Сын обрусевшего немца, главы банкирской фирмы в Петербурге и Москве, Василий (Вильгельм) Юнкер не пошел по стопам отца, карьера финансиста его не прельщала. Он получил медицинское образование, но не стал заниматься и врачебной деятельностью, решив посвятить себя географическим исследованиям. В 1873 - 1874 годах Юнкер участвовал в археологической экспедиции в Туние, где изучил на практике арабский язык. Готовясь к задуманному им большому путешествию в глубь Африки, он в совершенстве освоил технику топографической съемки. Участие в работе Международного географического конгресса в Париже в августе 1875 года дало Юнкеру возможность лично познакомиться с такими выдающимися исследователями Африки, как Нахтигаль, Рольфе и Швейнфурт (последний на всю жизнь остался его близким другом). "Обмен мыслями с заслуженными исследователями, - вспоминал впоследствии Юнкер, -направил мое внимание на страну Дарфур в Восточном Судане, которая тогда стояла в центре географических интересов".

В октябре 1875 года Юнкер высадился в Александрии и после небольшой экскурсии в Ливийскую пустыню отправился в Судан. Во время первого этапа своего путешествия - от красноморского порта Суакин до Хартума через Кассалу и Гедареф - он впервые нанес на карту нижнее течение большого хора (пересыхающей реки) Барака. В ожидании разрешения египетских властей на путешествие в Дарфур он воспользовался представившейся ему возможностью совершить поездку на пароходе из Хартума вверх по Белому Нилу и его притоку к Собату: в ходе этого плавания, состоявшегося в августе - сентябре 1876 года, русский путешественник впервые выполнил точную съемку нижнего течения Собата.

Задержка с разрешением на въезд в Дарфур, а также полученные Юнкером сведения о том, что эта область уже достаточно обследована офицерами египетского генерального штаба, привели к пересмотру первоначальных планов. Юнкер решил заняться исследованием южных районов Судана. В ноябре 1876 года он прибыл из Хартума в Ладо, центр Экваториальной провинции, и в январе следующего года двинулся на запад, в область Макарака, известную европейцам только в восточной своей части. С природой и населением этой области Юнкер основательно познакомился в трех круговых маршрутах, проделанных им с марта по июнь 1877 года.

Значение его исследовательской работы в Макарака усугублялось тем, что этот район занимает водораздельное положение между бассейнами нильских притоков Ей и Роль, с одной стороны, и Кибали-Уэле - с другой, определение положения этого участка нильского водораздела, до того отодвигавшегося на картах гораздо дальше к югу, явилось важной заслугой русского путешественника. Его знакомство с бассейном Уэле ограничилось на данном этапе посещением истоков небольших рек Ака и Гарамба, впадающих в правый приток Уэле – Дунгу. На нильской стороне водораздела Юнкер открыл истоки рек Аире и Яло, образующих своим слиянием Роль, а также уточнил положение реки Ей; при этом он убедился в несостоятельности предположения Марно о том, что Ей - верховье Роля, и констатировал, что "она составляет самостоятельную реку, текущую к северу".

В июле - августе 1877 года, приняв участие в походе египетских войск из области Макарака в провинцию Бахр-эль-Газаль, Юнкер проследил Роль от его истоков далеко вниз по течению, а затем познакомился с текущими параллельно Ролю на север более западными реками системы Бахр-эль-Газаля - Роа (Нам-Джау), Тонджем, Молмулом и Джуром, через которые ему пришлось последовательно переправляться, двигаясь в западном направлении. На обратном пути, в сентябре того же года, он более детально обследовал бассейн Роа. Неоднократно пересекая маршруты своего предшественника Швейнфурта, русский исследователь смог связать в единую сеть его и свои собственные съемки, привязанные к различным исходным пунктам: у Швейнфурта - к Мешра-эр-Рек, у Юнкера к Ладо; тем самым был обеспечен их взаимный контроль и соответственно значительно повышена надежность карт юго-восточной части бассейна Бахр-эль-Газаля.

