7 мая 1919 г. комдив Григорьев получил приказ советского командования сосредоточиться вдоль реки Днестр, на румынской границе. Однако Григорьев отказался выполнить приказ о перемещении 6—й дивизии на Румынский фронт. Опираясь на недовольство крестьянства юга Украины продразверсткой, он поднял восстание в тылу Красной Армии против большевистской диктатуры. Подражая гетманам эпохи Хмельницкого и Мазепы, 8 мая 1919 г. атаман выпустил знаменитый «Универсал» «К украинскому народу [Его начало]» – политический манифест мятежников, который всколыхнул в мае 1919 г. всю Украину: украинский народ призывался восстать против коммуны, чрезвычайки и комиссаров. Григорьев объявил мобилизацию в трехдневный срок всех, кто способен владеть оружием. Повстанцы выдвинули лозунги: «Власть Советам народа Украины без коммунистов!», «Украина для украинцев!», «Свободная торговля хлебом!». Текст Универсала противопоставил партийную диктатуру диктатуре трудового народа «правам трудящегося люда». Крестьянство призывалось к немедленной организации народной власти. В каждом селе предлагалось выбрать крестьянский совет, в каждой волости – волостной совет, в каждой губернии – губернский совет. В совет имели право быть избранными представители всех партий на советской платформе, беспартийные, поддерживающие Советскую власть. Устанавливалось национально—пропорциональное представительство в Советах: 80% для украинцев, 15% для русских, 5% для евреев. Высшим народным органом объявлялся Всеукраинский съезд Советов, назначающий правительство. Преступными деяниями определялись убийства без народного суда, мародерство, бесчинства, «вторжения в чужое хозяйство», незаконные реквизиции, агитация против отдельных национальностей, которые подлежали наказанию «на месте силой оружия». Универсал, подписанный «атаманом партизан Херсонщины и Таврии» Н. Григорьевым, распространялся в частях 6—й стрелковой дивизии и среди населения Елизаветградщины. Идеологом григорьевского универсала являлся Юрий Тютюнник. Высокопарные обращения к трудовому народу («народ украинский, от тебя зависит судьба твоя» и т.п.) и призывы к установлению народной власти на Украине в первые же дни восстания оказались опровергнуты на практике, а также в последующих универсалах атамана.
Невежество и антисемитизм Григорьева и его соратников воплотились в серии жестоких и кровавых еврейских погромов, в ходе которых погибло около 5 тыс. человек. Повстанцы, подогретые антисемитской пропагандой, срывали свою ненависть к диктатуре коммунистов на евреях, которых считали большевиками и виновниками всех своих несчастий. 15 мая в Елизаветграде было уничтожено более трех тысяч евреев, вчерашние красноармейцы убивали женщин, детей, стариков. Среди убитых был младший брат будущего руководителя Коминтерна Григория Зиновьева, местный анархист Миша Злой. Погром коснулся и так называемых «пришельцев с Севера» – русских, несколько сот которых были зверски убиты. Волна погромов прокатилась также по другим городам: Умани, Кременчугу, Черкассам, Екатеринославу. В очередном «универсале» Григорьев обрушился на «горбоносых комиссаров» и призвал грабить Одессу – город с большим еврейским населением – до тех пор, пока оно не станет маленьким. По свидетельству очевидца событий Ивана Бунина, изложенному в «Окаянных днях», в мае 1919 г. григорьевщиной была охвачена почти вся Малороссия. Григорьевщина распространилась на большей территории Херсонской и Екатеринославской губерний.
