30 ноября 1944 года Иван Седин был отстранен от должности народного комиссара нефтяной промышленности и направлен «в распоряжение ЦК ВКП(б)». Что послужило причиной его внезапной отставки, до сих пор не известно, архивы на сей счет хранят молчание. Одно из предположений высказано Байбаковым в его книге «Сорок лет в правительстве»: «Предыдущий нарком, бывший секретарь Ивановского обкома ВКП(б), не был нефтяником и, видимо, не вполне удовлетворял требованиям Государственного комитета обороны, а поэтому и был смещен». Однако, как отмечает историк российского нефтепрома А. Матвейчук, ознакомление с архивными документами показывает, что 30 ноября 1944 года на заседании ГКО рассматривался только один вопрос: «О плане осенне-зимних лесозаготовок в сезон 1944—45 годов», не имевший никакого отношения к деятельности наркома нефтяной промышленности Седина. В этом случае историку представляется более правдоподобной версия Михаила Черныша, в военные годы работавшего в Наркомнефти, а затем и в группе по нефтяной промышленности секретариата Совнаркома СССР. По его словам, отставка наркома Седина вполне укладывалась в кадровую политику Сталина «с неизменным чередованием порой непредсказуемых проявлений как царской милости, так и гнева со стороны “отца советских народов”». Существует, впрочем, и бытовое объяснение происшедшего. Будто бы, приехав в Баку решать нефтяные вопросы, нарком до беспамятства напился в ресторане, выводили его оттуда под руки, и об этом секретарь ЦК Компартии Азербайджана Багиров «просигналил» в Москву. За Седина будто бы заступался Маленков, но безрезультатно.

В тот же день, когда сняли Седина, Байбаков был назначен наркомом нефтяной промышленности. Ему было тогда 33 года. Назначение произошло без предварительного вызова в Кремль и с самим кандидатом на ответственный пост не обсуждалось.

Лишь через три месяца после того, как новый нарком приступил к работе, его вызвал Сталин.

«В Кремле, в приемной Сталина я появился точно в назначенное мне время, — вспоминал Байбаков. — Заведующий сталинским секретариатом А. Н. Поскребышев попросил лишь немного подождать, сказав, что Сталин сейчас занят в своем кабинете поиском какой-то нужной книги. Больше он ничего не сказал, сосредоточенно копаясь в своей папке. Все знали, что Поскребышев говорит ровно столько, сколько нужно для ответа. Он молча дважды поднимался с места, заглядывал в кабинет и, возвращаясь, кратко сообщал: “Нужно подождать”. Наконец, в третий раз, сказал:

— Товарищ Сталин, видимо, нашел нужную книгу и читает, стоя на стремянке. Вы войдете, ну, кашлянете, чтобы услышал.

Я тихо вошел в кабинет, уставленный книжными полками. <…> Вошел — и остановился, смотрю, стоит Сталин, Верховный главнокомандующий, правда спиной ко мне. Ну, подожду, кашлянуть я всегда успею. Я смотрел, как он выглядит. А выглядел он так: одет в серый френч и мягкие сапожки, очень скромно для первого человека в государстве. <…> Представьте себе, я стою и рассматриваю его, а он, как стоял на стремянке спиной ко мне, так и стоит, что-то читает. И вижу на сапоге… дырку, — меня это сразило. Вот чуть повернулся боком — и на втором сапоге дырка. Как же так, — думаю, — Первый секретарь, Верховный главнокомандующий принимает в дырявых сапогах даже вызванных к нему людей. Понятно, страна находится в тяжком положении, у всех нехватки и в одежде, и в обуви. Но не до такой степени… И, в конце концов-то, дырки на сапогах можно было и залатать. Я все-таки решился и кашлянул в кулак. Сталин неторопливо оглянулся и поставил книгу на место.

— A-а, Байбако, молодой человек! — медленно протянул он (назвал меня “Байбако” он как-то дружески, с каким-то душевным расположением). И повторил чуть-чуть официальнее:

— Садитесь, товарищ Байбаков, пожалуйста, вон там.

Он спустился со стремянки, пожал мне руку и, раскуривая трубку, начал ходить по кабинету.

— Товарищ Байбаков, мы назначили вас наркомом нефтяной промышленности».

Байбаков уже три месяца управлял отраслью в качестве главы, но слова Сталина означали для него окончательное утверждение в новой должности. Байбаков спросил:

— Товарищ Сталин, но ведь перед этим никто даже не поинтересовался, смогу ли я справиться?

Сталин затянулся трубкой, откашлялся и негромко сказал:

— Товарищ Байбаков, мы хорошо знаем свои кадры, знаем, кого и куда назначать. Вы коммунист и должны помнить об этом…

Разговор зашел о проблемах нефтяной индустрии.

