Во второй половине XVI в. на Дону начался социально-экономический кризис, вызванный неожиданно возникшей перенаселенностью Донского региона. Церковный раскол 1666 г. вызвал поток гонимых староверов на Дон. Андрусовское перемирие, расколовшее Украину на две половины, также стимулировало эмиграцию на Дон. Наконец, ужесточение феодально-крепостнических порядков в России, зафиксированное в Соборном уложении 1649 г., усилило традиционный выход крестьянства на Дон. В результате обострились социальные противоречия между зажиточным, «домовитым» казачеством, ориентировавшимся на Москву, и «голутвенным», беднейшим, а также «воровским» казачеством, которое резко выросло в количественном отношении. Природные ресурсы региона оказались не в состоянии обеспечить рыбой и зверем прибывших поселенцев, которым согласно традиционному войсковому праву было запрещено заниматься земледелием. Возникшая крайняя скудность жизни, доходящая до голода, вынудила «голутвенное» и «воровское» казачество осуществить грабительские походы на персидские берега Каспия. Поход на Москву отряда Василия Уса, набеги казачьей группировки Степана Разина на персидские земли в 1667–1670 гг. стали типичными разбойничьими походами «за зипунами». Правительство решило прекратить любой ценой такие разбойничьи походы, которые подрывали как внешнюю политику страны, так и ее экономическое положение. Казаки, напротив, решили выступить против «изменников бояр», посягнувших на исконные права казачества как защитника Руси от «басурман». Царская власть учитывала разницу интересов коренного и пришлого казачества, поощряя старшин, более обеспеченных казаков-«низовцев» (проживавших на Нижнем Дону) и ограничивая «верховых». Жалованье царя распределялось в основном среди «низовцев», которые в ответ принимали участие в походах против бунтующих казаков. Ю. Д. Гражданов подчеркивает характерный факт: в 1698 г. верхушка донского казачества пыталась навязать промосковскую позицию Яицкому войску, за что посланцы с Дона были здесь казнены по старому казачьему обычаю [24].
Возглавивший походы Степан Разин со своим казачье-крестьянским войском обрушился на российские территории вдоль Волги, освобождая крестьян и устанавливая там порядки по образцу «казачьего народоправства». В 1671 г. государево войско Ю. Барятинского разгромило движение повстанцев, а сам Степан Разин был предан и сдан власти казачьей верхушкой. Поход на Москву объективно был попыткой большой части вольнолюбивого донского казачества повлиять на социально-политическое устройство Московского государства. Разин созывал в свои ватаги всех «кабальных и апальных» и призывал их «изменников вывадить» и мирских «кравапийцев вывадить». Главной целью разинцев было разрушение государства и того, что его олицетворяло. Они убивали не только приказных людей, но уничтожали, например, в Астрахани, дела государственного управления, суеверно освобождаясь от делопроизводственных бумаг – символа крепостного порядка. Уничтожая архив астраханской приказной палаты, Разин приговаривал: «Вот так я сожгу все дела на верху у государя» [25].
Но столкновение казачества и государства закончилось крахом казачьей вольницы. Разинцы не только были разгромлены, но спровоцировали новый этап огосударствления донского казачества. Самодержавие обвинило «домовитое» казачество в преступном нейтралитете и запоздалом вмешательстве в дело поимки С. Разина и на этом основании вынудило его принять от имени всего донского казачества «крестоцеловальную» присягу на верность царю [26]. 29 августа 1671 г. атаманы и старшины, казаки нижних и верхних городков поклялись «не щадить живота своего» в борьбе со всеми врагами и предателями государя. Став фактически подданными Москвы, казаки в то же время не лишились пока еще своих атаманско-круговых обычаев внутреннего управления. Но было серьезно ограничено право чисто политического убежища и право внешнеполитической деятельности. Это было только начало системного вторжения Московского государства в дела донского казачества.
В 1676 г. казачество вновь поклялось в верности новому государю Федору Алексеевичу, что положило начало регулярному порядку принятия присяги самодержцам. В новых условиях правительство усилило свое давление на Дон с целью полной отмены социального убежища для беглых крестьян. Под нажимом власти войсковая старшина во главе с Фролом Минаевым организовала преследование сторонников «старой веры», уничтожив их поселения. Бездомных бедняков («бурлаков»), бежавших на Дон, теперь перестали принимать в ряды казаков.
