В том же послании Алексей Михайлович, выражая скорбь о неимении пастыря Русской церкви, говорит, что для выбора Богу угодного пастыря ожидают только прибытия Никона; причем прямо намекает на него самого, называя его иносказательно Феогностом. «А сего мужа (т. е. Феогноста) три человека ведают: я, да казанский митрополит, да отец мой духовный, тай не в пример, а сказывают свят муж». Но в Москве не все были довольны намерением царя возвести на патриаршество Никона. Между духовными лицами существовала целая партия, которая хотела видеть патриархом именно государева духовника Стефана Вонифатьева и, по некоторым известиям, подавала о том челобитную царю. Среди этих лиц находились протопопы Иван Неронов, Аввакум, Даниил и Логгин – будущие расколоучители, привыкшие действовать и влиять на церковные дела под покровительством Вонифатьева, при патриархе Иосифе. Хотя Никон находился в дружеских сношениях с сими лицами; но они, конечно, узнали его тяжелый, властолюбивый нрав и его наклонность к нововведениям. Однако Стефан Вонифатьев, убедясь в непреложной воле царя, не замедлил отказаться от собственной кандидатуры в пользу Никона. Последний уже выехал с мощами Филиппа из Троицкой лавры; но в селе Воздвиженском он получил царский приказ, оставив священный поезд, самому поспешить в столицу. А навстречу мощам в то же село прибыли митрополит Казанский Корнилий с духовными лицами и боярин князь Алексей Никитич Трубецкой с несколькими стольниками и дворянами. Они проводили мощи Филиппа до Москвы, куда прибыли 9 июля. За Сретенскими воротами ожидал их царь с народом и со всем Освященным собором, среди которого находился ростовский митрополит Варлаам. Во время сей торжественной встречи престарелый Варлаам внезапно скончался. Мощи Филиппа, принесенные в Успенский собор, спустя неделю были переложены в серебряную раку и поставлены у придела Дмитрия Солунского.
По призывным грамотам царским в столицу съехались митрополиты, епископы, архимандриты, игумены, протоиереи и составили духовный собор для избрания патриарха. Это избрание происходило по составленному заранее «чину». Собор написал 12 мужей, достойных избрания, и представил их имена царю. Алексей Михайлович послал сказать собору, чтобы из этих 12 мужей избрали одного достойнейшего. Согласно с общеизвестным уже желанием государя, собор выбрал Никона. 22 июля члены собора явились в Золотую палату, где казанский митрополит Корнилий доложил государю о сем избрании. Затем духовенство отправилось в Успенский собор, куда прибыл и государь с боярами. После молебствия царь послал некоторых архиереев и бояр на Новгородское подворье за «новоизбранным патриархом». Но тут произошло неожиданное отступление от установленного заранее порядка. Никон, по возвращении в Москву расточавший ласкательства Стефану Вонифатьеву, протопопу Неронову и другим членам их кружка, с очевидной целью устранить всякое противодействие своему избранию, теперь, когда оно совершилось, вдруг стал отказываться от патриаршества. После неоднократного посольства, возвращавшегося с отказом, царь приказал неволей привести избранника в соборный храм, и здесь, у новопоставленных мощей св. Филиппа, всенародно умолял его принять патриарший сан. Никон – очевидно подражавший Борису Годунову – продолжал отказываться, считая себя недостойным сего сана. Наконец, царь и весь собор пали на землю и со слезами молили не отказываться. Тогда Никон, как бы тронутый этими молениями, сам заплакал и изъявил согласие, но небезусловно: стал говорить о неисполнении евангельских заповедей и церковных правил и соглашался быть архипастырем, если присутствующие дадут обещание слушаться его во всем, что касается церковного благоустройства. Царь, бояре и Освященный собор дали клятву на послушание. 25 июля 1652 года в том же Успенском храме митрополит Корнилий с другими архиереями совершил посвящение Никона в сан патриарха. Затем для новопосвященного и духовных властей царь давал торжественный пир в Грановитой палате. Во время стола Никон, по обычаю, вставал и ездил на осляти вокруг Кремля; а его осля водили бояре с князем Алексеем Никитичем Трубецким во главе.
Наступила эпоха безраздельного Никонова влияния на дела государственные и на всю политику его молодого державного друга.
