По общему мнению, самым важным из этих технических нововведений было учреждение в марте 1809 года нового военного министерства. В этом, как и во многих военных реформах, следует отметить влияние Штейна, и новое ведомство в некотором смысле выросло из кампании этого министра против безответственного правительства и разрастания функций государственной администрации. В меморандуме от 23 ноября 1807 года Штейн рекомендовал объединить всю администрацию государства под руководством пяти министерств, ответственные главы которых должны образовать государственное министерство и подчиняться непосредственно королю. Он настаивал, что одним из этих министерств должно быть военное министерство, способное объединить под своим контролем все военные вопросы¹³⁹. Король, всегда больше откликавшийся на планы реформ, касавшиеся гражданской администрации, чем на проекты, затрагивающие его военные прерогативы, ждал восемь месяцев, прежде чем дать предварительное одобрение этой идеи, и лишь в декабре 1808 года были изданы определенные указы о создании военного министерства.

В этих указах говорилось, что новое министерство будет иметь полномочия «надо всем, что относится к вооруженным силам и их структуре, созданию и содержанию и… всем, что до сих пор входило в юрисдикцию Высшей военной коллегии, Военного департамента Генеральной директории, провинциальных военных складов Силезии и Пруссии, а также Генерал-интендантства…»¹⁴⁰. Новое министерство делилось на два департамента: общий военный департамент (Allgemeine Kriegsdepartement) и военно-экономический департамент (Militar Okonomiedepartement). Первый департамент, призванный заниматься всеми вопросами управления и командования, состоял из трех отделов, первый занимался вопросами личного состава, включая продвижение по службе, оплату, награды, правосудие и увольнение, второй – обучением, образованием, военными планами и мобилизацией, а третий – надзором за артиллерией, инженерным делом, укреплениями, артиллерийским вооружением и испытанием изобретений. Военно-экономический департамент с четырьмя отделами должен был заниматься всеми вопросами финансов и снабжения¹⁴¹.

Характерно, что, дав добро, король отказался от необходимого для завершения реформы последнего шага. Несомненно опасаясь предоставить слишком большую власть в военных делах какому-либо одному лицу¹⁴², он отказался назначить военного министра. Вместо этого Шарнхорст был назначен главой общего военного департамента (Allgemeines Kriegsdepartement), с дополнительной должностью начальника Генерального штаба, а консерватор граф Лоттум – начальником военно-экономического департамента (Militar Okonomiedepartement). Обоим офицерам было предоставлено право совещаний непосредственно с королем и общения, когда это необходимо, с другими министерствами и главами ведомств.

Хотя до 1814 года военное министерство не было объединено под руководством одного министра, осторожность короля большого вреда не нанесла. После того как в марте 1809 года министерство начало функционировать, в нем доминировала личность Шарнхорста, и два ведомства, похоже, дружно работали вместе. Естественно, что командующие генералы, в мирное время находившиеся в подчинении министерства, возмущались новым учреждением¹⁴³, и, действительно, на протяжении всей своей долгой истории до 1918 года военное министерство вынуждено было, не всегда с успехом, бороться за свои полномочия и самое свое существование. Однако в рассматриваемый период его позиции не подвергались серьезному сомнению, и ему было дозволено придать военной структуре такую степень единства, которая была неведома при старом режиме. Конкурирующие ведомства, чьи раздоры прямо способствовали хаосу в Йене, исчезли или были подчинены новому министерству. Таким образом, функции всемогущего генерал-адъютанта были переданы первому отделу Главного военного ведомства во главе с Грольманом, старый штаб генерал-квартирмейстера передал свои обязанности второму отделу этого департамента, первым начальником этого отдела был Бойен, а Высшая военная коллегия и Военный департамент полностью исчезли¹⁴⁴. Эта централизация сама по себе была обнадеживающим предзнаменованием будущего. Тем более что по условиям учреждения новое министерство должно было работать в постоянном взаимодействии с остальными четырьмя министерствами, а его министр должен был входить в состав центрального государственного министерства. При правильном подходе это означало, что военное дело больше не будет отдельной сферой, изолированной от других сторон государственного управления. Реформаторы считали, что это также ускорит наступление дня, когда будет преодолена пропасть между армией и гражданским обществом.

