Так в возрасте шестидесяти трех лет отец Кукша оказался на изнурительных лесоповалочных работах. Труд был очень тяжелым, особенно в зимнее время, в лютые морозы. Работали по четырнадцать часов в сутки, получая очень скудную и плохую пищу. Но всегда содержа в своей памяти, что «многими скорбями подобает нам внити в Царство небесное» (Деян. 14, 22), что «недостойны страсти нынешняго времене к хотящей славе явитися в нас» (Рим. 8, 18), батюшка, споспешествуемый благодатью Божией, не только терпеливо и благодушно сносил мучительную жизнь в заключении, но всегда духовно укреплял окружающих.

Господь, взирая на мужество исповедников, вот как однажды явно для всех утешил и укрепил присных Своих в терпении и уповании. Вместе с преподобным Кукшей в лагере содержалось много духовенства и иночествующих, как монахов, так и монахинь. В то время Киевским епископом был преосвященный Антоний, который хорошо знал отца Кукшу и почитал его. Однажды отец Кукша, будучи в заключении, получил от преосвященного Антония посылку, в которую владыка вместе с сухариками умудрился положить сто частиц просушеных запасных святых Даров. Проверяющие не обнаружили святые Дары или сочли их за сухари.

«Но разве мог я один потреблять святые Дары, когда многие священники, монахи и монахини, долгие годы находясь в заключении, были лишены этого утешения? — рассказывал впоследствии батюшка. — Я сказал некоторым священникам, что получил святые Дары. Верующие с большой осторожностью оповестили «своих», чтобы те в назначенный день в определенном месте незаметно для конвоя готовы были принять святое причастие. Мы сделали из полотенец епитрахили, нарисовав на них карандашом кресты. Прочитав молитвы, благословили и надели на себя, спрятав под верхнюю одежду. Священники укрылись в кустарнике. Монахи и монахини по одному, по одной подбегали к нам, мы быстро накрывали их епитрахилями-полотенцами, прощая и отпуская грехи. Так в одно утро по дороге на работу причастилось сразу сто человек. Как они радовались и благодарили Бога за Его великую милость!»

Батюшка вспоминал: «Это было на Пасху. Я был такой слабый и голодный — ветром качало. А солнышко светит, птички поют, снег уже начал таять. Я иду по зоне вдоль колючей проволоки, есть нестерпимо хочется, а за проволокой повара носят из кухни в столовую для охранников на головах противни с пирогами. Над ними вороны летают. Я взмолился: „Ворон, ворон, ты питал пророка Илию в пустыне, принеси и мне кусочек пирога“. Вдруг слышу над головой: „Кар-р-р!“ — и к ногам упал пирог, — это ворон стащил его с противня у повара. Я поднял пирог со снега, со слезами возблагодарил Бога и утолил голод».

Весной 1943 года, по окончании срока заключения, отца Кукшу освободили, и он отправился в ссылку, в деревню близ города Кунгура. Взяв благословение у епископа в Соликамске, он часто совершал богослужения в соседнем селе. Как к светильнику, в ночи зажженному, стекались к нему люди.

Так в труде, в терпении, в деннонощной молитве старец подвизался до своего освобождения.

В 1947 году окончилось время ссылки и преподобный Кукша вернулся в Киево-Печерскую лавру, где был с великой радостью принят братией. Нес он послушание свечника в Ближних пещерах.

На преподобного Кукшу, искусного и опытного в духовной жизни, запечатлевшего верность Христу различными испытаниями, предочищенного несением скорбей, лишений и гонений, Господь возлагает подвиг служения страждущему человечеству путем духовного окормления людей — старчество. Безбожие, маловерие, нужда, горе, греховное пленение приводили к преподобному людей в те минуты, когда испытания достигали наибольшей остроты и становились невыносимыми, когда иссякала надежда. И старец оказывался тем несокрушимым камнем истинной веры, непоколебимого упования на Бога, о который бессильно разбивались пенящиеся волны многовидного зла. Ведает только Господь, скольким он помогал и скольких обнимал всепрощающей и всепокрывающей любовью, которая так привлекала людей, стремящихся к нему со всех концов страны. Как за полвека до этого в Иерусалиме паломники окружили Косьму и старались с его головы и одежды собрать чудесно излившийся из лампады елей, чтобы помазаться им, так и к отцу Кукше в страждущей земле нашей шла нескончаемая вереница людей, ждущих Божией помощи и благодати, изливавшейся через молитвы, духовные советы и наставления святого подвижника.

