16 октября американцы добрались до Колумбии. Плавание вниз по этой реке, в том числе через порожистый участок, при пересечении Каскадных гор, прошло вполне благополучно. 15 ноября экспедиция достигла Тихого океана, закончив пересечение всего материка Северной Америки с востока на запад.

Перезимовав в устье Колумбии, экспедиция 23 марта 1806 года отправилась в обратный путь. На реке Клируотер она разделилась. Отряд Льюиса прошел прямо на восток к Миссури через перевал Лоло в центральном участке хребта Биттер-Рут. Отряд Кларка вернулся уже разведанным путем к реке Джефферсон. От Три-Форкс он перебрался на Иеллоустон - к месту, где этот крупнейший приток Миссури выходит на равнину. Кларк проследил его среднее и нижнее течение до устья и соединился с Льюисом на реке Миссури, по которой вся экспедиция спустилась до Миссисипи (23 сентября 1806 года). Дневники Льюиса, Кларка и некоторых других участников их экспедиции были обработаны и сведены в общее описание путешествия, изданное в Филадельфии в 1814 году (позже последовал ряд переизданий).

Льюис и Кларк первыми дали полноценное описание природы бассейна реки Миссури. Вот что говорится в них о переходе через водораздел: "При переходе от порогов на Миссури через Скалистые Горы к судоходному течению реки Колумбии идешь двести миль по хорошей дороге и сто сорок миль по высокой, крутой и неровной горной тропе. В конце июня на участке в шестьдесят миль этой последней тропы лежал слой снега, толщиной от двух до восьми футов".

По материалам экспедиции были составлены две карты, причем на второй, более детальной, впервые появилось изображение трех меридиональных хребтов, включая Биттеррут, и междуречья Йеллоустон-Бигхорн. Данная карта представляет замечательное географическое достижение.

Во время путешествия велись интересные записи о погоде, и был собран большой материал об индейцах. Льюис составил записку, в которой отобразил свои "наблюдения и размышления по поводу настоящего и будущего состояния Верхней Луизианы, в отношении управления населяющими ее индейскими племенами, а также торговли и сношений с ними". Он предлагал построить "несколько постов, где содержались бы достаточные гарнизоны для защиты имущества находящихся в отлучке купцов и чтобы все торговцы и индейцы были вынуждены собираться туда для совершения сделок".

Экспедиция Льюиса и Кларка выявила, что через Скалистые Горы есть удобный проход, а это подготовило почву для больших трансконтинентальных путешествий следующей половины века. Экспедиция привлекла внимание живших в Сент-Луисе торговцев пушниной к богатому и неисследованному Западу. Конечно, скупщики мехов забирались за Миссисипи уже, начиная с 1794 года; один из них, некто Джон Маккей, построил несколько постов между реками Ниобара и Платт, а его помощник Ивенс добрался до деревень индейцев племени мандан. Маккей собрал ценный географический материал, и есть основания думать, что Льюис и Кларк знали и использовали его.

Фридрих Конрад Хорнеман родился в Хильдесгейме в сентябре 1772 года. В 1796 году он поступил на службу в Британское Африканское общество и получил задание отправиться из Египта в путешествие, чтобы решить загадку Нигера, так в то время еще предполагалась связь между Нилом и Нигером.

Изучив арабский язык и приобретя некоторые познания в медицине, Хорнеман получил окончательное одобрение своих планов со стороны Африканского общества, которое снабдило его рекомендательными письмами и охранными грамотами, а также открыло неограниченный кредит.

Хорнеман выехал из Лондона в июле 1797 года и прибыл в Париж, где познакомился с одним турком, давшим ему письма с самыми настоятельными рекомендациями к некоторым каирским купцам, имевшим деловые связи с внутренними районами Африки.

Молодой путешественник воспользовался пребыванием в Каире для того, чтобы усовершенствоваться в арабском языке и изучить нравы и обычаи местных жителей. Французские ученые, Монж и Бертолле, представили Хорнемана главнокомандующему французской армией в Египте. Бонапарт принял его очень любезно и обещал оказать возможную помощь.

