Уже после ареста Акулова (в августе 1937 года) на закрытом партийном собрании секретариатов ЦИК и ВЦИК всплыли и другие «факты», о которых также было донесено в НКВД. В частности, сообщалось, что в кабинете Акулова «все время висел большой портрет Якира», что он «всячески выгораживал», звоня по вертушке в НКВД, и добился-таки освобождения из-под стражи арестованного органами внутренних дел своего шофера Захарова (он был также шофером у Каменева), что некий букинист Шишков находился с ним в «явочных тайнах», распространяя какую-то литературу. (Акулов любил читать. При обыске у него были опечатаны четыре огромных шкафа с книгами.)
Ордер за № 3541 на арест Акулова и обыск был выдан заместителем наркома внутренних дел 23 июля 1937 года. Безусловно, об этом знал Вышинский. В тот же день Иван Алексеевич был задержан на своей даче в селе Покровское Красногорского района. Четверо сотрудников госбезопасности в присутствии сторожа обыскали дачу. Затем они же произвели обыск в московской квартире Акулова по Троицкой улице, дом 10, особняк ЦИК СССР. При обыске были изъяты несколько револьверов и охотничьих ружей, личная и служебная переписка. Среди изъятых вещей оказались книги Б. Савинкова «Воспоминания террориста» и «Конь белый».
25 июля 1937 года И. А. Акулов собственноручно заполнил так называемую «анкету арестованного», в которой сообщил свои основные биографические данные. В то время на его иждивении находилась жена Надежда Исааковна Шапиро, трехмесячная дочь Елена, девятилетний сын Гавриил (Ганя, как звал его отец), ученик второго класса, и мать Мария Ивановна, 74 лет. С ним проживали также сестры: Анна Алексеевна и Мария Алексеевна.
Акулов был помещен в Лефортовскую тюрьму. Его делом занимались сотрудники госбезопасности А. А. Краев и Л. С. Альтман.
Первоначально его допрашивал Краев. Протокол не составлялся. 4 августа Иван Алексеевич в собственноручном заявлении на имя следователя Альтмана написал: «Вчера на допросе у следователя Краева я дал частичные показания (устно) о своем участии в троцкистской организации и подготовке антисоветского вооруженного переворота в стране. Эти мои показания были еще далеко не полными, но по существу полностью правдивыми. Сегодня я снова сдвурушничал и вместо того, чтобы продолжить показания о своей предательской деятельности, я заявил, что участником троцкистской организации не являлся... Утверждаю, что правде соответствует следующее: я, Акулов, являлся участником антисоветской троцкистской организации и подготовки антисоветского вооруженного переворота...»
Судя по этому заявлению, Акулов более десяти дней держался стойко и не давал каких-либо признательных показаний. Однако затем все же был сломлен. Видимо, следователи искусно использовали то обстоятельство, что у Акулова оставались жена с двумя малолетними детьми и престарелая мать. Возможно, на него воздействовали и физически. На фотографии Акулова, снятой в тюрьме, один глаз у него почему-то закрыт. Вероятно, заплыл.
Не исключено, что и после написания признательного заявления Акулов продолжал упорствовать, так как первое развернутое его показание, отпечатанное на машинке на 27 листах, датировано только 17 августа 1937 года. В нем он признавался, что является «скрытым троцкистом», участвовал в заговорщической деятельности Якира, Пятакова, Бухарина и других лиц.
После этого допрос продолжился более чем через месяц — 21 сентября 1937 года. Характерно, что протокол допроса состоит только из анкетных данных. Показания не записаны. Это дает основание полагать, что Акулов вновь стал все отрицать. В анкете зафиксирована заслушивающая внимания деталь. В графе: «Какие имеет награды при советской власти», отмечено: «Не имеет». Действительно, заслуженный революционер, занимавший на протяжении 20 лет высокие посты в партии и государстве, не был отмечен ни одной правительственной наградой.
15 октября 1937 года Акулову было предъявлено обвинение по статьям 58-2, 58-8 и 58-11 УК РСФСР. Его вновь допрашивали. Протокол на 9 машинописных листах с признательными показаниями хранится в деле.