В апреле 1809 года давно копившиеся разногласия между Австрией и Францией достигли апогея, австрийские войска ворвались в Баварию, а их командующий, эрцгерцог Карл, призвал всех немцев поднять знамя свободы и отбросить французского императора за Рейн¹⁴⁵. Реакция в Пруссии была немедленной и страстной, и если искать первый ощутимый результат программы реформ 1807–1809 годов, то его, вероятнее всего, можно обнаружить в проявившемся теперь желании войны. От равнодушной пассивности, которой были отмечены последствия йенской катастрофы, практически не осталось и следа. В самой армии как реформаторы, так и крайние консерваторы считали, что Пруссия, несмотря на все еще существующие в армии недостатки, должна воспользоваться этой возможностью. Такие в прошлом противники реформ, как Калькройт и Борстель, открыто призывали к интервенции, а Марвиц и Кнезебек предлагали свои услуги Австрии¹⁴⁶. Стремление к войне не ограничивалось армейскими кругами. Те патриоты, кто подобно Арндту и Фихте¹⁴⁷ обращались с воззваниями к широкой публике, были встречены с энтузиазмом, и, когда майор фон Шилль по собственной инициативе повел отряд из ста гусар с берлинского парадного плаца для атаки на Вестфальское королевство¹⁴⁸, его обреченная на поражение экспедиция вызвала такую бурю эмоций, что Борстель предупредил короля, что наказание непокорного офицера вполне может вызвать революцию в Берлине¹⁴⁹.

Лидеры партии реформ пытались убедить короля воспользоваться состоянием общественного мнения. Шарнхорст не только настаивал на немедленном союзе с Австрией, но и предложил новый план введения принципа всеобщей воинской повинности – план, по которому будут предприняты немедленные шаги для пополнения постоянной армии подготовленным резервом, состоящим из бывших солдат, и ряда добровольческих егерских батальонов, сформированных из представителей имущих классов, способных экипироваться самостоятельно¹⁵⁰. Однако Фридрих Вильгельм к подвигам не стремился. Вердикт Лемана содержит немалую долю правды о том, что в этом кризисе в судьбе своей страны король действовал как человек, «полностью убежденный в превосходстве противника, испорченности своего народа и некомпетентности своих советников и командиров»¹⁵¹. Он вступил в сношения с австрийским правительством и, видимо, давал обещания поддержки, но они всегда зависели от гарантий, которых в 1809 году никто дать не мог. Король хотел убедиться, что Россия не будет возражать против прусской интервенции, что Британия эффективно поддержит это предприятие, а Австрия и Пруссия действительно смогут победить Наполеона. В глубине души он ни во что из этого не верил, а потому не собирался ни вступать в войну, ни реализовывать какие-либо планы Шарнхорста. Даже неудача Наполеона в Асперне не смогла вывести его из страшного оцепенения, а когда Ваграм положил конец всем большим надеждам 1809 года, реакция Фридриха Вильгельма была ближе к удовлетворенности собой, чем к замешательству. Однако патриотов исход войны потряс и обескуражил. Старый Блюхер, защитник Любека, пообещавший королю, что с 30 000 солдат изгонит французов из Германии, в гневе удалился в свой штаб в Штаргаарде, и вскоре распространились тревожные слухи о том, что старый воин помешался рассудком и считал себя беременной слонихой¹⁵². Гнейзенау ушел из армии, хотя продолжал служить государству в качестве тайного агента и совершал миссии в Лондоне и Петербурге. Грольман, во время короткой кампании служивший в австрийской армии штабным офицером, отправился в Англию, а весной 1810 года вступил в недавно сформированный иностранный легион в Испании, где прослужил с отличием до 1812 года¹⁵³.