В середине 11 в. началось вторжение сельджуков. К 1065 они завоевали почти всю А., беспощадно разорив страну, уничтожив города, истребив население. Экономическое развитие А. затормозилось; в ряде районов вернулись к полупатриархальным-полуфеодальным отношениям. Предпосылки для объединения страны были утрачены. Значительная часть армянского населения изгонялась или сама вынуждена была уйти со своей земли. Многочисленные армянские княжеские роды, а также цари Ани, Васпуракана и Карса, переселившиеся в М. Азию, не оставляли усилий по возрождению А. Владение Филарета Варажнуни, включавшее территорию между границей А. и Вост. Киликией с центром в г. Марате, в течение 20 лет сумело выстоять перед натиском сельджуков и создало предпосылки для воссоздания армянской государственности в Киликии под властью Рубенидов. Рубениды вели военную и дипломатическую борьбу против византийцев, арабов, сельджуков, крестоносцев, а также центробежных стремлений армянских феодалов. При Млехе (правил в 1169—75) и Рубене II (правил в 1175—87) были ликвидированы последние опорные пункты византийцев в Киликии. При Левоне II (правил в 1187—1219) армянское государство овладело побережьем Средиземного моря от Александретты до Селевкии. Византийский император Алексей III и германский император Генрих VI выслали Левону II царскую корону.

  Киликийское армянское царство достигло наивысшего расцвета при Левоне II, Хетуме I (правил в 1226—70) и Левоне III (правил в 1271—89). Его границы доходили до Евфрата на В., Тавра — на С., Исаврии и Ликаонии — на З. Столицей был г. Сие, главными портами — Мерсин, Айаси Таре. Левон II заключил торговые договоры с итальянскими городами, построил крепости на окраинах государства, где содержались постоянные гарнизоны, создал торговый флот, регулярную армию, систему военного обучения, чеканил монету. Иностранные купцы получили право свободного передвижения по Киликии, ввоза и вывоза товаров без пошлин. Киликия превратилась в культурный центр армян. Открывались школы, поощрялась литературная и научная деятельность, развивались изобразительное искусство и зодчество.

  С конца 11 в. начался распад сельджукской державы. Одновременно на территории А. образовывались новые феодальные сельджукские государства. Остатки армянской феодальной знати во главе с Захаридами возглавили освободительное движение против сельджуков. В течение 2-й половины 12 и начала 13 вв. грузинские и армянские войска под командованием Захаридов освободили большую часть А. и создали под покровительством грузинского государства самостоятельное феодальное княжество. Страной стали править Захариды. Между А. и Грузией сложились исключительно тесное политическое, экономическое и культурное сотрудничество и дружба.

  Южные и западные районы А. продолжали оставаться под властью сельджукских эмиратов. Освобождение А. содействовало подъёму экономики и культуры. Значительного развития в 12—13 вв. достигли города, торговля, ремесленное производство. Через г. Трапезунт армянские купцы вели торговлю с Крымом, Польшей, Сев. Кавказом, Юж. Русью и другими странами. Рост ремесла и торговли сопровождался обогащением феодалов и купечества, в то же время положение крестьян ухудшалось; часть их лишилась права свободного перехода с места на место. Получили развитие высшие духовные и светские школы.

  В 1236—43 Закавказье, несмотря на упорное сопротивление населения, было завоёвано монголо-татарскими войсками. Армянская государственность была ликвидирована. А. была включена в состав государства Хулагуидов. Кочевники-монголы уничтожали высокую земледельческую культуру и вводили кочевое скотоводство. Значительная часть возделанных полей и садов превратилась в пустыри. В конце 13—14 вв. бегство населения из А. в Грузию и соседние области М. Азии, на северо-западное побережье Каспия, Сев. Кавказ приняло огромные размеры.

