.

22 марта Болгария дает разрешение на проход через свою территорию к греческой границе дислоцирующейся в Румынии 12-й армии вермахта. В рамках операции «Марита» на болгарскую армию возложена задача охраны мостов, железных дорог, аэродромов и электростанций на оккупированной территории Югославии и Греции.