Братия лавры с любовью относилась к старцу, но ненавистник всякого добра, лукавый враг спасения посеял зависть и злобу в одном из них. На преподобном, всю жизнь терпевшем человеческую зависть и недоброжелательство, вполне исполнились слова Священного Писания: «Несть пророк без чести, токмо во отечествии своем, и в дому своем» (Мф. 13, 57). Старец благодушно и терпеливо переносил чинимые препятствия к духовному руководству людей. В период с марта по апрель 1957 года церковное священноначалие определяет ему пребывать в затворе «для совершенствования аскетической жизни и несения высшего схимнического подвига», и в конце апреля 1957 года старца на Страстной седмице Великого поста переводят в Крещатицкий Иоанно-Богословский монастырь Черновицкой епархии.

В небольшом Иоанно-Богословском монастыре было очень тихо и просто. Приход старца Кукши в эту обитель был для нее благотворным — ожила духовная жизнь братии. Как за пастырем спешат овцы, куда бы он ни направлялся, так и за добрым пастырем — старцем Кукшей сюда, в тихую обитель апостола любви, устремились духовные чада, а за ними — народ Божий. Целыми днями по горной тропе, как трудолюбивые муравьи, тянулись вереницей богомольцы — одни в гору, другие навстречу. В основном на средства, передаваемые отцу Кукше, которые он сразу отдавал в монастырь, были возведены некоторые строения в обители. Сам он, несмотря на старческую слабость, чувствовал здесь себя хорошо. Он часто повторял: «Здесь я дома, здесь я на Афоне! Вон внизу сады цветут, точно маслины на Афоне. Здесь Афон!» И действительно, чувствовалась особая благодать Божия в этой святой обители, где люди получали утешение и исцеление по молитвам преподобного Кукши.

К концу своей жизни старец снова претерпел много зла, скорбей и преследований от богоборческой власти. В начале 60-х годов диавол воздвиг на Церковь новую волну гонений. Стараниями новых богоборцев-правителей закрывались храмы, обители, духовные школы. Святой апостол Павел говорит, что все, «хотящии благочестно жити о Христе Иисусе, гоними будут» (2 Тим. 3, 12). У безбожной власти лютую ненависть вызывали духовный авторитет, всеобщее почитание и народная любовь, какими пользовался старец Кукша.

Незадолго до расформирования монастыря во время Божественной литургии отец Кукша находился в алтаре Покровского храма. Вдруг на жертвенник с подсвечника упала свеча, загорелись покровцы и воздух, которыми были накрыты потир и дискос. Огонь тут же загасили, а батюшка сказал: «Враг и отсюда меня выживает», что вскоре и сбылось.

В 1960 году закрыли Черновицкий женский монастырь. Монахинь перевели в мужской Иоанно-Богословский монастырь, монахов отправили в Почаевскую лавру, а отца Кукшу — в Одесский Свято-Успенский мужской монастырь.

19 июля 1960 года старец прибыл в Одесский монастырь, где провел последние четыре года своей страдальческой подвижнической жизни. Но «любящим Бога вся поспешествует во благое» (Рим. 8, 28). Перемещения из монастыря в монастырь для старца были лишь «демонов немощными дерзостями». Господь злобу демонов и тщетные усилия богоборцев обратил во благо для спасения душ человеческих. Благодаря перемещениям батюшки по разным монастырям овцы стада Христова всего юга страны окормлялись у благодатного старца.

В Одесском Успенском монастыре отца Кукшу с любовью встретили насельники обители. Ему определено было послушание исповедовать людей и помогать вынимать частицы из просфор во время совершения проскомидии.

Всей душой желая «приметатися в дому Бога» (Пс. 83, 11), батюшка любил храм Божий и стремился всегда бывать на монастырских богослужениях. Старец вставал рано утром, читал свое молитвенное правило, старался причащаться каждый день. Он любил литургисать, причем любил особенно раннюю литургию, говоря, что ранняя литургия для подвижников, а поздняя для постников. К святой чаше старец не разрешал подходить с деньгами, чтобы «не уподобиться Иуде». Так же и священникам запрещал с деньгами в кармане стоять у престола и совершать Божественную литургию. Ежедневно, идя в храм, старец под одежду надевал свою афонскую власяницу из белого конского волоса, которая больно колола его тело.

