Покончив с домом Морозова, чернь покинула Кремль и разделилась на разные отряды, которые, увеличиваясь новыми толпами, отправились разрушать и грабить дворы Плещеева, Траханиотова, Чистаго и вообще нелюбимых бояр, окольничих, дьяков и некоторых гостей, друживших с боярами и чиновниками, в том числе дворы князей Никиты Ивановича Одоевского и Алексея Михайловича Львова. Сами владельцы этих дворов или находились в Кремле, или скрылись и тем спасли свою жизнь. Так, богатый гость Василий Шорин, обвиненный в дороговизне соли, спрятался в нагруженной телеге и вывезен из города. Злая участь постигла в этот день только одного из наиболее ненавистных чиновников, именно думного дьяка Назария Чистаго. За несколько дней до того, возвращаясь из Кремля домой в Китай-город верхом, он повстречал какую-то бешеную корову; испугавшийся конь сбросил с себя всадника, причем последний так сильно расшибся, что замертво был отнесен домой. Он еще болел и лежал в постели, когда услыхал о народном бунте и разграблении дома Морозова. Предчувствуя беду, Чистаго ползком выбрался из горницы и спрятался в сенях под кучей банных веников, приказав своему слуге сверх их наложить еще свиных окороков. Неверный слуга изменил ему; захватив несколько сот червонцев, он бежал из Москвы; а предварительно указал ворвавшейся толпе на убежище своего господина. Чистаго вытащили за ноги из-под веников и сбросили с лестницы на двор, где толпа заколотила его дубьем и топорами до смерти, приговаривая: «Это тебе, изменник, за соль!» Труп бросили в навозную яму, после чего принялись взламывать сундуки и грабить имущество.
Мятеж быстро принял страшные размеры, и только наступившая ночь прекратила буйство на несколько часов. В царском дворце господствовали ужас и сильная тревога. Ясно было, что чернь, лакнувшая человеческой крови и давшая волю грабительским инстинктам, не остановится и пойдет далее. Опасность увеличилась еще тем обстоятельством, что нельзя было положиться и на самое служилое сословие; так как многие стрельцы и другие военно-служилые люди, казаки, пушкари, затинщики, воротники и прочие, недовольные убавкой им жалованья, пристали к мятежникам и принимали участие в грабеже. (Стрелецкий приказ ведал Б.И. Морозов.) К городской черни присоединились и толпы боярской дворни, особенно тех господ, которые жестоко обращались с ней и плохо ее кормили.
Ближние бояре наскоро приняли какие-то меры для обороны дворца. Кремль наглухо заперли, вооружив всех жильцов и другие придворные чины; а к утру велели собраться и явиться ко дворцу всем наемным немцам с их офицерами. Когда этот немецкий отряд в полном вооружении подошел к Кремлевским воротам, у последних уже стояли вновь собравшиеся густые толпы мятежников; однако они не тронули немцев и пропустили их в Кремль. Между тем как часть бунтующей черни вновь занялась грабежом, эти мятежные толпы громкими криками требовали у царя выдачи Морозова, Плещеева и Траханиотова. По совету с боярами царь решил выслать Плещеева для всенародной казни через палача. Но толпа не стала ждать чтения смертного приговора и соблюдения всех формальностей; она вырвала несчастного из рук палача и притащила на торговую площадь; дубинами раздробили ему голову, а потом топорами разрубили на части труп и бросили в грязь. Но тщетно надеялись этим убийством удовлетворить народную ярость. Покончив с Плещеевым, чернь опять стала вопить, чтобы ей выдали Морозова и Траханиотова.
Для увещания мятежников вышло на Лобное место духовенство, с патриархом Иосифом и с иконой Владимирской Божьей Матери; вместе с духовенством высланы были и многие дворяне, во главе которых находились наиболее популярные бояре царский дядя Никита Иванович Романов и князья Дмитрий Мамстрюкович Черкасский и Михаил Петрович Пронский. Никита Иванович снял свою боярскую шапку и обратился к народу от имени государя, прося не требовать выдачи Морозова и Траханиотова. Народ, однако, продолжал настаивать на их выдаче. Тогда сам царь, окруженный боярами, вышел к Спасским воротам и просил подождать еще два дня, чтобы обсудить дело; во всяком случае, обещал удалить обоих виновных из Москвы и ни к каким делам их более не назначать. В исполнение своего обещания он приложился к Спасову образу. Как ни была озлоблена толпа, однако уступила просьбам и обещанию государя, затихла и начала расходиться по домам.
