Была придана Северной группировке немецких войск и начала свое продвижение в глубь советской территории из Кенигсберга, оперировала на территории прибалтийских республик, Псковской, Новгородской и Ленинградской областей. Передовые отряды айнзатцгруппы продвинулись до предместий Ленинграда и вступили в Тихвин, Новгород, Чудово. Штаб группы с ноября 1941 г. размещался в г. Красногвардейце (Гатчина) под Ленинградом.

Начальником айнзатцгруппы А последовательно были: штандартенфюрер, доктор юриспруденции Штальэккер Вальтер (1941–1942), бригаденфюрер и генерал-майор полиции Йост Хайнц (1942), оберфюреры СС: доктор юриспруденции Пифрадер Гумберт (1942–1943), Панцингер Фридрих (1943–1944), полковник полиции Вильгельм Фукс (1944).

Группа вела контрразведывательную работу, разведку и проводила карательные операции. Совместно с коллаборационистами группой были организованы массовые облавы и проверки местного населения оккупированных районов. При проведении арестов неблагонадежные с точки зрения оккупантов лица направлялись в специальные лагеря для гражданскогонаселения или в лагеря военнопленных, представители советского и партийного актива расстреливались. По состоянию на 15 октября 1941 г. айнзатцгруппой было расстреляно 135 тыс. человек. Группа развернула активную агентурную контрразведывательную работу в тылах 16-й и 18-й армий и принимала участие в карательных операциях против партизан.

Контрразведкой занимались группы, состоящие из 1 офицера, 2–3 унтер-офицеров, нескольких солдат-резервистов СС и нескольких переводчиков из числа местных пособников.

Помимо контрразведки команда и ее группы вели активную зафронтовую разведку против Ленинграда с целью получения данных о положении в городе, опрашивали военнопленных — жителей Ленинграда, вели заброску в город тщательно подготовленной агентуры. При подборе агентов предпочтение отдавалось лицам, хорошо знавшим город и его окрестности, имевшим там близких знакомых и родственников. Помимо добывания информации агенты должны были вербовать жителей Ленинграда и приобретать конспиративные квартиры. Наиболее проверенным агентам немцы давали адреса своих доверенных лиц и снабжали рекомендательными письмами к проживавшим родственникам пособников. Добытые разведматериалы, относящиеся к промышленности и военным объектам, группа немедленно передавала командованию артиллерии 18-й немецкой армии, или командованию соответствующих корпусов или командующему 1-м воздушным флотом.

Агентура вела сбор сведений о местах дислокации наиболее важных учреждений, вела списки партийного, советского, военного руководства. Для проведения предстоящих арестов в городе при группе были созданы из коллаборационистов — уроженцев города — зондеркоманда «Айнзатц Ленинград» и так называемая «Русская учебная команда», которые после захвата должны была нести охрану важных объектов и принимать участие в операциях полиции безопасности и СД.

В подчинении Айнзатцгруппы А находились зондеркоманды 1А и 1Б и айнзатцкоманды 2 и 3.

Айнзатцкоманда 2. Оперировала в тылу Северной армейской группировки. Начальниками последовательно были: штурмбанфюрер Баатц Рудольф (1941), оберштурмбанфюреры СС: доктор юриспруденции Штраух Эдуард (1941), доктор юриспруденции Ланге Рудольф (1941–1944), штурмбанфюреры СС Пехау Манфред (1942), Бредер Рейнхард (1942–1943), Поль Освальд (1943–1944). Основная оперативная работа была развернута на территории Латвии. Подразделения команды размещались в Лиепае, Риге, Шауляе и Либаве. В конце 1941 г. команда была реорганизована и разделена на территориальные команды полиции безопасности и СД генерального округа «Латвия».

Айнзатцкоманда 3. Действовала на оккупированной территории Литвы и Белоруссии. Подразделения команды располагались в Даугавпилсе, Вильнюсе, Каунасе, Барановичах и Минске. Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюреры СС Карл Егер (1941–1943), доктор Фукс Вильгельм (1943–1944), Беме Ханс-Иоахим (1944). В декабре 1941 г. команда была переформирована в территориальные органы полиции безопасности и СД генеральных округов «Литва» и «Белоруссия». Айнзатцкомандой уничтожено свыше 137 тыс. человек.

