Помещением для курсов первое время служили две квартиры, уступленные владельцем жилого дома в Мерзляковском переулке. Одну из них, сняв перегородки в большой комнате, переоборудовали в аудиторию историко-филологического факультета. Соседнюю, небольшую, комнату определили как аудиторию математического факультета, а третью, совсем небольшую, комнату назвали приемной, где помещались одновременно канцелярия, директор, декан, толпились слушательницы и профессора во время перерывов.

Вторую, небольшую, квартиру заняла инспектриса, обязанная следить за поведением студенток. Тут же уместилась химическая лаборатория профессора Реформатского, оборудованная на его собственные средства. Никакого имущества, пособий, лабораторий курсы не имели, а профессора предоставляли для занятий курсисток университетские лаборатории, кабинеты, музеи.

Получалось так, что практические занятия по астрономии шли на Пресне в университетской обсерватории, по физике — в Инженерном училище на Бахметьевской улице, по химии — в Мерзляковском переулке, по минералогии и геологии — в минералогическом кружке у Вернадского в университете на Моховой, и курсистки метались с одного конца Москвы на другой, с лекций на практические занятия и с практики на лекции.

Профессорский коллектив вопреки всем препятствиям, поставленным уставом курсов на пути их развития, вел преподавание вровень с университетским, ни в чем не уступая, и создавал собственные учебно-вспомогательные учреждения. Проведению такой учебной политики в высшей мере содействовали подготовленность слушательниц и исключительное трудолюбие.

Первые свои лекции на курсах Сергей Алексеевич читал в математической аудитории Мерзляковского переулка. Кафедру заменял маленький коричневый столик рыночного производства, а восемь слушательниц первого приема размещались на садовых скамейках.

С напряженным вниманием на лицах недвижно сидели перед суровым профессором курсистки и жадно ловили каждое его слово. Бескорыстная преданность знанию своеобразно подчеркивалась внешним видом студенток; простотой одежды, гладкими прическами. По соглашению друг с другом они строго преследовали пудру, косметику, и самое появление инспектрисы здесь прозвучало бы грубостью оскорбительного контроля.

Сергею Алексеевичу нетрудно было установить в своей аудитории, как в дружной семье, по определению И. М. Сеченова, «ту свободу и непринужденность в связи с порядочностью, которые даются семье только образованностью ее членов, порядочностью преследуемых целей и любовным отношением старших к младшим».

Сергей Алексеевич знал всех своих слушательниц не только по лицам и именам. Он знал, кто как живет, о чем мечтает, к чему стремится. Иван Михайлович Сеченов, по рассказам Чаплыгина, имел очень верное представление о вновь учрежденных женских курсах.

Неизменный пропагандист высшего женского образования, Сеченов в свое время читал лекции и в Петербурге на Бестужевских курсах и позднее, будучи профессором Московского университета, на женских курсах «Общества воспитательниц и учительниц». «Отец русской физиологии», выйдя в отставку в 1901 году, читал на Пречистенских курсах анатомию и физиологию. В частных курсах без организованного правительственного контроля он видел «прообраз народных университетов» и, относя к ним Высшие женские курсы, неизменно расспрашивал Сергея Алексеевича обо всем, что там происходит.

Сергей Алексеевич в те годы любил ходить в гости, любил, когда приходили к нему. У Сеченова собирались люди «высокой порядочности», и Сергей Алексеевич встречался здесь с К. А. Тимирязевым, Н. Д. Зелинским, Н. А. Умовым, М. Н. Шатерниковым, с А. В. Неждановой, в те годы еще ученицей консерватории.

На вечерах у Сеченова гостеприимный хозяин почти никогда не возвращался в беседах к тем идеям, которые составляют его всемирную славу. Вообще, раз высказав какую-нибудь мысль печатно, он уже считал излишним далее ее развивать. Об этой необычности работы Сеченова напомнил слушателям Иван Петрович Павлов на одной из своих лекций. Называя сеченовскую идею о рефлексах головного мозга «гениальным взмахом сеченовской мысли», он заметил:

— Интересно, что потом Иван Михайлович более не возвращался к этой теме в ее первоначальной решительной форме!

