1 ноября 1799 года Марк обвенчался со своей Софией в церкви Святого Андрея в Холборне, и супруги поселились в небольшом доме в Портси. Марк никогда не забывал о годовщине свадьбы, ведь он создал идеальную пару, которая стала для него большим утешением во всех несчастьях и разочарованиях, постигших его впоследствии. В возрасте семидесяти шести лет он напишет в трогательном признании: "Тебе, моя дорогая София, я обязан всеми своими успехами".
Модсли шесть лет трудился над блочным оборудованием, и было бесчисленное множество задержек, трудностей и ненужных хлопот, прежде чем завод был наконец закончен и заработал удовлетворительно. Тем временем на свет появились дети: сначала София, которой суждено было выйти замуж за Бенджамина Хоуза и стать известной как "Брюнель в юбке", а затем более слабая и мягкая Эмма, ставшая женой преподобного Джорджа Харрисона. В 1806 году Брюнели все еще находились в Портси, когда Марк записал в своем дневнике: "9 апреля, за пять минут до часа ночи, моей дорогой Софии принесли в постель мальчика". Это был Изамбард, его единственный сын.
Притязания Марка на единственное изобретение блочного механизма постоянно оспаривались. После смерти сэра Сэмюэля Бентама его вдова заявила, что основная доля заслуг принадлежит ему, в то время как другие утверждали, что Генри Модслей сделал гораздо больше, чем придал форму набору готовых конструкций. Другие же утверждают, что недостаточно внимания было уделено новаторской работе Тейлоров, чьи станки в Саутгемптоне были отнюдь не такими грубыми, как предполагает биограф Марка Брюнеля Ричард Бимиш. Тем не менее, факты остаются фактами: блочные машины создали Марку репутацию в Англии, и после значительных трудностей, правда, он в конце концов получил от Адмиралтейства сумму в 17 000 фунтов стерлингов за свою работу - цифра, которая разочаровала его и была сочтена лордом Спенсером недостаточной. Утверждалось, что с помощью его машин шесть человек могли делать то, что раньше делали шестьдесят. Безусловно, они представляли собой, возможно, первый в мире пример полностью механизированного производства и вскоре стали предметом демонстрации для приезжих знаменитостей. "Столь совершенные машины, кажется, действуют со счастливой уверенностью инстинкта и предвидением разума вместе взятых", - писала одна восхищенная посетительница, Мария Эджворт; а царь Александр I был настолько впечатлен, что попытался уговорить Марка вернуться с ним в Санкт-Петербург и подарил ему в знак дружбы и уважения великолепный рубин, окруженный бриллиантами, который до сих пор хранится в семье. Приглашение царя впоследствии очень пригодилось ему.
Несмотря на недовольство Марка, это первое английское предприятие принесло большую финансовую прибыль, чем его последующие авантюры. Когда работа в Портсмуте была завершена, он решил вложить весь свой капитал в лесопильный завод в Баттерси, и семья переехала из Портси в дом № 4 по Линдси Роу, Челси. Он также получил еще один контракт Адмиралтейства на установку улучшенного оборудования для обработки и распиловки древесины на верфи Чатема и был полон энтузиазма в отношении новой схемы производства армейских сапог машинным способом. Последняя идея пришла ему в голову после того, как он увидел в Портсмуте плачевное состояние войск, возвращавшихся из Корунны. Одна из особенностей его работы в Чатеме впоследствии была использована его молодым сыном в гораздо более знаменитых целях. Это была ширококолейная железная дорога для транспортировки бревен с подъемников на лесопилку, состоявшая из кованых железных рельсов, непрерывно опирающихся на продольные деревянные балки с поперечными связями.
Некоторое время все шло хорошо. Лесопильные заводы в Бэттерси были завершены и приносили неплохую прибыль. Оборудование для производства сапог было одобрено, и правительство посоветовало ему построить завод с объемом производства, достаточным для обеспечения всех потребностей армии. Марк принял это как гарантию, построил фабрику и ее станки, укомплектовал ее, по своему собственному предложению, бывшими солдатами-инвалидами и вскоре выпускал сапоги по 400 пар в день. Хотя правительство с готовностью уговорило его ввязаться в это предприятие, оно оказалось гораздо менее готовым покупать его продукцию, и во время внезапного мира, последовавшего за битвой при Ватерлоо, он оказался с огромным запасом сапог, которые армейские власти не хотели принимать. К этим тяжелым финансовым потерям добавились последствия еще одной катастрофы. В ночь на 30 августа 1814 года его лесопильные заводы в Баттерси были практически уничтожены огнем. К большому сожалению, пожар совпал с другим серьезным пожаром на Бэнксайде, в котором были задействованы почти все имеющиеся двигатели. Марк был в Чатеме, когда услышал эту новость, и поначалу ничуть не расстроился, а сразу же начал готовить планы по восстановлению мельниц. Однако позже выяснилось, что, пока он был занят другими заботами, его партнер в Бэттерси позволил финансам мельниц безнадежно запутаться. Капитал был растрачен как доход, и, хотя Марку удалось переоснастить мельницу, по словам его биографа, "никакая изобретательность не могла восстановить баланс в книгах его банкира". В результате этих двух несчастий личные финансы Марка становились все хуже и хуже, пока 14 мая 1821 года он не был арестован за долги и заключен в тюрьму Кингс-Бенч, куда его сопровождала верная София.