По возвращении в Макарака, в октябре 1877 года, Юнкер проследил водораздел между притоками Нила и Уэле немного дальше к западу от уже разведанного им участка. Он побывал в районе истоков Роа (известной здесь под названием Мариди) и Тонджа и с расстояния в несколько десятков километров повидал высящуюся у истоков Суэ (Джура) гору Бангензе, легко узнав ее по описанию Швейнфурта.

Последний важный этап путешествия Юнкера был связан с его участием еще в одной египетской военной экспедиции - на этот раз к югу от Макарака, в область Калика. В этом походе, в ноябре 1877 - январе 1878 года, он поднялся вверх по долине Ей почти до самых ее истоков, пересек водораздел и углубился в район истоков Кибали-Уэле. "Я находился у Кибби, истока реки Уэле и, таким образом, достиг долгожданной цели. Мне суждено было войти в области, в которых еще не ступала нога белого человека, и обогатить наши сведения об Африке. В самых южных пунктах, достигнутых нашей экспедицией, я видел далеко на юге, на расстоянии 30-40 км, горные цепи, у которых, вероятно, находятся истоки Кибби-Кибали-Уэле".

Тем самым было подтверждено предположение Швейнфурта о том, что Уэле берет начало в горах к западу от озера Альберт, и одновременно опровергнуты взгляды тех ученых, которые, основываясь на сообщении Джесси об уходящем якобы на запад рукаве Бахр-эль-Джебеля, видели продолжение этого рукава либо в Уэле, либо в Ей. "Уже топография местности, - указывал Юнкер, - делает почти немыслимым сток вод Бахр-эль-Гебеля [Бахр-эль-Джебеля] к западу или северо-западу, в чем я и убедился, когда ближе познакомился с гидрографией этой гористой страны". В сентябре 1878 года Юнкер вернулся в Петербург. Основные результаты трехлетнего путешествия в Африку были доложены им в начале 1879 года на заседании Русского географического общества и в том же году опубликованы в его "Известиях". Статьи и картографические материалы Юнкера печатались также в немецких географических журналах, главным образом в "Сообщениях Петерманна".

Вывезенная Юнкером из Африки богатая этнографическая коллекция была подарена им Российской Академии наук.

В октябре 1879 года Юнкер вновь ступил на африканскую землю в Александрии, чтобы отправиться во второе путешествие, в Центральную Африку. "Моя цель, - пишет он, -состояла в исследовании стран, орошаемых рекой Уэле, и в определении течения этой реки возможно далее на запад". Юнкера сопровождал в качестве помощника уже бывавший в тех краях немец Фридрих Бондорф.

Добравшись по Нилу и Бахр-эль-Газалю до Мешра-эр-Рек, Юнкер выступил отсюда в марте 1880 года в направлении на Дем-Солиман (Дейм-Зубейр) - главную египетскую станцию в западной части бассейна Бахр-эль-Газаля, а из Дем-Солимана двинулся на юг, в область расселения азанде. Вождь азанде Ндорума, никогда не видевший европейцев, лично вышел ему навстречу с приглашением побывать у него в гостях.

Вскоре Юнкер оставил позади территорию, известную по описаниям Швейнфурта, и вступил в неисследованную область. Путь его проходил вдоль водораздела Нил - Конго, сначала по нильской, затем по конголезской его стороне. "Эта гидрографическая граница, - пишет Юнкер, - была для меня исключительно достопримечательна. Во время моего путешествия по Макарака я впервые в области негров мунду, а позже и в Калика, переходил через принадлежащие бассейну Конго притоки. Конечно, я и теперь еще не подозревал, что Уэле-Макуа в конце концов повернет к Конго. Теперь я мог здесь на западе приближенно установить линию раздела обеих наибольших систем рек". В непосредственной близости к водоразделу находилась и резиденция Ндорумы, расположенная в истоках реки Уэре (Вере), правого притока Уэле. Здесь Юнкер основал постоянную базу для будущих путешествий.