Но однажды, оставшись случайно наедине с Чаплыгиным, коснувшимся в разговоре последних достижений механики, Иван Михайлович обратил его внимание на то, что все наши представления об окружающем мире, как бы сложны и красочны они ни были, строятся в конце концов на основе тех элементов, которые даны нам системой наших мышц.

— Поэтому, — пояснил он, — когда мы анализируем явление, стараясь перейти от сложного к более простому, то это наиболее простое и понятное есть не что иное, как движение, к которому математик и физик стремятся свести все явления природы. Мышца дала нам представление о пространстве, о времени, о числе, о счете, и мышце мы обязаны нашим устремлением к механическому воззрению на природу!

Еще не уясненная себе до конца мысль поразила Сергея Алексеевича, предугадавшего выводы из нее. Он с изумлением и почти страхом смотрел на Сеченова. Перед ним сидел как будто обыкновенный старик среднего роста, крепкого сложения, с крупными чертами лица в легких рябинах, но лица необыкновенно подвижного, выражавшего значительность разговора, к которому он перешел.

— Мышца — это двойственный орган, — продолжал он, — наш рабочий орган и вместе с тем исконный, первоначальный орган чувств, воспитавший в порядке своих свойств все другие органы чувств. Вот причина того, что единственно понятной нам формой явлений кажется движение и его элемент в виде материальной точки, движущейся в пространстве и во времени. В этом кроется причина, почему мы стремимся свести все явления к явлениям движения материальной точки и почему это явление до последнего времени считалось пределом нашей познавательной способности, пределом, который ставит нам наша организация.

— Ignorabimus! — вызывающе напомнил Сергей Алексеевич о знаменитом восклицании Дюбуа-Реймона, отрицавшего возможность истинного познания мира.

— Дюбуа-Реймон один из моих учителей, — спокойно ответил Иван Михайлович, — и это его «не будем знать» относится лишь к тому, что элементы сознания мы не в состоянии будем выразить в привычных и понятных нам терминах движения. Но будут новые термины для выражения новых понятий…

Мысль о зависимости нашего механического воззрения на природу от чисто физиологических причин поразила Сергея Алексеевича, но не поколебала его стремление к ясному и полному пониманию явлений природы. Наоборот, сеченовское объяснение механического воззрения на природу обязывало к пересмотру законности такого воззрения, к осторожности в наших научных выводах.

Расставаясь в этот вечер с Иваном Михайловичем, Сергей Алексеевич с особенной теплотой и нежностью пожал его руку.

Общественный интерес к Высшим женским курсам, которые невольно представлял на вечерах у Сеченова Чаплыгин, не ослабевал вплоть до первого выпуска слушательниц в 1904 году.

Государственная комиссия, производившая испытания, вынуждена была признать, что выпускницы получили полное университетское образование, и получившим диплом курсов предоставили право преподавания во всех классах средних женских учебных заведений. Об этой первой победе много говорилось и писалось, несмотря на мрачные события разгоревшейся русско-японской войны.

Учрежденный в Гааге Международный третейский суд не предупредил ни англо-бурской, ни русско-японской войны. Царское правительство отклонило всякое посредничество Международного трибунала и согласилось на него только после горького поражения русского флота при Цусиме. Стремительный рост революционного движения после расстрела рабочих делегаций у Зимнего дворца 9 января 1905 года побудил царское правительство поспешно заключить мир.

Правительство искало новые средства предотвратить надвигавшуюся революцию и в последнюю минуту, в разгар всеобщей забастовки в стране и восстания, выступило с Манифестом 17 октября 1905 года. Манифест провозглашал неприкосновенность личности, свободу совести, свободу слова, собраний, союзов и созыв законодательной Государственной думы.