Существующие законы были таковы, что Марк Брюнель был далеко не единственным выдающимся человеком, познакомившимся с внутренностями тюрьмы для должников, но в течение многих лет после этого эпизод его карьеры был табуирован в семье. Если о нем и упоминали, то мрачно называли "несчастьем". Марк небезосновательно считал, что правительство сильно подвело его в деле с сапожным производством, и именно поэтому обратился за помощью к своим влиятельным друзьям. Но переговоры затянулись, и с каждой неделей беспокойство и напряжение все сильнее давили на него. "Моя любимая жена и я сам тонем под этим, - в отчаянии писал он лорду Спенсеру. Мы не имеем покоя ни днем, ни ночью. Если бы мои враги работали над тем, чтобы разрушить разум и тело, они не смогли бы сделать это более эффективно". Только когда он пригрозил воспользоваться приглашением царя Александра и переехать в Россию, меры были приняты. Благодаря добрым услугам герцога Веллингтона он получил 5 000 фунтов стерлингов, что позволило ему добиться увольнения с условием, что он останется в Англии.
В этот краткий очерк жизни Марка Брюнеля вплоть до его освобождения из тюрьмы в июле 1821 года вошли только те подвиги, которые определили его карьеру и повлияли на судьбу и передвижения его семьи. На самом деле диапазон его деятельности после приезда в Англию был гораздо шире и свидетельствует о его удивительных способностях к изобретательству и разносторонности как инженера-строителя, так и инженера-механика. Он изобрел машину для вязания чулок, усовершенствовал печатное оборудование и провел эксперименты по использованию гребных колес и винтов для морской тяги. В области гражданского строительства он проектировал мосты и доки, а также отвечал за дизайн первого в Ливерпуле плавучего дебаркадера. Он выполнял правительственные работы в Вулвиче и Чатеме, а также консультировал многие важные инженерные проекты того времени. Очень немногие из его работ, как кажется , принесли ему адекватную финансовую прибыль, и создается впечатление, что он погружался в любое новое предприятие с таким искренним энтузиазмом по поводу его технических возможностей, что не мог перестать думать о деньгах, защищать свои идеи или оценивать честность своих единомышленников. Тем не менее, несмотря на финансовые трудности, он сумел дать своему единственному сыну прекрасное образование.
Юный Изамбард начал проявлять талант к рисованию, когда ему было всего четыре года, а к шести годам освоил Евклида Столь раннее проявление наследственного таланта явно восхитило Марка, и он решил развивать его по мере своих возможностей. Сначала он отправил его в школу-интернат доктора Морелла в Хоуве, где мальчик в свободное время развлекался тем, что делал обзор города и зарисовывал его здания, как это делал его отец в юности в Руане. Марк всегда настаивал на том, что эта привычка рисовать так же важна для инженера, как и знание алфавита, и, несомненно, именно благодаря этому у отца и сына развилась такая необычайно острая наблюдательность. Их дар мгновенно обнаруживать ошибки в дизайне или исполнении был столь необычен, что непосвященным иногда казалось, что они обладают вторым зрением. "Я думаю, вы не рискнете зайти на этот мост, если не хотите нырнуть", - так прокомментировал Марк, взглянув на чертеж первого висячего моста М. Навье через Сену в Париже, а через несколько дней он узнал, что мост рухнул. В другой раз, когда он вместе с Ричардом Бимишем проходил мимо недавно построенного склада в Дептфорде, он вдруг ускорил шаг, воскликнув в некотором волнении: "Идем, идем; разве ты не видишь, разве ты не видишь?" - и в ответ на недоуменный вопрос своего друга указал на здание: 'There! Разве ты не видишь? Оно упадет! На следующее утро здание лежало в руинах. Точно таким же образом юный Брюнель поразил остальных мальчиков, успешно предсказав падение части нового здания, которое возводилось напротив его школы в Хоуве.
