30 ноября 1830 П. покидает Болдино. 18 февраля 1831 в Москве он венчается с Гончаровой. 15 мая переезжает в Петербург, затем, намереваясь издавать журнал и заниматься историей, вновь поступает на государственную службу, добивается доступа к историческим архивным документам. Напряженно следя за современными событиями в Западной Европе и России (Июльская революция 1830 во Франции, Польское восстание 1830—31, бунты в военных поселениях Новгорода и Старой Руссы в 1831), он ищет путей воздействия словом писателя, журналиста и историка на правительство и общество (в т. ч. на родовое дворянство, в котором он видит оппозиционную силу) в прогрессивном духе. Однако ни получить разрешение издавать журнал, ни найти верных общественно-литературных единомышленников ему не удаётся. По мере творческого возмужания П. нарастает его одиночество, отчуждение публики и критики, вызываемое непониманием его общественной и литературной позиции, глубины его произведений. Кроме того, с усилением реакции и полицейского произвола, с постепенным осознанием того, что родовая аристократия перестала быть активной политической силой, уступив место бюрократическому «новому дворянству», назревает спад политических иллюзий П. Изучая историю, в частности архивные документы петровской эпохи и времён Ем. Пугачева, он начинает пересматривать прежнее отношение к деятельности Петра I как образцу государственной мудрости, снова обращается к вопросу об исторической роли социального протеста, в частности интересуется деятельностью и судьбой А. Н. Радищева, писателя, отважившегося на оппозицию без какой-либо общественной опоры. В 1832 начинается работа над романом «Дубровский»; однако замысел романа, в центре которого — мятежный дворянин-одиночка, скоро перестаёт удовлетворять П. Оставив в начале 1833 работу над «Дубровским», он обращается к эпохе народного восстания под руководством Пугачева, вплотную приступив к историческому роману «Капитанская дочка», где продолжает начатое в «Борисе Годунове» исследование «судьбы человеческой, судьбы народной». Объективная точка зрения реализуется здесь в честном и беспристрастном рассказчике-свидетеле, который симпатизирует Пугачеву, воплощающему силу и талант народа, но остаётся верным своему дворянскому долгу. Параллельно П. работает над историческим трудом о пугачёвщине, собирает документы, изучает архивные материалы, в августе и сентябре 1833 посещает Оренбург, Казань и др. «пугачевские» места, беседует с очевидцами. Не будучи сторонником «бунта», П. стремится создать строго достоверную картину событий и показать справедливость нар. возмущения.
1 октября 1833, на обратном пути с Урала, П. снова приезжает в Болдино. Полтора месяца второй «болдинской осени» — период нового творческого подъёма. П. заканчивает здесь «Историю Пугачева», пишет поэму «Анджело», ряд «Песен западных славян», «Сказку о рыбаке и рыбке», «Сказку о мёртвой царевне...» и такие вершинные произведения, как поэма «Медный всадник», повесть «Пиковая дама», стихотворение «Осень». Общий пафос «болдинского» творчества 1833 — исследование трагедийных антиномий жизни в свете объективных закономерностей бытия. Под этим углом зрения рассматриваются философско-этические темы и современные проблемы, в частности закон и милосердие, личность и государство, извращённость буржуазного сознания, буржуазных социальных отношений и др. В «Медном всаднике» на громадную высоту обобщения поднимается тема государства и личности, истории и отдельной судьбы, взаимоотношений человека и мира; в символическом плане извечно-трагедийных коллизий, возникающих в этих взаимоотношениях, глубокий философский смысл приобретает тема безумия («Медный всадник», «Пиковая дама», стихотворение «Не дай мне бог сойти с ума» и др.). Однако трагедийность П. трактует не как мрачную безысходность, а как присущее самой жизни динамическое свойство: в стихотворении «Осень» через трагедийность центральной темы «умирания» раскрывается связь творящего человеческого духа с неумирающими силами природы и мироздания.