Хорнеману безопаснее всего было путешествовать, переодевшись мусульманским купцом. Итак, он поспешил выучить несколько молитв и усвоить некоторые привычки, что дало бы ему возможность, как он думал, вводить в заблуждение ничего не подозревающих мусульман. К тому же он отправился в путь со своим соотечественником Иосифом Фрейденбургом, который двенадцатью годами раньше принял мусульманство, совершил три паломничества в Мекку и свободно говорил на самых употребительных диалектах турецкого и арабского языков. Он должен был служить Хорнеману переводчиком.

5 сентября 1798 года путешественник покинул Каир с купеческим караваном и, прежде всего, посетил знаменитый оазис Юпитера Аммона или Сива, находящийся в пустыне к западу от Каира. Оазис Сива представлял собой маленькое независимое государство, признававшее власть турецкого султана, но не платившее ему никакой дани. Вокруг города в радиусе одной-двух миль располагались несколько деревень. Город был построен на скале, в которой жители вырыли себе жилища. Улицы "так узки и запутаны, что чужестранец не может в них ориентироваться".

Оазис тянется на значительное расстояние. Наиболее плодородная часть представляет собой хорошо орошенную долину окружностью примерно в пятьдесят миль; там растут пшеница и различные овощи. Наилучшие урожаи дают превосходные на вкус финики, славящиеся среди всех арабов, населяющих Сахару.

С самого начала Хорнеман обратил внимание на развалины и решил обязательно их посетить, так как мало что смог о них узнать от местных жителей. Но всякий раз, как он вступал за ограду, окружавшую эти памятники, за ним шла толпа горожан, и он не имел возможности заняться подробным изучением. Один араб как-то даже сказал ему: "Видно, ты в душе все еще христианин, если так часто приходишь смотреть на изделия рук неверных".

Хорнеману пришлось отказаться от дальнейших попыток. Насколько он мог судить по беглому осмотру, то был оазис Аммона, и развалины представляли собой остатки каких-то египетских сооружений.

Доказательством густонаселенности древнего оазиса Сива служит большое количество подземных пещер, встречающихся на каждом шагу, в особенности под холмом, на котором стоит город. Хорнеман тщетно пытался отыскать на этих старинных кладбищах хоть один целый череп; в найденных им затылочных костях он не мог обнаружить никаких следов того, что когда-то они были заполнены смолой.

Он видел множество остатков одежды, но они совершенно истлели, и определить их происхождение и сорт ткани оказалось невозможным.

Хорнеман провел в этих местах неделю, а 29 сентября направился в Шиаху и пересек горную цепь, служащую границей оазиса Сива. До тех пор ничто не нарушало мирного течения путешествия, но в Шиахе Хорнемана обвинили в том, что он христианин и проник в страну в качестве шпиона. Его повели на допрос, но он спасся благодаря захваченному с собой Корану, который принялся без запинки читать. Тем временем Фрейденбург, опасаясь, как бы не стали рыться в вещах Хорнемана, сжег кусочки мумий, образцы растений, подробный дневник путешествия и все книги.

Спустя несколько дней караван достиг города Ауджила, хорошо известного еще Геродоту, считавшему, что он находится на расстоянии десяти дней пути от оазиса Аммона. Это совпадает со свидетельством Хорнемана, затратившего на переход девять дней. В Ауджиле к каравану присоединились купцы из Бенгази, Мисурата и Дзерба, и теперь в нем насчитывалось не меньше ста двадцати человек. После длинного перехода по песчаной пустыне караван достиг холмистой, изрезанной оврагами местности, кое-где поросшей травой и деревьями. Это была пустыня Харуч. Ее следовало пересечь, чтобы добраться до Темиссы, небольшого поселения, построенного на холме и окруженного высокой стеной.