Нарастание оппозиционного движения внутри страны и усложнение международного положения Г. в обстановке происходившего в Европе процесса образования национальных централизованных государств заставили немецких князей искать путей к реформе государственного устройства империи. В конце 80-х гг. 15 в. в Юго-Западной Г. возникла политическая и военная организация крупных князей — Швабский союз. Руководившая им «княжеская партия» провела на рейхстагах 1495 и 1500 свой проект имперской реформы (запрещение внутренних войн в империи, создание общеимперского управления и суда для улаживания конфликтов между князьями и др.).
Оппозиционное движение начале 16 в. охватило разные социальные слои (крестьянско-плебейские массы, бюргерство, имперское рыцарство, находившееся в состоянии упадка и видевшее причину этого в жалком состоянии империи). Движение против католической церкви — Реформация, начало которому положило выступление М. Лютера против индульгенций (1517), на время объединило разнородные слои оппозиции: католическая церковь, беспрепятственно отягощавшая многочисленными поборами раздробленную страну, становилась объектом всеобщей ненависти. Значительную роль в идеологической подготовке общенационального движения сыграл также немецкий гуманизм, особенно деятельность радикальных гуманистов (Ульриха фон Гуттена и др.). Уже в 1521, в обстановке всё более обострявшихся классовых противоречий, позиции разных примкнувших к Реформации общественных группировок выявились более отчётливо. В учении Лютера, связанного с консервативными кругами бюргерства и стремившегося удержать движение в рамках антипапской оппозиции, выдвигались требования, удовлетворение которых вело к усилению князей; Лютер всё больше отходил от народных элементов движения. Среди более радикальных кругов бюргерства стали распространяться, особенно в городах Юго-Западной Г., разные направления цвинглианства (см. У. Цвингли). В народе Реформация получила свою социально-политическую трактовку прежде всего в революционном учении Т. Мюнцера, ставшем идеологическим знаменем антифеодальной борьбы народных масс. Рыцарское восстание 1522—23, не поддержанное др. слоями оппозиции, было легко подавлено. Апогеем революционного движения эпохи Реформации стала Крестьянская война 1524—26, охватившая всю Юго-Западную и Среднюю Г. Наиболее последовательно идеи борьбы с социальным гнётом и феодальным государством были выражены в программных документах сторонников Мюнцера (т. н. Статейное письмо) и М. Гайсмайра. Но и в др. программах, выдвинутых в ходе борьбы (таких, как «Двенадцать статей», проект т. н. Гейльброннской программы), также содержались передовые для того времени идеи, осуществление которых повело бы к подрыву феодального строя и направило бы Г. на путь национального и государственного единства. Однако слабая сторона этого первого акта буржуазной революции в Европе, как Ф. Энгельс охарактеризовал всё общественное движение эпохи Реформации в Г. (см. К. Маркс и Ф. Энгельс, Соч., 2 изд., т. 21, с. 417—18), заключалась в разрозненности революционных сил, в колебаниях и консервативных тенденциях основной части бюргерства при недостаточной зрелости его радикальных слоев, неспособности возглавить все прогрессивные силы. Крестьянская война была подавлена со страшной жестокостью войсками Швабского союза и среднегерманских князей. Поражение Крестьянской войны означало разгром всего общественного движения этой эпохи (его последним актом была Мюнстерская коммуна1534—35). Князья смогли использовать Реформацию в своих интересах, проведя секуляризацию церковных земель и полностью подчинив церковь своей власти. Развернувшаяся после поражения Крестьянской войны религиозно-политическая борьба между князьями-протестантами и католическими князьями внутри Г. тесно переплелась с великодержавной политикой Габсбургов (которым удалось с 1438 фактически закрепить за своим родом титул германских королей и императоров «Священной Римской империи»). С конца 15— начала 16 вв., начиная с Максимилиана I (правил в 1493—1519), Габсбурги выступали с широкими «универсалистскими» притязаниями, пользуясь при этом активной поддержкой феодально-католических реакционных сил Европы. Внук Максимилиана Карл V, ставший в 1516 испанским королём, а в 1519 избранный императором «Священной Римской империи», объединил с землями, входившими в состав империи, огромные владения испанской короны. В усилении германских князей Карл V видел опасность для габсбургских планов создания мировой христианской державы. В войне 1546—48 он одержал победу над протестантскими князьями Г., объединившимися в Шмалькальденский союз. Однако возобновившаяся в 1552 война закончилась поражением Карла V; в 1556 он отрекся от престола. Аугсбургский религиозный мир 1555 упрочил княжеский суверенитет и сложившийся в Г. строй мелкодержавия.
