Эта уверенность жестоко развеялась. Позже Бойен напишет о событиях 1806 года, что «было немного кампаний, в которых такие многочисленные и часто такие непонятные промахи накладывались друг на друга»⁹⁵. Дипломатическая подготовка к войне была смехотворно плохой. В 1805 году, когда и австрийцы, и русские выступили против Наполеона, прусское правительство колебалось до тех пор, пока не упустило наилучшую возможность для действий, в августе 1806 году оно вступило в войну с нейтральной Австрией, а Россия не могла предоставить силы поддержки. Мобилизация на войну была беспорядочной и неполной, не было предпринято никаких попыток мобилизовать силы Восточной Пруссии, и против французской армии численностью 160 000 человек пруссаки отправили на поле боя всего 128 000 человек. Эти силы возглавил престарелый герцог Брауншвейгский, уклончивая нерешительность которого в кампаниях 1792–1795 годов не предвещала энергичного командования, ясный стратегический план у него отсутствовал, как и понимание важности штабной работы, он мало использовал таланты Шарнхорста, назначенного в его штаб в качестве начальника штаба. Однако эффективное командование было бы невозможно и при более одаренном военачальнике, чем герцог Брауншвейгский, поскольку административная неразбериха, терзавшая армию в мирное время, последовала за ней на поле боя. Какое-либо единое управление войной стало невозможным из-за прибытия в сентябре в штаб армии короля, и с этого времени война велась заседаниями комитетов, на которых энергия полевых командиров тратилась на бессмысленные дебаты с членами армейского штаба, королевской свитой, советниками кабинета и генерал-адъютантами, которые теперь заняли положение личного Генерального штаба короля.

Эти затяжные дискуссии полностью подарили инициативу Наполеону и все еще продолжались, когда его армии прошли через Тюрингский Лес и 10 октября разгромили прусский авангард в Заальфельде. Это поражение вызвало ужас в прусском штабе, и герцог Брауншвейгский, понимая, что его левый фланг находился под угрозой, решил отступить, чтобы защитить свои коммуникации. Это решение сделало невозможным сосредоточение прусских сил, которое еще могло предотвратить катастрофу. В результате, двигаясь с обескуражившей прусское командование быстротой, Наполеон навязал бой армии, состоящей из разрозненных и некоординированных частей. Сам император напал на корпус Гогенлоэ в Йене и, обладая большим численным превосходством и господством на возвышенности, одержал победу. Одновременно Даву бросился на фланг герцога Брауншвейгского у Ауэрштедта и, имея в своем распоряжении всего 26 000 человек, нанес решительное поражение почти вдвое превосходящим силам, во многом из-за нежелания генерала фон Калькройта без четких приказов задействовать свой резерв в 12 000 человек. Рано утром 14 октября прусские гренадеры мужественно противостояли смертоносному огню французских тиралеров, заслужив безграничное восхищение Наполеона, но к полудню боевой дух начал давать сбои. В Ауэрштедте герцог Брауншвейгский, пытаясь сплотить сильно пошатнувшуюся дивизию, был ранен в оба глаза и вынесен умирающим с поля боя, эта потеря усугубила растущее падение морального духа. Началось общее отступление, которое к вечеру переросло в бегство, поскольку беглецы обоих сражений хаотично бросились в сторону крепости Магдебург⁹⁶.

Последующие события составляют одну из наименее славных глав в прусских военных анналах, поскольку воля к дальнейшему сопротивлению, похоже, умерла в Йене и Ауэрштедте, и лишь немногие командиры пытались сплотить свои силы для нового противостояния. Шарнхорст, в суматохе сражения отстраненный от своего поста в королевском штабе, присоединился к корпусу Блюхера в качестве начальника штаба, в то время как гусарский офицер упорно пробивался, используя спасенную им от разгрома артиллерию и поддержку егерей Йорка, через Гарц в сторону Мекленбурга, отвлекая французские силы, которые в противном случае могли бы ворваться в Восточную Пруссию. Но Блюхер и Шарнхорст вели бой практически в одиночку, и даже они, из-за отсутствия продовольствия и боеприпасов, были вынуждены сдаться французам в окрестностях Любека. В остальном крах прусской армии был полным и позорным. В Магдебурге генерал фон Клейст и двадцать три других генерала с 24-тысячным войском под их командованием капитулировали без боя, коменданты крепостей Эрфурт, Хамельн, Шпандау, Кюстрин и Штеттин сделали то же самое. Гогенлоэ, прорвавшись с 12 000 человек из Йены в Пренцлау, где он был практически в безопасности, сложил оружие по совету своего начальника штаба Массенбаха. Продемонстрировав недостаток таланта, офицерский корпус, казалось, намеревался доказать несостоятельность и в отношении доблести.

После захвата французскими войсками западных провинций Фридриха Вильгельма III он удалился в Восточную Пруссию и попытался в союзе с русскими вернуть потерянное. Однако кампания 1807 года отмечена преимущественно массой дебатов, подобных тем, что предшествовали Йене и Ауэрштадту, а прусский и русский штабы так и не смогли договориться о стратегическом плане. В феврале снова отличился Шарнхорст, когда, командуя ничтожно малым остатком прусской армии, лишил авангард Наполеона победы при Прейсиш-Эйлау. Однако союзные силы не смогли воспользоваться возможностью, предоставленной этим временным срывом планов императора, и бездействовали, в то время как Наполеон подтянул свои основные силы⁹⁷. В июне французы начали крупное наступление и 14-го оттеснили главные русские силы к Фридланду. После этого царь Александр не решался на дальнейшее сопротивление и поспешил заключить мир с корсиканцем, мало заботясь о чувствах своего отчаявшегося союзника.

Брошенный на произвол судьбы Фридрих Вильгельм III встретился с Наполеоном 9 июля в Тильзите, и ему сообщили условия. Если он и ожидал мягкого отношения, то не дождался. Короче говоря, короля попросили смириться с потерей примерно половины территории и подданных, обещать платить большую дань своему противнику и содержать крупную оккупационную армию, а поскольку боеспособных воинских подразделений у него больше не было, ему не оставалось ничего другого, кроме как согласиться. Условия были совершенно сокрушительными, и они заключали в себе разрушение старого прусского государства. Тем не менее это не следует приписывать мстительности французского императора. В действительности Пруссия, созданная усилиями своей армии и ставшая крупной державой, теперь была разбита неспособностью этой армии приспособиться к изменяющимся методам ведения войны и нежеланием ее правителей задействовать невостребованную энергию прусского народа.

В месяцы, последовавшие за капитуляцией Тильзита, лишь самые завзятые оптимисты сохраняли веру в дальнейшее существование Пруссии как независимого государства. Наполеон быстро раскрыл свои намерения превратить разбитую страну в сателлита своей империи, и казалось, что значительная часть прусского народа была готова покориться этой судьбе. У буржуазии и аристократии военная неудача породила широкие пораженческие и сильные оппортунистические настроения, а среди интеллектуалов вскоре раздались голоса, доказывающие преимущества приверженности новому наполеоновскому европейскому порядку, даже если это повлечет за собой уменьшение суверенитета Пруссии. В то же время в огромной массе населения было почти незаметно признаков негодования по поводу унижения Пруссии, а еще меньше народ желал за него отомстить.