Но в Москве было много хищных злоумышленников, которым не понравилось такое скорое прекращение смуты и возможности заниматься грабежом. Вероятно, действовали тут и непримиримые враги Морозова и Траханиотова, пылавшие к ним местью за обиды и жаждавшие их гибели.
В тот же день 3 июня после обеда в пяти разных местах вспыхнул пожар, несомненно от поджогов. Пламя быстро распространилось с несокрушимой силой и охватило часть Белого города, от Петровки и Неглинной до Чертольских ворот, также прилегающее значительное пространство Земляного города за воротами Никитскими, Арбатскими и Чертольскими, включая расположенные здесь стрелецкие слободы и государев Остожный двор. Особенно сильный огонь свирепствовал на большом базаре, где горел главный царский кабак или Кружечный двор (на Красной площади); от него грозила опасность и самому Кремлю; но, если верить одному иноземцу, когда голову и неподалеку лежавшие разрубленные части трупа Плещеева, по совету одного монаха, притащили и бросили в огонь, пожар в этом месте начал утихать. Меж тем чернь более занималась грабежом горевших и соседних домов, чем тушением пожара; значительная часть ее набросилась на винные бочки в помянутом кабаке, выбивала у них дно и, черпая водку шапками, сапогами, рукавицами, напивалась до бесчувствия; причем многие задыхались в дыму. Пожар продолжался весь остаток дня и всю ночь. Он истребил от 10 до 15 тысяч домов; более полутора тысяч людей погибли от огня и дыма. Так как при этом погорели ряды житный, мучной и солодяной, то хлеб тотчас вздорожал к вящему озлоблению погорельцев и вообще бедных людей. А тут еще в народе была пущена молва, будто схваченные и пытанные поджигатели сознались, что Борис Морозов и Петр Траханиотов подкупили их выжечь всю Москву из мести к народу. Само собой разумеется, только что затихший мятеж вспыхнул с новой силой.
Утром 4 июня народ опять скопился у Кремлевских ворот и требовал выдачи обоих сановников. Им отвечали, что оба они бежали. В действительности Траханиотова сам царь поспешил было удалить из Москвы; Морозов также пытался бежать; но по выходе из Кремля попался навстречу извозчикам и ямщикам, которые загородили ему дорогу; он ускользнул от них и успел тайным ходом пробраться назад в Кремль. На сей раз Алексей Михайлович решил пожертвовать Траханиотовым, только бы спасти Морозова. Народу объявили, что посылают погоню за беглецами. И действительно, по Троицкой дороге был послан окольничий князь Семен Романович Пожарский с конными стрельцами; он нагнал Траханиотова около Троице-Сергиева монастыря, на следующий день, то есть 5 июня, привез его связанного обратно в Москву. Палач целый час водил несчастного по базару с деревянной колодой на шее; а затем отрубил ему голову на плахе. Эта казнь несколько успокоила народную злобу; однако чернь не переставала требовать, чтобы и Морозова точно так же разыскали и казнили ибо ее продолжали уверять, что он находится в бегах.
Правительство усердно старалось всеми средствами умиротворить народное возбуждение. Многие нелюбимые чиновники были поспешно устранены и заменены другими, более достойными лицами. Начальником Стрелецкого приказа вместо Бориса Морозова назначен князь Яков Куденетович Черкасский (впрочем, не надолго; его сменил вскоре Илья Данилович Милославский). Стрельцам и другим служилым людям государь велел давать денежное и хлебное жалованье вдвое против прежнего; а державших дворцовую стражу приказал вволю угощать вином и медом. Царский тесть Милославский начал дружески обращаться с торговыми и вообще посадскими людьми. Ежедневно по очереди он приглашал на свой двор по нескольку человек от черных сотен для угощения и любезных разговоров. Многим бедным погорельцам выдано было вспомоществование из царской казны на возобновление их дворов. Патриарх предписал священникам увещевать своих прихожан и приводить их к мирному настроению.