Г. во 2-й половине 16 —1-й половине 17 вв. Во 2-й половине 16 — начале 17 вв. политическая реакция ещё более усилилась в обстановке наметившегося экономического упадка, явившегося в свою очередь в значительной степени результатом поражения революционных сил. Усиление зависимости городов от князей сковывало торговлю и промышленность. Феодальная реакция в деревне тормозила дальнейшее развитие капиталистической мануфактуры (хотя в некоторых районах и отраслях промышленности она продолжала развиваться). Экономическому упадку способствовали также передвижение путей мировой торговли из Средиземного моря в Атлантический океан и конкуренция капиталистически развивавшихся стран — Голландии, Англии. На территории Г. к В. от Эльбы возникла система крупных, основанных на барщинном труде крепостных крестьян, барских хозяйств, ориентированных на внешний рынок (см. «Второе издание крепостничества»).
Феодальная реакция сопровождалась католической реакцией. Борьба внутри Г. осложнялась назревавшими международными конфликтами, обострению которых способствовала политика Габсбургов, затрагивавшая интересы иностранных государств, прежде всего Франции. Разразившаяся в империи в 1618 война вылилась в длительную общеевропейскую (см. Тридцатилетняя война 1618—48). Г. на долгие годы сделалась главной ареной этой опустошительной войны, имевшей самые тяжёлые последствия для социально-экономического и политического развития страны. Из-за военных действий производительные силы страны были сильно подорваны, резко сократилось население, многие города и деревни были разрушены. Население (особенно крестьянство), жестоко страдавшее от тягот войны, с оружием в руках выступало против мародёрствующих солдат; в отдельных районах поднимались крестьянские восстания.
Г. во 2-й половине 17 — конце 18 вв. Завершивший Тридцатилетнюю войну Вестфальский мир 1648 юридически закрепил распадение Г. на разобщённые территориальные княжества (на 4 млн. жителей приходилось примерно 300 светских и духовных княжеств со средней площадью 20—25 км2), которые формально входили в «Священную Римскую империю» (см. карту). Феодалы усилили наступление на крестьян. На территории страны к В. от Эльбы завершился процесс вторичного закрепощения крестьян; расширялись помещичьи хозяйства, производившие хлеб на экспорт, а это привело к сгону крестьян с земли и увеличению барщины (в некоторых районах до 6 дней в неделю). В области политической в Г. восторжествовал мелкодержавный княжеский абсолютизм, в большинстве княжеств были сведены на нет органы сословного представительства — ландтаги, созданы постоянные армии. Одним из крупнейших немецких государств было Бранденбургско-Прусское курфюршество (с 1701 — королевство Пруссия). Вся жизнь прус. военно-крепостнической монархии была проникнута духом милитаризма и вотчинного деспотизма. Наиболее яркое и законченное выражение эти черты получили при Фридрихе II Гегенцоллерне (король в 1740—86). Прусская армия по численности (с учётом числа жителей) занимала 1-е место в Европе. Реформы Фридриха II в духе просвещённого абсолютизма (некоторое упорядочение деятельности судебных и финансовых органов, расширение начального образования и др.) по существу не затронули прусских крепостнических порядков, которые были серьёзным препятствием для роста производительных сил, для развития мануфактурного производства.