Старец никогда не осуждал согрешающих и не сторонился их, а, наоборот, всегда с состраданием принимал их. Говорил: «Я сам грешный и грешных люблю. Нет человека на земле, который бы не согрешил. Един Господь без греха, а мы все грешные». Исповедь всю жизнь была его основным послушанием, и все стремились у него исповедаться и получить душеспасительные советы и назидание.

Старец Кукша имел от Бога дар духовного рассуждения и различения помыслов и дар прозорливости. Ему были открыты даже самые сокровенные чувства, которые люди едва могли понять сами, а он понимал и объяснял, от кого они и откуда. Многие шли к нему, чтобы рассказать о своих скорбях и спросить совета, а он, не дожидаясь объяснений, уже встречал их с нужным ответом и духовным советом. Еще, бывало, у дверей стоят, а он уже каждого по имени называет, хотя видит их в первый раз в жизни. Господь ему открывал.

Богоборческую власть раздражала жизнь угодника Божия. Он был постоянно преследуем и гоним. В 1951 году отца Кукшу из Киева переводят в Почаевскую Свято-Успенскую лавру.

В Почаеве старец нес послушание киотного у чудотворной иконы, когда к ней прикладывались монахи и богомольцы, и, кроме этого, должен был исповедовать людей. Свои обязанности он исполнял с отеческой заботой о всех приходящих, тонко и любовно обличая их пороки, прозорливо предостерегая от духовных падений и предстоящих бед.

Все, кто приезжал в Почаевскую лавру, старались обязательно попасть на исповедь к преподобному Кукше. Люди в храме сотнями стояли в очереди к нему. Многих принимал он и в своей келии, не жалея себя и почти без отдыха проводя целые дни, несмотря на преклонный возраст и старческие болезни.

Какую всенародную любовь имел старец, видно из следующего. Он, по афонскому обычаю, всю жизнь обувался только в сапоги. От долгих и многих подвигов у него на ногах были глубокие венозные раны. Однажды, когда он стоял у чудотворной иконы Божией Матери, у него на ноге лопнула вена, и сапог наполнился кровью. Его увели в келию, уложили в постель. Пришел знаменитый своими исцелениями игумен Иосиф (в схиме Амфилохий), осмотрел ногу и сказал: «Собирайся, отец, домой» (то есть умирать), и ушел. Все монахи и миряне горячо со слезами молились Матери Божией о даровании здравия дорогому и любимому старцу. Через неделю игумен Иосиф опять пришел к преподобному Кукше, осмотрел почти зажившую рану на ноге и в изумлении воскликнул: «Вымолили чада духовные!»

В течение трех лет отец Кукша ежедневно совершал раннюю литургию в пещерном храме, за исключением редких дней болезни. Во время литургии, стоя у престола, он весь преображался, становился каким-то светлым, «воздушным».

Одна раба Божия рассказывала, что однажды она видела в алтаре пещерного храма во время совершения Божественной литургии отцом Кукшей благолепного мужа, сослужащего ему. И когда она сообщила об этом батюшке, он сказал, что это был преподобный Иов Почаевский, который всегда служил вместе с ним, и строго приказал никому не открывать этой тайны до самой его смерти.

«Иногда он благословлял, — говорила она, — положив обе ладони своих рук крестообразно на мою голову, читая про себя молитву, и я преисполнялась необыкновенной радости и безграничной любви к Богу с неудержимым желанием „разрешитися“ (от бренного тела) и со Христом быти. Все земные муки казались ничто по сравнению с этой всепоглощающей любовью. В таком состоянии я пребывала дня по три». Так преподобный Кукша укреплял веру новоначальной.

Здесь, в Почаевской лавре, через старца Кукшу приходили к вере бывшие богоборцы, находили раскаяние сектанты, облекались в ангельский образ (монашество) многие словесные овцы стада Христова — духовные чада старца. Всем им он находил определение в жизни.