  Киликийскому армянскому царству удалось на время сохранить свою целостность. Хетум I достиг выгодного для себя соглашения с монголами, предотвратив их вторжение в пределы царства. Его преемник Левой III стремился с помощью монголов объединить все армянские земли под своей властью. Союз между армянским государством и монгольским ильханством не обеспечивал безопасности страны. Египетские мамлюки совершали опустошительные походы на Киликию. При Хетуме II начинается постепенный упадок Киликийского армянского царства. Надежды выстоять с помощью западноевропейских держав и римского папы не оправдались. В 1375 мамлюки захватили страну и взяли в плен царя Левона VI. Киликийское армянское государство прекратило своё существование.

  В 60-х гг. 13 в. А. стала ареной кровопролитной борьбы между Хулагуидами и ханами Золотой Орды. В конце 14 в. А. была сильно разорена во время походов Тохтамыша, а затем Тимура. Захват А. в начале 15 в. кочевыми племенами Кара-Коюнлу, а затем Ак-Коюнлу также сопровождался массовым истреблением населения и разрушениями.

  В 14—15 вв. большинство армянской феодальной знати было уничтожено. Их земли захватила монголо-татарская, туркменская и курдская военно-кочевая знать. Разорение крестьян, падение ремесла привели в 14—16 вв. хозяйство А. в катастрофическое состояние.

  В этот период поднялось значение области Айрарат и г. Еревана как центра страны, чему способствовало также перенесение в 1441 престола «католикоса всех армян» в Эчмиадзин (по соседству с Ереваном). Город Джульфа (Джуга) в 16 в. уже стал центром нарождающейся армянской торгово-ростовщической буржуазии.

  В 16—18 вв. А. стала объектом ожесточённой борьбы между османской Турцией и державой Сефевидов, приведшей к новому застою в экономике А. Сотни тысяч армян были насильственно выселены в Иран по приказу шаха Аббаса I(правил в 1587—1629). Джульфа была разрушена, а её население переселено в Иран, в окрестности г. Исфахана, где армяне основали г. Новая Джульфа (Нор-Джуга). Армянские купцы из Н. Джульфы вели крупную торговлю, главным образом в Передней Азии, Индии, России и Зап. Европе (см. Армянские колонии).

  В 1639, после мира, заключённого между Турцией и Ираном, А. была окончательно разделена: Западная А., составляющая большую часть страны, отошла к Турции, Восточная А. — к Ирану. Последними остатками армянской государственности являлись 5 меликств Нагорного Карабаха, просуществовавших до конца 18 в.

  Согласно мусульманскому религиозному праву — шариату, собственником всех земель в А. являлся шах или султан, который уступал во временное или постоянное пользование доходы с этих земель представителям господствующего класса или духовенству. Армянское население облагалось многочисленными налогами и повинностями, главным из которых являлся бахра ¹/₃—¹/₂ от урожая). Крестьяне отбывали принудительную трудовую повинность в пользу государства. Христианское население А. облагалось подушной податью (джизьей). Территория Западной А. вошла в состав нескольких пашалыков и вилайетов Турции, феодалы кочевых и полукочевых курдских и туркменских племён жестоко эксплуатировали армянское население. Турки стремились обратить армян в ислам.

  Жестокий политический, социальный и национально-религиозный гнёт вызвал массовое движение армянского народа за освобождение. Если первоначально армянское национально-освободительное движение искало помощи у западноевропейских держав, то с конца 17 в. его основной внешнеполитической опорой стала Россия. Это было обусловлено не только географическим положением России, её политическими и стратегическими интересами на Ср. и Бл. Востоке, но и теми экономическими и культурными связями армянского и русского народов, начало которых восходит ко времени Киевской Руси. Эти связи особенно расширились при Петре I. В их укреплении большую роль сыграл видный деятель национально-освободительного движения армянского народа Исраел Ори. В 1701 Ори прибыл в Россию и представил Петру I план освобождения А. Согласно этому плану, освободительная борьба армян должна была вылиться в народное восстание, помощь которому оказали бы русские войска. Конечной целью было восстановление армянской государственности.