Вопрос о церковной реформе был в эти годы поставлен и сверху, и в очень характерных условиях. Высочайшим указом 12 декабря 1904 года было предрешено «укрепление начал веротерпимости». При обсуждении этого указа в Комитете министров митр. Санкт-Петербургский Антоний указал на необходимость сразу же изменить и правовое положение «господствующей Церкви», ибо иначе она одна будет оставлена стесненной в своих действиях внешним давлением или опекой государства. Эта опека связывает самодеятельность церковных властей и духовенства, «делает голос Церкви совсем неслышным ни в частной, ни в общественной жизни». Прежде всего и нужно пробудить и усилить эту самодеятельность. Записка митрополита («Вопросы о желательных преобразованиях в постановке у нас Православной Церкви») была построена с государственной точки зрения, ибо предназначена была для правительства.

«Не следует ли предоставить православной Церкви большей свободы в управлении ее внутренними делами, где бы она могла руководиться главным образом церковными канонами и нравственно-религиозными потребностями своих членов, и, освобожденная от прямой государственной или политической миссии, могла бы своим возрожденным нравственным авторитетом быть незаменимой опорой православного государства?…»

Одновременно с митрополитом и С. Ю. Витте, тогда председатель Комитета министров, внес на обсуждение Комитета свою записку «О современном положении Православной Церкви…» Он ссылается здесь на мнение преосв. Сергия (Страгородского): «объявить теперь свободу совести для всех, это значило бы всем развязать руки, а деятелей Церкви оставить связанными…» Несвобода делает Церковь бездейственной. «Единственным путем к пробуждению замершей жизни может быть только возврат к прежним каноническим формам церковного управления». Витте разумел: отмену Петровской реформы, созыв собора и восстановление «соборности» во всей жизни Церкви. Конечно, рассуждал он снова с государственной или политической точки зрения. «Мертвящее веяние сухого бюрократизма» он хотел ослабить пробуждением общественной самодеятельности. «Государству нужна от духовенства сознательная, глубоко продуманная защита его интересов, а не слепая вера в современное положение…»

В записке намечалась предварительная программа преобразований: обновление прихода, обеспечение духовенства, децентрализация управления, преобразование духовных школ…

Победоносцев сразу же решительно запротестовал против предположений и предложений митр. Антония и Витте и успел добиться Высочайшего повеления «изъять вопрос из Совещания и передать на рассмотрение Святейшего Синода». И действительно, вряд ли было уместным вопросы о восстановлении канонического строя ставить в неканоническом порядке и восстанавливать церковную самодеятельность в порядке светского законодательства, в обход церковных органов. Сам Победоносцев, впрочем, расчитывал вопрос о реформах если и не снять вовсе, то сузить и обезвредить. В своей ответной записке он с большой страстностью защищает существующий порядок, отрицая сам факт «стеснения». Его доводы можно понять в том смысле, что бездействие Церкви, если оно есть, скорее зависит от ее собственного бессилия, а не от засилия государства. Витте отвечал Победоносцеву второй запиской…

Тем временем Святейший Синод в спешном порядке обсудил вопрос о преобразованиях и уже через несколько дней был составлен доклад о созыве собора в Москве, и в самый близкий срок, о восстановлении патриаршего сана, об изменении состава самого Синода. Правда, Государь не нашел возможным созывать собор в такое тревожное время (вряд ли не по внушению Победоносцева). Но сам созыв собора был все же предрешен. Летом 1905-го года Синод пригласил епархиальных преосвященных представить свои соображения по довольно широкой программе намеченных для собора вопросов. Епископы же предоставляли высказываться и духовенству, и мирянам. В иных епархиях были устроены и пастырские съезды или собрания. То было уже некоторым началом соборной гласности и подготовки…

Обсуждение ожидаемых преобразований в печати началось еще раньше, в связи с опубликованием поданной митр. Антонию запиской группы петербургских священников (т. наз. «группа 32-х») о созыве собора и восстановлении соборности. Эта записка была составлена в духе довольно расплывчатого церковного либерализма, без достаточной духовной сосредоточенности. Больше с мирской, чем с духовной стороны обсуждался вопрос и в печати, ина местных съездах… Отзывы «епархиальных архиереев» были представлены к концу года и сразу же изданы, это очень важный исторический документ…

В январе 1906-го года Синод постановил учредить «особое присутствие» из приглашенных епископов, духовных лиц, ученых и общественных деятелей, под председательством Петербургского митрополита, для предварительного обсуждения вопросов, намеченных к постановке на предстоящем соборе. Решение это было оглашено Высочайшим указом, 16 января. Победоносцев в это время уже не был Обер-Прокурором, он ушел в связи с манифестом 17 октября…

«Предсоборное Присутствие» открылось 8 марта 1906 года и закончило свои работы 15 декабря того же года. «Присутствие» было довольно многолюдным и работа проходила очень живо. Протоколы «Присутствия» были вскоре опубликованы. Созыв собора был еще раз подтвержден и намечено немало преобразований в устройстве и управлении. Но решения «Присутствия» дальнейшего движения не получили. Все осталось почти по-старому. Уже начинался вновь обратный ход…

«Отзывы» епархиальных и преосвященных в общем показывают очень большую свежесть церковного самосознания. Оценка существующего положения была сделана в них скорее смело. И чувствовалась воля к действительному исправлению. Но речь идет почти всегда только об устройстве и управлении. Правда, сама программа вопросов не давала повода выдвигать вопросы духовной жизни…

О неканоничности Синодального строя говорили почти все. Всех резче Антоний Храповицкий, тогда епископ Волынский. Большинство преосвященных решительно настаивали на восстановлении соборного строя, на необходимости нового сближения Церкви и духовенства с обществом, с народом церковным… Открывались, однако, и очень существенные несогласия. Особенно важным было разногласие по вопросу о составе поместного собора. Должен ли собор состоять из одних только епископов, или представителям клира и мирян тоже должно быть дано на соборе место и голос? И в самом «Присутствии» этот вопрос обсуждался с большим возбуждением и страстью. На этом вопросе прежде всего и обнаруживалось всё расхождение охранителей и обновленцев. И в спорах очень чувствовалась рознь отдельных элементов церковного тела, взаимное непонимание и раздражение. Этого нельзя было преодолеть только в порядке законодательных или административных реформ. Все слишком много говорили об «интересах» и о влиянии. Слишком чувствовалась забота эти «интересы» оградить и влияния уравновесить. У защитников широкого состава собора было не очень точное понимание природы Церкви, какая-то почти конституционная схема ее устройства. Но и у возражавших не хватало широты церковного кругозора, и было слишком много горечи и недоверия…

С большим вниманием в отзывах обсуждался и вопрос о духовной школе. И снова, всего решительнее отзывался о ней преосвященный Антоний Волынский, с каким-то совсем неумеренным гневом и раздражением. О реформе не стоит и думать.

«Строй духовно-учебных заведений, как унаследованный из мира западных еретиков, и приводит дело духовной школы до крайнего безобразия». Все нужно в корне изменить. И он передает слова какого-то маститого архипастыря. «Должно всю ее разогнать, разломать, вырыть фундамент семинарских и академических зданий и взамен прежних на новом месте выстроить новые и наполнить их новыми людьми». В таком стиле отозвался еще только епископ Владимир Екатериненбургский. «Азбуку оцерковления нужно начать с того, что продать огромные здания академий и семинарий в испорченных нечестием городах и перенести их в монастыри и села. Все устроить вновь скромно, по-христиански…»