Книги и переводы Феофана издавали обыкновенно афонцы. Впрочем, иные на Святой Горе считали его слишком ученым: «по богатству ума не давалось сокровище простоты сердечной…»

Феофан участвовал и во многих русских духовных журналах, особенно в «Душеполезном Чтении», одно время и в «Домашней Беседе» Аскоченского (там были напечатаны, напр., его статьи против Игнатия Брянчанинова)…

Очень много времени уходило у Феофана на переписку, и нередко его письма разрастались в статью или проповедь. Одна из его главных книг так и составилась из частных писем: «Письма о христианской жизни» были писаны первоначально кн. П. С. Лукомской и затем уже приспособлены для издания (перв. изд. 1860 г.). Таких сборников своих писем сам Феофан издал несколько. До своего ухода в монастырь Феофан много проповедовал, всегда также на темы духовной жизни, «и как на нее настроиться…»

Из своего затвора Феофан очень внимательно и беспокойно следил за внешней жизнью Церкви. Его очень смущало молчание и какое-то бездействие духовных властей. Он боялся: «того и гляди, что вера испарится», и в обществе и в народе; «попы всюду спят». «Через поколение, много через два иссякнет наше православие…» И он недоумевал, почему другие не тревожатся и не смущаются вместе с ним. «Следовало бы завести целое общество апологетов, — и писать, и писать…»

В действенность официальных миссий и даже миссионерских обществ он совсем не верил. Он мечтал о подлинном апостольском хождении в народ. «Поджигатели должны сами гореть. Горя, ходить повсюду, — и в устной беседе зажигать сердца…»

Особенно настаивал Феофан на пересмотре и даже переработке богослужебных книг. О непонятности и ошибках принятого перевода он не раз говорит очень резко: «иные службы у нас такие, что ничего не разберешь;» «наши иерархи не скучают от нелепости потому, что не слышат, сидя в алтаре,… потому не знают, какой мрак в книгах, и это не по чему другому, как по причине отжившего век перевода». Всего лучше было бы предпринять заново полный перевод всего круга, «упрощенный и уясненный», и надо бы приступить к работе сегодня-завтра. Празднование 900-летия Крещения Руси в 1887-м году казалось ему подходящим и достаточным поводом. «Новый перевод книг богослужебных неотложно необходим». И ничего не было сделано. Конечно, в Синоде было некогда об этом думать, все дела. Между тем, именно от неисправности богослужения растет сектанство. Феофан идет и дальше.

«Книги богослужебные по своему назначению должны быть изменяемы… У греков ведь идет постоянное поновление Богослужебных книг… Я сличаю октоих… Очень, очень много у греков новенького…»

И такая же творческая свобода постоянно сказывается в отдельных советах Феофана: «Настоящего иночества вам хочется? Но где же вы его найдете? Оно скрыто и невидимо: видимы только всякие послабления. Иной раз приходит на мысль, что лучше не видеть монахов, а уединившись жить строго по примеру древних иноков». Ведь и старец Паисий не нашел «настоящего руководителя». Лучше жить общим советом, вдвоем или втроем, и искать руководства в книгах, в Слове Божием и у отцов святых. Важно только одно: стяжать духовную жизнь. «Один Бог, да душа, — вот монах». «Келлия его окно на небо». «Когда в сердце монастырь, тогда строение монастырское будь или не будь все равно». Важно сознательное стояние перед Богом, «умное предстояние Богу в сердце». Это и есть молитва, даже без слов. «Хоть никогда не берите в руки молитвенника… Своя из сердца молитва делает ненужной молитву читательную». Не нужно чужих слов, когда есть свои…

В 70-х годах у Феофана вышло разногласие с о. Иоанном Кронштадтским о молитве Иисусовой и о призывании имени Иисусова. Феофан написал об этом особую книгу, но издана она не была…

Религиозный идеал Феофана всего меньше можно назвать бытовым. И не в прикладных примечаниях об «относительных обязанностях» христиан разных состояний можно распознать его замысел. Это всего прежде идеал духовной жизни…

Тема Феофана всегда о душе, стоящей перед Богом, в сокрушении, и в покаянии, или в молитве. «Вся надежда тогда Спаситель, а отсюда непрестанное: Господи помилуй…»

