Передышка, которую неосмотрительно дали Ливонии деятели Избранной рады, содействовала тому, что в войну оказались втянуты несколько европейских держав. Это непомерно осложнило позиции России и возбудило недовольство Ивана IV Адашевым и его друзьями. Избранная рада с ее программой движения на юг и восток должна была уйти с арены. К этому времени исчерпала себя не только ее внешне-, но и внутриполитическая программа. К 1559 г. прекращаются все сколько-нибудь заметные реформы во внутренней жизни России. Поводом для опалы А. Адашева послужила болезнь царицы Анастасии. Во время пребывания царской семьи на богомолье в Можайске (летом 1560 г.) пришла весть о поражении под Юрьевом. Тем временем крымцы напали и разорили Каширский уезд. Военные неудачи вызвали панику, Адашев настаивал на срочном возвращении царя в Москву. Во время этой поездки тяжело занемогшая царица почувствовала себя еще хуже. В начале августа 1560 г. она скончалась. В смерти царицы Грозный обвинил Адашева. По существу же дело было не только в этом. Адашев проявил излишнюю самостоятельность во внешнеполитических сношениях с литовскими представителями в конце 1559 г., о чем Ивану Грозному донес казначей окольничий Ф. И. Сукин. В начале 1560 г. Адашев был отослан в Ливонию, где вместе с И. Ф. Мстиславским возглавил летний поход, в результате которого был захвачен Феллин, резиденция бывшего магистра Фюрстенберга. Ливонская артиллерия досталась русским, а сам магистр был отправлен в Россию. Несмотря на этот успех, Адашев получил почетную отставку. Он был назначен воеводой в Феллин. Его ближайшего сподвижника Сильвестра тогда же отправили в Кирилло-Белозерский монастырь. Деятелей Избранной рады при дворе Ивана IV, сменили родственники умершей царицы Захарьины-Юрьевы.
Имя русского царя прославилось далеко за пределами России. Патриарх признал право Ивана Грозного на царский титул. Пышные богослужения по этому поводу предшествовали второй свадьбе царя 21 августа 1561 г., подобно тому, как венчание на царство предшествовало первой. Второй женой Грозного под именем Марии Темрюковны стала дочь кабардинского князя.
1561 год был годом внешнеполитических успехов России, Летом 1561 г. новый шведский король Эрик IV, которому только что присягнуло на верность дворянство Северной Эстонии, заключил перемирие с Иваном IV на 20 лет. Успешно продолжались действия на юге страны. В 1560–1561 гг. русские войска совершают набеги на Крым, которые вызывают опасения не только в Бахчисарае и Стамбуле, но и в Кракове. С Польским королевством и Великим княжеством Литовским отношения после безрезультатных переговоров в Москве с послами Сигизмунда II Августа в феврале 1561 г. остались враждебными.
Успешно развивались торговые контакты не только со странами Северной Европы, традиционными партнерами русских купцов (немцами, голландцами, датчанами), но и с новым контрагентом — Англией. С середины 1554 г. в Архангельск приходило ежегодно по 3–4 английских корабля, а в 1563–1567 гг. по 10–14 кораблей, В начале 60-х годов XVI в. Россия как бы обратилась лицом на север. Развитие торговых связей по Северной Двине вызвало прилив населения в северные города, которые именно тогда пережили период бурного и яркого расцвета.
Ливонская война, как и оборона южных границ России, требовала все большего количества артиллерии, войска нуждались в одежде и соли. Все это прибывало либо северным, либо северо-западным путем. Расположенный между этими двумя путями Великий Новгород использовал возможности для обогащения купеческой верхушки. А вместе с богатством крепли и свободолюбивые настроения «господина Великого Новгорода». Их питало и право полусамостоятельных отношений Новгорода с Ливонией и Швецией. Большую роль в управлении городом наряду с наместником играл и владыка. Сохранились пятикончанские старосты и другие органы старой администрации. Парадокс заключался в том, что идеи независимости Новгорода разделяли те из его жителей, которые сравнительно недавно стали «новгородцами».