1833—34 годы начинают последний, исключительно тяжёлый период жизни П. Авторитет первого русского поэта сохраняется за ним, но в основном как эхо славы П.-романтика 20-х гг.; глубочайшие же открытия зрелого П. расцениваются публикой, критикой и даже некоторыми друзьями как признаки «упадка». Лишь немногие, в том числе Н. В. Гоголь, понимают их значение. Несмотря на обещание Николая I быть единственным цензором П., цензура постепенно становится многослойной. Рождение детей, светские обязанности требуют больших расходов; займы из государственной казны ставят П. в унизительную зависимость от властей. На просьбы об отставке и о разрешении уехать на время в деревню для поправки имущественных дел царь отвечает угрозой опалы и запрещения доступа в архивы. В конце 1833 П. присваивают чин камер-юнкера, оскорбительный для его возраста и общественного положения и закрепляющий за поэтом статус мелкого придворного. Вскоре П. обнаруживает, что перлюстрируются его письма. Его репутация вольнодумца и презрение к «новому дворянству» вызывают враждебное отношение к нему высшего света и бюрократической знати, а независимость воззрений, неприятие П. дешёвого фрондёрства навлекают на него нападки либералов. С начала 30-х гг. его травит реакционная пресса во главе с Ф. В. Булгариным.
В этот трагический период в центре внимания П. по-прежнему исторические судьбы и современные проблемы страны, народа и общества, пути национальной культуры, философское осмысление жизни и истории. Он готовит материалы для «Истории Петра», размышляет над историей Великой французской революции, историей русской литературы, изучает шедевр древнерусской литературы «Слово о полку Игореве», стремится влиять на самосознание общества, неоднократно в различных формах напоминает об участи сосланных декабристов. В 1836 он начинает издавать журнал «Современник», продолживший на новом этапе традиции прогрессивной русской журналистики, собирает вокруг него лучшие литературные силы, публикует ряд собственных критических и публицистических произведений, отстаивая в условиях реакции передовую общественную и нравственную роль литературы, борясь с отжившими и реакционными эстетическими воззрениями и охранительной прессой. Художественное творчество П. в последние годы идёт в известной мере на убыль, уступая место критической, публицистической, теоретической, исторической работе; поэзия вытесняется прозой: П. пишет философскую повесть «Египетские ночи» (1835), где тема истории смыкается с вопросом о сущности поэтического творчества; возникает ряд замыслов и планов прозаических произведений, а также набросков, многие из которых (например, «Мы проводили вечер на даче», «Цезарь путешествовал...») замечательны своей внутренней завершённостью, глубиной, лаконизмом, предвосхищением будущего русской прозы. П. заканчивает «Капитанскую дочку» (1836), где постановка вопросов русской народной, исторической и государственной жизни сочетается с исследованием нравственной проблемы человеческого поведения в сложных исторических обстоятельствах, философские проблемы судьбы. Связь судьбы с жизненным поведением — тема философского гротеска «Сказка о золотом петушке», последней сказки П., единственного поэтического плода третьей «болдинской осени» (1834).
Стихи последних лет — медитативная лирика нового рода: её интонация повествовательна, философские раздумья лишены поэтических «украшений». Нарастают мотивы глубокой грусти, одиночества непонятого людьми человека, жажда «покоя и воли», мысли о смерти («Пора, мой друг, пора!...», 1834, «Полководец», «Странник», 1835, «Из Пиндемонти», «Когда за городом...», 1836). Однако и в этот период нет места пессимизму и эгоистическому унынию; в стихотворении «... Вновь я посетил» (1835), в философском цикле лирики 1836 (перекликающемся некоторыми внутренними темами с «Подражаниями Корану» и завершающемся пророческим стихотворением «Я памятник себе воздвиг...» — поэтическое кредо и завещанием П.) господствует тон мужественной трезвости, требовательности к себе, величавого раздумья, поднимающегося над невзгодами жизни и устремленного к высшему смыслу бытия.