Через некоторое время после устройства на работу Лев Николаевич получил малюсенькую комнатушку в перенаселенной коммунальной квартире на краю города, в самом конце Московского проспекта. Первый раз в жизни у него появилось собственное жилье, которое он сумел превратить в настоящую лабораторию творческой мысли. Здесь ему суждено было довести до конца свой научный подвиг, начатый в зоне: нужно было издать две написанные в лагере книги и на основе второй из них (о древних тюрках) подготовить к защите докторскую диссертацию. На той и другой стезе Гумилёв столкнулся с такими трудностями, в сравнении с которыми трудности лагерной жизни совершенно померкли. Собственно, ничего другого он и не ожидал. Еще в начале 1950-х годов писал матери (письмо без даты): «Настроение у меня вообще спокойное, т[ак] к[ак] я решил, что умер и нахожусь в чистилище, где не может быть иначе. Воскреснуть что-то не хочется, особенно если вспомнить веселую жизнь в Институте востоковедения. Здесь тоже много прохвостов, особенно из урок, но там больше!»

Научные сообщества во все времена отличала замкнутость, корпоративность, высокомерие и недружелюбие по отношению к посторонним и одновременно друг к другу. И при этом — исключительная консервативность, жесткое неприятие нового и травля (по всем канонам облавной охоты) носителей оригинальных идей.

Людям, далеким от науки, она представляется неким мощным и единым организмом, целью которого является служение великим идеалам Истины и Знания. В действительности наука оказывается всего лишь набором субъективных представлений (а то и вовсе заблуждений) некоторой группы людей, поднаторевших в зомбировании и одурачивании окружающих при помощи негласного договора или же просто сговора, в смягченной форме — конвенции (как говорил великий французский математик Анри Пуанкаре) с тем, чтобы выдать свое далеко не единственное мнение за истину в последней инстанции. Монополизировав и приватизировав само право на истину, жрецы науки таковой считают только то, что принято и понятно им самим. Любые другие идеи, выходящие за пределы очерченного круга, отвергаются и дискредитируются, а их авторы шельмуются и морально унижаются.

Наука вообще сродни религии: люди, вообразившие себя учеными, свято верят в некоторую систему фетишей, облеченных в абстрактно-теоретическую форму, не задумываясь даже, что двумя поколениями ранее система, коей они поклоняются, была совершенно иной и через два-три поколения она вновь изменит свою парадигму, а новое поколение фетишистов будет поклоняться новым теоретическим идолам и авторитетам.

Л. Н. Гумилев неоднократно высказывал свое нелицеприятное отношение к ситуации, сложившейся в современной науке. Так, однажды он не без иронии заявил: «Французская поговорка гласит: "Самая лучшая девушка не может дать больше того, что у нее есть. В лучшем случае она может повторить". Так и наука. Нельзя ждать от нее больше, чем она может дать. У нас же сплошь и рядом требуют от науки готовых рецептов. Появилось множество научных сотрудников, сделавших своей профессией умение говорить то, что хочет слышать начальство. Это называется "научное обоснование". Но всегда были ученые высокой пробы, не боявшиеся говорить правду. Судьба их по большей части печальна. Вспомните Н. И. Вавилова. Сталин вызвал его и спросил, можно ли выращивать бананы на Памире. "Можно, но нецелесообразно", — ответил ученый и объяснил, что климат на Памире для бананов неподходящий, что памирские бананы будут чересчур дорогим удовольствием. Сталин сделал вывод: "Вы против бананов на Памире — вы не понимаете марксизма. Идите". Вавилов "ушел" — в тюрьму. И умер. <…> Стоит ли после этого жаловаться на низкий уровень науки и удивляться отсутствию в стране порядка и продовольствия? Уровень науки, как и состояние дел в любой другой сфере деятельности, зависит от поведения и моральных императивов людей, занимающихся наукой. Если подхалимы ублажают начальство, а начальство предпочитает подхалимов настоящим ученым, наука умирает».