В последней четверти XVII в. земля становится непременным условием хозяйственной жизни в регионе. Получая землю в качестве пая от войска, казаки не всегда могли ее использовать сами и нанимали работников из пришлых людей. Они были свободны от государственных податей и повинностей, имели право на беспошлинную торговлю и получение жалованья от царя. Наконец, на Дону рельефнее обозначится социальный раскол на голутвенное и домовитое казачество. Это способствовало упрочению социальной базы для Московского государства в его взаимоотношениях с донской вольницей. Приведение казачества к присяге на верность московскому царю после разгрома казачье-крестьянской войны, означало его фактическое включение в политическую систему России.
Дальнейшее развитие казачества направлялось самодержавием в русло сословного строя в целях решения таких задач, как защита и заселение приграничных территорий, закрепление за ними военной службы в качестве государственной повинности и одновременно прав и привилегий на хозяйственную деятельность, стирание различий между войском Донским и вновь созданными по инициативе правительства новыми казачьими войсками.
Правление Петра I стало этапом окончательного превращения казачества в элемент государственной системы. Существует точка зрения о том, что преобразования Петра I в социальной сфере не форсировали, а затормозили развитие страны до середины XIX в. [27]. Петр I создал такую бюрократическую систему, которая выстроила в иерархическом порядке все социальные, этнические группы, сословия и т. п. Причем не следует переоценивать значение огосударствления казачества, которое, как и в предыдущие периоды истории государства, находилось на периферии большой российской политики.
В ходе знаменитых азовских походов нового самодержца Петра I была продемонстрирована сила и воинские умения донского казачества. В мае 1696 г. казаки на своих стругах в присутствии царя разгромили 20 судов Турции, а затем приняли участие в успешном штурме Азова. Первоначально довольный Петр увеличил в размерах поставки казакам традиционного «жалованья», приказал казакам заниматься земледелием и виноградарством и винокурением и т. п. Но вновь обнаружившееся своеволие казаков не вдохновило императора на развитие самодеятельности казачества. Отношение императора к казакам отразила новая печать войска, на которой был изображен голый пьяный казак с саблей, сидящий на винной бочке. В процессе превращения России в абсолютистскую империю в начале XVIII в. им было принято принципиальное решение о ликвидации самостоятельности Войска Донского.
В 1703 г. Петр I решил привести в покорность казачьи городки и выслать из них на прежние места тех пришельцев, которые поселились там после запретительных указов. Они должны были обязать атаманов и казаков не принимать впредь беглых людей, под угрозой смертной казни. Присвоение изюмскими городовыми казаками доходных соляных промыслов, принадлежавших всему войску, присылка на Дон регулярных войск под командованием В. Долгорукого и жестокие методы сыска и уничтожения городков вызвали возмущение казаков. Под командованием бахмутского станичного атамана Кондратия Булавина и его сподвижников Хохлачева и Некрасова, казачество выступило в 1707 г. против царских войск, а также против войскового атамана Л. Максимова и его преемника И. Зерщикова. Это было уже чисто казачье восстание против российского государства. Избранный войсковым атаманом К. Булавин пытался организовать взятие Азова, обеспечить распространение восстания на Украину и Поволжье. Но долго сопротивляться царским войскам повстанцы не смогли. После недолгого сопротивления повстанцев, последовавшей смерти К. Булавина от рук казачьей верхушки и уничтожения царскими войсками казачьих городков по Донцу и его притокам, казаки вынужденно смирились. В восстании непосредственно участвовало, по данным В. Долгорукого, 20 тысяч человек, 7 тысяч плененных казаков было казнено. Исследователи сделали вывод, что в восстании участвовало пришлое население. Причем наказание донского казачества носило демонстративно жестокий характер и имело геноцидальные черты. Треть казачьих городков была сожжена, плоты с повешенными казаками-бунтарями были пущены вниз по течению реки. Ушедшие на Кубань, во владения крымского хана, полторы-две тысячи участников восстания во главе с атаманом Игнатовым стали активными врагами русского самодержавия и России. Д. В. Сень в своем обстоятельном исследовании «Войско Кубанское Игнатово Кавказское. Исторические пути казаков-некрасовцев 1707–1920 гг.» показал, что они пользовались за свою верную службу поддержкой хана и в дальнейшем вообще переселились в Малую Азию. Данный эпизод свидетельствует о том, что субэтнические характеристики казачества были на данном этапе настолько сильны, что позволили пренебречь присягой 1671 г. и перейти на службу «царю-басурману».