Зондеркоманда 1А. В 1942–1943 г. размещалась в г. Красногвардейске Ленинградской области, подразделения — в Красном Селе, Тосно. Разведывательные команды — в с. Ищеры, Любани, Мге, Пушкине, Павловске, Саблино, Жестяной Горке, Волосове и других.

Начальниками органа последовательно были: штурмбанфюреры СС доктор Зандбергер Мартин (1941–1943) и Баатц Бернгард (1943–1944).

Зондеркоманда 1Б. В 1942 г. дислоцировалась в Старой Руссе, затем с сентября 1942 г. в пос. Локня в 60 км от Великих Лук. Осенью 1942 г. переименована в оперкоманду 2а и переведена в г. Порхов. Начальник команды — доктор юриспруденции штурмбанфюрер СС Хубиг Герман (1942 г.).

Оперативная команда 1Ц. Дислоцировалась в Гатчине, Красногвардейске и Натальевке. Начальник — штурмбанфюрер СС Грааф Курт (1942). Вела усиленную подготовку к вступлению в Ленинград и имела при себе «Русскую учебную команду». Штаб команды имел планы Ленинграда с отметками наиболее важных объектов города. В конце 1942 г. команда была расформирована.

Сформирована в июне 1941 г. в г. Дюбин близ Лейпцига. Начальниками группы последовательно были: — руководитель 5-го управления РСХА, группенфюрер СС и генерал-лейтенант полиции Небе Артур (1941), оберфюрер СС Науманн Эрих (1941–1943), штандартенфюреры СС Беме Хорст-Альвин (1943), доктор Эрлингер Эрих (1943–1944), Зитцен Хайнц (1944).

В июне 1941 г. вместе с подчиненными командами прибыла в район Варшавы. Штаб группы в начале 1943 г. состоял из пяти отделов, соответствуя общей структуре РСХА. 1-й отдел занимался кадровой работой, 2-й отдел — административно-хозяйственной работой. 3-й отдел (СД) занимался выявлением противников режима, составлял докладные о политическом положении и настроениях населения, следил за политической пропагандой. 4-й отдел (Гестапо) организовывал карательные операции против партизан и подполья. 5-й отдел (криминальная полиция) помогал Гестапо, руководил русской вспомогательной полицией, принимал участие в уничтожении цыган и беспризорников.

Аналогичные структуры были у штабов оперативных и особых команд.

В начале 1941 г. группа прибыла в Белосток, затем размещалась в Минске, Смоленске, в августе 1943 г. вернулась в Минск, в конце 1944 г. выбыла в г. Августов (Польша), затем переехала в Восточную Пруссию, в район Кенигсберга. В конце 1944 г. группа помимо контрразведки готовила и оставляла на оседание группы «Вервольфа», создавала для них тайные базы и руководила их деятельностью в тылу советских войск.

В марте 1945 г. часть оперативных работников группы была направлена в г. Киль, из остальных был сформирован полк СС под командованием оберштурмфюрера СС Беме.

За время своей деятельности на оккупированной территории группа уничтожила 134 тыс. человек.

Зондеркоманда 7А. Была организована в июне 1941 г. и действовала при 9-й немецкой армии, затем при 4-й танковой армии. Начальниками зондеркоманды последовательно были: оберштурмфюреры СС доктор юриспруденции Блюме Вальтер (1941), Штеймле Ойген (1941), Матчке Курт (1941–1942), Рапп Альберт (1942–1943), штурмбанфюреры СС Лосе Хельмут (1943–1944) и Бает Герхард (1944).

Подразделения зондеркоманды проводили летом 1941 г. операции в Вильно, Минске, Вилейке и Молодечно. 14 июля 1941 г. особая команда прибыла в Витебск и оттуда в ноябре-декабре дошла до Ржева, Калинина, Вязьмы и Сычевки. На протяжении 1942 г. щтаб зондеркоманды располагался в г. Сычевке, отряды — в Гжатске, Оленино, Ярцево. С февраля 1943 до лета 1944 г. штаб дислоцировался в Бобруйске, в июне 1944 г. — в г. Августове (Польша), затем группа разместилась на территории Чехословакии.

Зондеркоманда 7Б. Была придана 4-й армии, затем 2-й танковой армии, с июля 1943 г. вновь при 4-й танковой армии.