Псевдоученым неведом великий лозунг гениального Сократа – «Я ЗНАЮ, ЧТО НИЧЕГО НЕ ЗНАЮ!» Напротив, околонаучное стадо полагает, что ему известно всё. Именно к ним еще тысячу лет назад обращался величайший ученый и мыслитель Авиценна (Ибн Сина) (980—1037) — его четверостишие, озаглавленное «Об ученых», где последние однозначно сравниваются с ослами, Гумилёв неспроста перевел на русский язык сам:

Со сколькими же «ослами» и сообществами «ослов» пришлось иметь дело Льву Николаевичу на протяжении всей своей нелегкой научной карьеры! Сколько раз многие из них, объединившись в ловчую группу, устраивали ему облаву или обструкцию, переходящую в форменную расправу! Быть может, пример его собственной жизни и злоключения его идей как раз и демонстрируют недвусмысленно изнанку науки как таковой: идеи Гумилёва восторжествовали, сам он (хотя и на склоне лет, но все же на виду у всех и к полнейшему изумлению своих многочисленных критиков) стал живым классиком, а вот десятки и сотни его хулителей наверняка канут в небытие, их мало кто знает уже теперь и вряд ли когда-нибудь помянет добрым словом в будущем. Что касается тех научных или учебных заведений, которые некогда изгоняли Л. Н. Гумилёва из своих стен, то теперь остается только одно — гордиться, что когда-то у них работал великий ученый. Безусловно, подлинная наука существует и развивается. Но двигают ее вперед ученые, подобные Л. Н. Гумилёву, а вовсе не те, кто безликой серой массой олицетворяют суррогаты, выдаваемые за науку…

О своем крестном пути в науке Лев Николаевич рассказывал неоднократно и (несмотря на всю грусть происходившего) с мягким юмором: «<…> Я очень чту память профессора Артамонова, его отношение ко мне и то, что, несмотря на какие-то мне непонятные нажимы, он все-таки принял меня на ставку беременных и больных, после чего я стал получать хоть какую-то зарплату и смог жить. Потом я получил очень маленькую комнату (12 кв. м) в коммунальной квартире, забитой людьми, но все-таки хотя бы свой угол. Там я стал очень усиленно заниматься.

Из тех моих записок, которые я привез из лагеря, я составил книжку "Хунну". Она вышла в Востокиздате в 1960 году. Из второй части своих записок я составил несколько статей, которые были опубликованы тогда немедленно (в это время было довольно легко для меня их опубликовать) и доработал докторскую диссертацию, которую и защитил в ноябре 1961 года. Защита эта стоила мне очень больших травм и потерь, так как в Институте востоковедения, откуда, очевидно, и писали на меня доносы, ко мне было исключительно плохое отношение. И когда прислали эту диссертацию в московское отделение Института востоковедения, ее сначала потеряли, потом, когда я вернулся, ее разыскали, но отказали мне в рецензии на том основании, что у них Древний Восток — до V века, а у меня — VI-й. Но потом мне все-таки выдали положительную рецензию, и я защитил диссертацию единогласно. После чего получил от ректора нашего университета Александрова предложение перейти из Эрмитажа, где я был старшим научным сотрудником, на ту же должность в университет. <…> В этот период я также очень много работал: оформил диссертацию в книгу «Древние тюрки», которую напечатали потому, что нужно было возражать против территориальных притязаний Китая, и как таковая моя книга сыграла решающую роль. Китайцы меня предали анафеме, а от территориальных претензий на Монголию, Среднюю Азию и Сибирь отказались <…>».

Как видно даже из вышеприведенного фрагмента, Льву Николаевичу не раз пришлось хлебнуть ядовитой горечи из чаши протянутой ему людьми, ничтоже сумняшеся называвшими себя учеными. Не успела в 1960 году выйти в свет (тиражом в одну тысячу экземпляров) книга «Хунну», как ее автору устроили показательную порку на страницах академического журнала «Вестник древней истории» и судилище на заседании Ленинградского отделения Института народов Азии Академии наук СССР. В чем только его не обвиняли! И в отступлении от материалистического понимания истории, и в использовании устаревших источников, и в незнании китайского и японского языков и т. д. и т. п.