Келия старца в монастырском корпусе примыкала к Никольской церкви. С ним поселили и послушника-келейника, но старец, несмотря на немощи своего преклонного возраста, не пользовался посторонней помощью и говорил: «Мы сами себе послушники до самой смерти».

Несмотря на запрет властей посещать святого старца, люди и здесь не лишились его духовного окормления. Отца Кукшу очень любил Святейший патриарх Московский и всея Руси Алексий I. Еще будучи в Иоанно-Богословском монастыре, старец, бывало, садясь пить чай, возьмет в руку портрет святейшего Алексия I, поцелует его и скажет: «Мы со святейшим чай пьем». Слова его исполнились, когда он жил в Одесском монастыре. Сюда каждый год летом приезжал патриарх Алексий I, который всегда приглашал благодатного старца «на чашку чая», любил беседовать с ним, спрашивал, как было в Иерусалиме и на Афоне в старое доброе время.

Сокровенна, сокрыта от мира духовная жизнь схимника. Преподобный любил ночную молитву. Служа страждущему человечеству он, углубившись в себя, во внутреннюю клеть своего сердца (см.: Мф. 6, 6), как в пустыню, жил напряженной внутренней жизнью, предстоя всегда Богу, по реченному пророком: «Очи мои выну ко Господу» (Пс. 24, 15).

День жизни старца Кукиш уже клонился к вечеру. Однажды он с радостным лицом сказал своей духовной дочери: «Матерь Божия хочет взять меня к Себе». Игумения святой горы Афон и всех монашествующих — Пресвятая Богородица, призвавшая преподобного в монашество, призывала теперь его к Себе от земных трудов и скорбей.

В октябре 1964 года старец, упав, сломал бедро. Пролежав в таком состоянии на холодной сырой земле, он простудился и заболел воспалением легких. Он никогда не принимал лекарств, называя врачебницей святую Церковь. Даже страдая в предсмертной болезни, он также отказался от всякой врачебной помощи, полагая в Господе Боге единого помощника и покровителя, причащаясь каждый день святых Христовых Тайн.

Блаженный подвижник предвидел свою кончину. Духовная дочь старца схимонахиня А. вспоминает: «Батюшка иногда говорил: „Девяносто лет — Кукши нет. Хоронить-то как будут, быстро-быстро, возьмут лопаточки и закопают“. И действительно, его слова исполнились в точности. Он упокоился в два часа ночи, а в два часа пополудни этого же дня над могильным холмиком возвышался уже крест. Скончался, когда ему было около девяноста лет».

Власти, боясь большого стечения народа, препятствовали тому, чтобы батюшку погребли в монастыре, а требовали совершить погребение на его родине. Но наместник монастыря, вразумленный Богом, мудро ответил: «У монаха родина — монастырь». Тогда власти дали срок на погребение два часа.

Так, пройдя земное поприще, претерпев все искушения, воздохнув из глубины души своей: «обратися, душе моя, в покой твой, яко Господь благодействова тя» (Пс. 114, 6), преподобный Кукша 11 (24) декабря 1964 года преставился ко Господу, в селения «идеже все праведнии почивают», вознося там молитвы о всех, прибегающих к его молитвенному предстательству.

Старец Кукша принадлежит к тем отечественным праведникам, которые в последние века подобно Серафиму Саровскому, Оптинским и Глинским старцам служением Богу светили миру светом любви, терпения и сострадания.

Преподобный был очень кротким и смиренным. Ни перед кем не заискивал, не человекоугодничал. Он не боялся обличить грешника, невзирая на чин и сан, делая это тонко, с любовью к образу Божию, с целью пробудить его совесть и подвигнуть на покаяние.

Бывало, старец идет через храм на исповедь — народу много, все проходы заполнены, — и никогда не попросит пропустить его, а остановится позади всех и ждет, когда можно будет пройти, не расталкивая и не беспокоя людей.

Преподобный имел искреннее смиренномудрие. Он избегал славы человеческой и даже боялся ее, памятуя сказанное псалмопевцем и пророком: «Не нам, Господи, не нам, но имени Твоему даждь славу, о милости Твоей и истине Твоей» (Пс. 113, 9). Поэтому добрые дела совершал незаметно, очень не любил тщеславия, всегда старался оградить или избавить от него своих духовных чад.