Поселенные («испомещенные») на землях Новгорода дети боярские в отличие от других служилых людей владели землею не на вотчинном, а на поместном праве и не входили в состав Государева двора. Все это служило источником их недовольства. Позиция новгородских помещиков до поры до времени не привлекала особого внимания монарха. Гораздо больше его волновал ропот княжеской аристократии. Кичившаяся родовитостью, она по-прежнему держала в своих руках наиболее доходные и почетные должности в государственном аппарате, суде и армии, умножая тем самым и без того огромные денежные и земельные богатства. В 1562 г. Грозный написал новую духовную грамоту, в которой определил порядок наследования трона и состав регентского совета при малолетнем сыне царя Иване, хотя Владимир Андреевич Старицкий по-прежнему оставался реальным претендентом на царский престол в случае пресечения потомства Грозного. По издавна существовавшей традиции Владимир Андреевич был непременным участником всех важных событий — и государственных и семейных. Владимир Андреевич был опытным военачальником, которому Грозный поручал ответственные дела во время всех войн, ведшихся Россией. Он отлично зарекомендовал себя во время Казанского похода. Большое личное мужество проявил Владимир Андреевич и в июле 1560 г. при тушении пожаров в Москве. Ни он, ни его мать не забывали о своем высоком происхождении. На плащанице, пожертвованной княгиней Евфросиньей в 1560–1561 гг. Троице-Сергиеву монастырю, была выткана надпись о том, что «сии воздух» сделан «повелением благоверного государя князя Владимера Андреевича, внука великого князя Ивана Васильевича, правнука великого князя Василия Васильевича Темного». Напоминая таким образом о своем происхождении от великих князей московских, старицкий князь недвусмысленно заявлял права на наследование престола. По новой духовной старицкий князь в отличие от духовной 1554 г. не был включен в число регентов. Новые регенты входили в состав дворцового ведомства (несколько Захарьиных-Юрьевых и два будущих опричника — А. П. Телятевский и Ф. И. Умной-Колычев). Все они приняли присягу на верность царевичу Ивану. «Мятежа», подобного 1553 г., не последовало. В опалу на протяжении 1562 г. попали братья Михаил и Александр Воротынские, вслед за ними и князь Д. И. Курлятев, сторонники Адашева.
В это же время Иван IV ограничил поземельные права княжат и слуг. Приговор 15 января 1562 г. запрещал князьям ярославским, стародубским и другим продавать, менять и отдавать в приданое «вотчины их старинные».
Выморочные и обремененные долгами вотчины отписывались на государя, как и вотчины удельных князей. Служилые князья, вопреки предшествующим приговорам 50-х годов, продолжали пользоваться правом вкладывать земли в монастыри.
К этому времени относится увеличение числа атрибутов царской власти. В 1562 г. к старым регалиям — кресту и бармам — присоединился скипетр, который издавна был признаком королевской власти.
Новым в политической практике 1561–1562 гг. было систематическое взятие поручных записей по князьям, в чем-либо заподозренным или чем-нибудь провинившимся. В. М. Глинский в 1561 г. и И. Д. Вельский в 1562 г. (оба — родственники царя) должны были дать «записи» в том, что они будут верны Ивану IV и не сбегут «за рубеж». Бояре и дворяне обязывались в случае нарушения князьями присяги платить большие суммы. Опасения царя о возможности бегства князей подкреплялись известием о поступлении на литовскую службу Дмитрия Вишневецкого.
Конец 1562 г. был занят военными действиями. 15 ноября царь выступил в поход на Полоцк, который являлся ключом к водному пути по Западной Двине и открывал возможности для дальнейшего движения к Вильне — столице Великого княжества Литовского. 15 февраля 1563 г. Полоцк капитулировал. Царь пополнил свой титул еще одним названием старинного древнерусского города и на радостях повелел изготовить новую большую печать, где подробнейшим образом были перечислены его титулы, среди которых был «великий князь полоцкий». В стане у нового полоцкого государя его поздравили участники похода Владимир Андреевич Старицкий и татарский царевич Семион Касаевич. Роль Владимира Андреевича в овладении Полоцком была так велика, что Грозный особо известил о победе княгиню Евфросинью. Отзвуком победы под Полоцком было завершение в январе 1564 г. переговоров с крымским ханом Девлет-Гиреем, который присягнул на верность русскому царю. Победа под Полоцком была омрачена жестокой эпидемией сыпного тифа, разыгравшейся во время ожесточенных боев за город. Пришли недобрые вести и из Стародуба. Сообщалось, будто бы наместник князь Василий Фуников и воевода Иван Шишкин-Ольгин, родственник Адашевых, «хотят город сдать». И тот и другой тот час были отправлены в Москву. Во время осады Полоцка в Литву бежал один из Колычевых, а вскоре после этого Т. Тетерин и М. Сарыхозин. В это же время, по-видимому, были казнены брат Алексея Адашева Даниил с сыном Тархом, тесть Даниила костромич П. И. Туров и их многочисленные родственники, а также Федор, Алексей и Андрей Сатины. А. М. Курбский был отправлен «годовать» в Юрьев Ливонский, где незадолго перед тем находился Алексей Адашев.