В приведенном выше письме Алексея Михайловича к Никону упомянут некий Тимошка. Это был один из самозванцев, явившихся в конце царствования Михаила Федоровича. Кроме известного шляхтича Лубы, за царевича Ивана Дмитриевича выдавал себя сын какого-то лубенского казака Бергуна, уже умершего. По собранным в Москве сведениям оказалось, что этот так называемый Ивашка Вергуненок был взят в плен татарами и продан в Кафе одному еврею. Тут он тайно, с помощью одной женщины, выжег у себя между плечами какие-то пятна и стал их показывать как знаки его царского происхождения. Узнав о нем, крымский хан велел евреям его беречь и кормить, рассчитывая, конечно, воспользоваться им как орудием против Московского государства. Самозванца отослали потом в Константинополь, где его посадили в Семибашенный замок. Дальнейшая участь его неизвестна.
Гораздо более наделал хлопот Москве другой самозванец, отличившийся многими и разнообразными похождениями. То был Тимофей Акиндинов, родом вологжанин, сын мелкого торговца. С детства он проявил острые способности и хорошо выучился грамоте; потом попал в Москву и получил место подьячего в приказе Новой Четверти, куда стекались доходы от кабаков и кружечных дворов. Тут он втянулся в пьянство и игру и учинил растрату казенных денег. Опасаясь доноса от жены, с которой жил не в ладах, Тимофей отнес своего маленького сына к одному приятелю, а жену ночью запер и поджег свой дом, который вместе с ней сгорел; причем пострадали и соседние дома. Злодей бежал в Польшу. Он склонил к побегу и другого молодого подьячего, Конюхова. Там он стал выдавать себя то за какого-то князя или наместника Великопермского, то за сына царя Василия Шуйского. Очевидно, в Польше ему не повезло, и он бежал оттуда в Молдавию; господарь Василий Лупул отослал его в Константинополь, где его приняли и поместили во дворце у великого визиря. В Москве получили сведения о сем ловком обманщике от греческого духовенства и очень обеспокоились. Московские послы, стольник Телепнев и дьяк Кузовлев, потребовали его выдачи; но ничего не могли добиться, и тем более, что донские казаки в то время сделали морской набег на турецкие берега.
Тимошка меж тем двукратно пытался убежать из Константинополя; оба раза пойманный, он, чтобы избавиться от казни, обещал принять ислам и был обрезан. Ловкий самозванец, однако, успел скрыться из Константинополя. Он побывал в Риме, где принял католичество, чтобы приобрести покровительство папы и иезуитов. Потом был в Венеции и Трансильвании; в 1650 году пробрался в Малую Россию и сумел заинтересовать в своей судьбе гетмана Хмельницкого. Пограничные путивльские воеводы, князь Прозоровский и Чемоданов, по поручению из Москвы, завели сношения с Акиндиновым при посредстве двух путивльских торговых людей и пытались склонить его к возвращению на родину, обнадеживая царским милосердием. Хитрый самозванец отвечал им и делал вид, что не прочь последовать их совету; посылал с неким гречином грамоту и патриарху Иосифу, прося его ходатайствовать за него перед царем; но упорно стоял на том, что он сын (или внук) Василия Ивановича Шуйского и что только по несчастным обстоятельствам некоторое время служил в подьячих. Хмельницкий из Чигирина отправил Тимошку в Лубенский Мгарский монастырь, поручив монахам его беречь и кормить. Московский посол Пушкин в Варшаве выхлопотал у короля Яна Казимира посылку королевского дворянина с грамотой о поимке и выдаче самозванца к киевскому воеводе Адаму Киселю и малороссийскому гетману Хмельницкому. Но эта посылка ни к чему не повела. Хмельницкий, недовольный Москвой за отказ в помощи против поляков, не желал исполнять ее требования; от настояний же московских агентов отделывался разными отговорками, например тем, что без согласия старшины и всего войска не может сего сделать, а что, получив согласие, пришлет самозванца в Москву. Или вдруг отвечал, что ему неизвестно, где находится искомое лицо. Наконец, он как бы согласился и выдал московскому дворянину Протасьеву поимочный лист. Но, по всей вероятности, он же дал возможность вору своевременно бежать из Малороссии. В следующем, 1651 году Акиндинов, вместе со своим спутником Конюховым, очутился в Швеции, где представил королеве Христине какие-то грамоты от седмиградского князя Ракочи, был милостиво принят и одарен. Тут он обратился в лютеранство. В Стокгольме увидали его русские купцы и дали знать московскому гонцу Головину о человеке, называвшем себя князем Иваном Васильевичем Шуйским. По приметам (темно-русый, лицо продолговатое, нижняя губа немного отвисла) догадались, что это Акиндинов. Когда Головин приехал в Москву, отсюда немедля отправили в Стокгольм другого гонца с просьбой о выдаче Тимошки и Конюхова.