— Вы знаете, что нефть — это душа военной техники? — спросил Сталин.

— Товарищ Сталин, — ответил Байбаков, — это не только душа военной техники, но и всей экономики.

— Тем более, скажите, что нужно, — доверительным тоном подбодрил его Сталин, — для развития отрасли.

— Надо «Второе Баку» осваивать, там мы открыли два крупнейших месторождения — ударили фонтаны. Это очень перспективные месторождения.

Сталин внимательно выслушал, прошелся раз-другой вдоль стола и настойчиво повторил:

— А что нужно?

— Капиталовложения нужны, товарищ Сталин, оборудование. А еще нужны знающие строители.

Собравшись с духом, Байбаков начал излагать свои принципиальные соображения о путях развития нефтяной промышленности. Сталин слушал вдумчиво, сосредоточенно. Потом взял трубку телефона и позвонил Берии, который как первый заместитель председателя Совнаркома курировал топливные отрасли:

— Лаврентий, вот здесь товарищ Байбаков. Все, что он просит, ты ему дай.

Разговор наркома с вождем продолжался при полном взаимопонимании. И вдруг Сталин задал вопрос:

— Товарищ Байбаков, вы думаете, союзники нас не раздавят, если увидят такую возможность — раздавить?

— Да как же они смогут?

— Очень просто, — невозмутимо ответил Сталин. — Мы создали и танки, и самолеты, и машины — хорошие. Много у нас и трофейной техники. Но все это не придет в движение, если не будет бензина, дизельного топлива. Нефть — это душа военной техники.

Байбаков предложил Сталину перевести некоторые оборонные заводы на выпуск буровых станков и другого нефтяного оборудования для промыслов. Сталин тут же через Поскребышева отдал необходимые распоряжения.

Разговор продолжался полтора часа, и все это время Сталин непрерывно ходил по кабинету взад-вперед, останавливался, разжигал потухшую трубку. В конце разговора сказал:

— Вот вы — такой молодой нарком… Скажите, какими свойствами должен обладать советский нарком?

— Знание своей отрасли, трудолюбие, добросовестность, честность, умение опираться на коллектив…

— Все это верно, товарищ Байбаков, все это очень нужные качества. Но о важнейшем качестве вы не сказали.

«Тут Сталин, обойдя вокруг стола, подошел ко мне. Я решил подняться. Но он не позволил, коснувшись чубуком трубки моего плеча.

— Советскому наркому нужны прежде всего “бичьи” нервы (так характерно произнес он слово “бычьи”) плюс оптимизм».

Выйдя из кабинета Сталина, Байбаков первым делом поинтересовался у Поскребышева, почему Верховный главнокомандующий ходит в сапогах с дырками. Неужели для него не найдется новых?

— А вы заметили, где эти дырки? — спросил Поскребышев. — Товарищ Сталин сам вырезал их, чтобы не досаждали мозоли. Так-то…

Новый нарком нефтяной промышленности ехал из Кремля окрыленным.

Байбаков считал, что после того разговора со Сталиным наметился перелом в освоении и развитии «Второго Баку». На помощь нефтепрому пришли заводы тяжелой промышленности, где стали производить нефтяное оборудование. В Горьковской области создали специальный цех по изготовлению грязевых насосов для буровых работ, в Пермской начали выпускать глубинные насосы. Особо отличился Уралмаш, наладив производство буровых станков: в качестве силового двигателя к ним уралмашевцы использовали двигатели танка Т-34.

Сталин интересовался ходом развития нефтяной промышленности и нередко звонил наркому. «Однажды, прочитав письмо от главного геолога нашего наркомата В. М. Сенюкова, который утверждал, что для ускоренного открытия новых нефтяных и газовых месторождений необходимо применять так называемый метод бурения “опорных скважин”, Сталин позвонил мне и спросил, как я смотрю на это предложение и что оно может дать? — вспоминал Байбаков. — Я сказал, что предложение заслуживает внимания, и хотя дело связано с немалым риском, так как закладка скважин, не подкрепленная детальными геологическими исследованиями, может привести к определенным потерям, тем не менее стоит пойти на этот риск. Обычно разведочные скважины на нефть и газ бурят вблизи районов, где они уже обнаружены, или в новых районах, исследованных геофизическими методами, а геолог В. М. Сенюков — доктор наук — предложил бурить скважины на огромной территории страны на большом расстоянии друг от друга без таких исследований. Решение было принято, и, как вскоре убедились, метод оправдал себя: бурение опорных скважин ускорило открытие ряда новых нефтяных и газовых месторождений».