Христианин восходит к Богу, через раскаяние и покаяние, и живет в Нем, «и в изумлении погружается в Его непостижимой беспредельности, и пребывает в Божественном порядке», благоговейно чтит и созерцает этот Божественный порядок бытия и жизни…

Отеческую аскетику Феофан сочетает с романтической психологией и натурфилософией. В свое время, в студенческие годы в Kиeвской академии, он был слушателем Феофана Авсенева, и его лекций по психологии (по Шуберту, «История души») не забывал и в своем «уединении». В одном из своих писем, и с прямой ссылкой на Авсенева и Шуберта, Феофан развивает очень любопытные мысли о всеобщей одушевленности мира, о «лествице невещественных сил» в природе. Это — силы, «строящие вещи», в пределах промыслительного порядка. И «всякая вещь имеет свою невещественную силу, которая ее образует и держит, как ей положено при создании». Эти силы «душевного свойства», вещам присуща некая «способность инстинктуального чутья». Совокупность этих сил образует «душу мира». Это их общий субстрат. Мировая душа и есть единственный объект прямого воздействия Божия, на отдельные вещи и «силы» Бог воздействует «не непосредственно». «Идеи всех тварей» вложены в мировую душу при ее создании, и она их «инстинктивно» осуществляет, в надлежащие сроки, или «выделывает их», «по мановению и возбуждению Божию». Есть в природе некая отзывчивая и творческая мощь. «Когда Бог говорил: да изведет земля былие травное, то ему внимала душа мира и исполняла повеленное…»

Мир двойствен в своем составе: «душа» и «стихия», т. е. материя. Из этой «стихии» мировая душа и «выделывает» отдельные вещи. «В этой душе есть инстинктивно чуемый образ того, что надо сделать из стихии…»

Есть градация душ: «некая химическая душа», и выше — растительная, затем — животная. Все эти души, низшие духа, в свой черед «погружаются в душу мира», растворяются в своем первичном субстрате. «А душа человека не может туда погрузиться, но духом увлекается горе, — это по смерти». Дух отделяет человека от природы, — и в духе даны человеку сознание и свобода …

«Когда надлежало сотворить человека, то не земле дается повеление: да изведет, а в тайне Пресвятой Троицы произносится: «Сотворим». Когда Бог творил человека, то образовал прежде тело из персти. Это тело что было? Оно было живое тело, было животное в образе человека, с душою животного. Потом Бог вдунул в него дух Свой, и из животного стал человек ангел в образе человека». Эта двойственность человеческого состава, естественного и духовного, предопределяет задачу человеческой жизни: дух должен овладеть естеством…

Феофан отмечает сходство изложенной теории с учением Лейбница о монадах. Эта романтическая теория объясняла для него явления внушения и ясновидения, которыми он очень интересовался. «С этим удобно мирится и падение и искупление». Однако, Феофан подчеркивает, что это только догадка. И о материальном мире мы меньше знаем, чем о духовном, и навсегда останемся «на поверхности», ибо нам не нужно знать больше и идти вглубь.

«Владение стихиями и силами, действующими на земле, будет расширяться; но это не ведение, а только умение пользоваться тем, что открывается само собою. Суть дела навсегда сокрыта для нас».

Впрочем, разум духовный и прозревший может проникнуть до «сокровенной мысли», вложенной в каждую вещь, как «животворная ее сущность». Это ведение доступно только человеку облагодатствованному: ибо та область «есть собственно область Божественного ума, где лежат умственные сокровища Бога-Царя». Да не надеется кто туда вторгнуться насилием и самовольно…

Феофан не строил системы, ни догматической, ни нравоучительной. Он хотел только очертить образ христианской жизни, показать направление духовного пути. И в этом его несравненное историческое значение. Он продолжил и докончил подвиг старца Паисия. Он осуществил русское Добротолюбие и сумел свое живое мировоззрение построить вполне в отеческом стиле и духе. Тем резче обозначался с тех пор этот трагический раскол в русском церковном обществе: раскол и расхождение «аскетического» и «облегченного» православия, духовной аскетики и морализма…