Закончив расследование, Краев 25 октября 1937 года составил стандартное по тем временам обвинительное заключение (на 3-х листах), которое утвердил заместитель прокурора СССР Рогинский. Он же участвовал 28 октября и в распорядительном заседании Военной коллегии Верховного суда СССР, которое вел Ульрих. Было принято решение заслушать дело на закрытом заседании без участия обвинения и защиты и без вызова свидетелей, то есть по максимально упрощенной схеме.
Судебное заседание открылось 29 октября 1937 года в 11 часов 15 минут. Председательствовал на нем Ульрих. Иван Алексеевич сразу же заявил, что виновным себя не признает и показания, данные им на предварительном следствии, отрицает. Он добавил, что был лишь дружен с Якиром, но не считал его троцкистом. Тогда огласили его заявление на имя следователя Альтмана. Акулов, отрицая все свои «признательные» показания, объяснил, что «дал их в состоянии потери воли». В своем последнем слове он заявил, что троцкистом никогда не был, всегда боролся с ними и тем более не мог быть вредителем, террористом и изменником родины. О решении своей судьбы он ответил так: «Воля партии и суда».
Совещание суда было коротким. Приговор — расстрел с конфискацией имущества судьи вынесли за несколько минут. Все заседание продолжалось полчаса.
В приговоре отмечалось, что Акулов, являясь с 1927 года кадровым троцкистом, вел с того времени подрывную контрреволюционную работу против ВКП(б) и Советского правительства. По прямой директиве троцкистского центра, полученной от Пятакова, Акулов проводил вредительскую работу на шахтах Донбасса. В 1933 году был привлечен Якиром в антисоветский военно-фашистский заговор РККА. В 1935 году вошел в руководящий центр этого заговора и через Бухарина осуществлял связь с центром правых.
Так же, как и во всех приговорах Военной коллегии тех лет, в деле нет ни одного доказательства в подтверждение этих обвинений!
Приговор был приведен в исполнение 30 октября 1937 года. При этом присутствовали заместитель прокурора союза Рогинский и заместитель наркома внутренних дел Фриновский.
После ареста И. А. Акулова его жену Надежду Исааковну Шапиро с малолетними детьми выселили из особняка ЦИК СССР. Затем еще раз переселили, и они поздней осенью оказались в холодном бараке из дранки. Н. И. Шапиро было тогда 30 лет.
На следующий день после расстрела Акулова, 31 октября 1937 года, на его тени было заведено довольно странное следственное дело. В нем оказалось только два постановления (о завершении дела и направлении его на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР) и краткая справка о наличии у Н. И. Шапиро малолетних детей.
21 ноября 1937 года Особое совещание постановило: Н. И. Шапиро как члена семьи изменника родины заключить в исправительно-трудовой лагерь сроком на 8 лет. После ареста Надежду Исааковну ни разу не допрашивали, никуда не вызывали и даже постановление Особого совещания зачитали в коридоре.
Н. И. Шапиро была направлена в Темниковский лагерь («Темлаг») НКВД в Мордовской АССР. После отбытия срока наказания, в ноябре 1945 года, ее однако не освободили, а задержали в лагере по так называемому «вольному найму» до особого распоряжения. В это время она работала статистиком при санчасти. 29 июля 1946 года все материалы в отношении нее вновь были направлены на рассмотрение Особого совещания, которое 16 декабря определило ей еще 5 лет ссылки как «социально-опасному элементу» (при этом срок исчислялся не со времени отбытия первого наказания, а со дня вынесения постановления). Она была отправлена «этапным порядком» в Тюкалинский район Омской области. Жалобы ее с просьбой пересмотреть дело остались без удовлетворения, хотя в них она указывала, что имеет несовершеннолетних детей и престарелую мать.
За жену Акулова пробовала хлопотать солистка балета Театра оперы и балета имени С. М. Кирова, лауреат Сталинских премий, заслуженная артистка РСФСР Н. Дудинская. В декабре 1947 года она обратилась с письмом на имя И. В. Сталина — но все было напрасно.