9 мая Григорьев начал наступление из района Знаменка – Александрия по нескольким направлениям: на Екатеринослав (ныне Днепропетровск) двигалась группа начальника штаба Тютюнника, на Киев – во главе с командиром бригады Павловым, на Черкассы – во главе с казачьим атаманом Уваровым. Елизаветградом овладела группа под командованием атамана Горбенко. В городе были разогнаны Совет и ЧК, обезоружены воинские части, производились расстрелы коммунистов. Власть в уездном городе оказалась в руках григорьевского ревкома. Повстанцы захватили Черкассы, Умань, Кременчуг, Екатеринослав, Елизаветград, Херсон, Николаев и другие города. Первоначально военные силы повстанцев имели 16 тыс. штыков, 52 орудия, 7 бронепоездов и около 500 пулеметов. С развитием восстания количество повстанцев превысило 20 тыс. человек. В середине мая успех сопутствовал восставшим: их поддерживало крестьянство центра Украины и часть красноармейцев, преимущественно украинского происхождения. Перед крестьянами Григорьев выступал как защитник православной веры и украинского народа. Появилась реальная опасность перехода всех украинских советских армий на сторону Григорьева. В своем очередном универсале атаман поспешил объявить, что коммунисты уже разбиты на всех фронтах, а ленинское правительство бежит за границу через Полтавщину.
Восстание Григорьева произошло в период ожесточенных сражений красного Южного фронта с наступающими армиями Деникина этим и объясняются первоначальные успехи атамана. Для борьбы с восстанием советскому военному командованию пришлось срочно высвобождать с фронта воинские части. 10 мая 1919 г. Григорьев был объявлен вне закона. 14 мая три группы советских войск общим количеством 30 тыс. солдат начали наступление из Киева, Полтавы и Одессы. 15 мая группа А. Я. Пархоменко отбила у григорьевцев Екатеринослав, причем город трижды переходил из рук в руки. 16 мая 1919 г. в бронированном поезде на Украину прибыл председатель РВСР Л. Д. Троцкий. Каждый десятый пленный повстанец был расстрелян.
Стремясь сохранить инициативу в своих руках, Григорьев использовал тактику «молниеносной эшелонной войны». Посадив большую часть своих войск в эшелоны, он двинул их на Полтаву, Киев, Екатеринослав. Однако «эшелонная война» выявила роковую для атамана перспективу: вооруженная сила повстанцев распылилась без определения направления главного удара, растворилась в огромном пространстве Украины. Повстанцы наводнили огромный регион от Днестра до Днепра, от Черного моря до окрестностей Киева. Григорьев переоценил собственные возможности стратега и политика. Он оказался бездарным полководцем и политиком, не сумевшим ни спланировать военную операцию, ни предвидеть последствия своих действий. Через пять дней его наступление выдохлось. Среди повстанцев Григорьева нарастал процесс внутреннего разложения.
Мятежный атаман рассчитывал объединить действия своих отрядов с выступлениями других украинских атаманов, в первую очередь батьки Махно и атамана Зеленого. Надеясь на поддержку поднявшего в марте 1919 г. восстание Зеленого (Терпило), Григорьев рассчитывал захватить юг Киевской губернии. Однако к 8 мая атаман Зеленый был разбит советскими войсками. Нестор Махно пользовался большой популярностью в украинских советских армиях. В мае 1919 г. он еще воевал на стороне «красных» в составе 3—й украинской советской армии, но отношения между ним и большевиками находились на грани разрыва. Однако Запорожью угрожали белогвардейцы – Махно все свои силы бросил против наступавших «белых». Он заявил, что «распри» Григорьева с большевиками из—за власти не могут заставить открыть фронт для белогвардейцев. Махно не поддержал восстание и занял выжидательную позицию. В заявлении Советскому правительству он сообщил, что у него нет точных данных о целях восставших, поэтому первоначально воздержался от выпуска воззвания против Григорьева «до получения ясных данных». 18 мая 1919 г. махновская комиссия посетила район восстания и сообщила комбригу, что григорьевцы громят и убивают евреев. После этого сообщения Махно издал воззвание «Кто такой Григорьев?», где объявил атамана «разбойником», контрреволюционером», «авантюристом», «провокатором—погромщиком». «Григорьевщина пахнет петлюровщиной» – сделал заключение Махно.
К концу мая советские части под командованием К. Е. Ворошилова, П. Е. Дыбенко, А. И. Егорова, М. К. Левандовского, А. Я. Пархоменко подавили восстание. Когда григорьевцы оказались под огнем пулеметов и пушек, боевой пыл их быстро угас. Тысячи повстанцев стали сдаваться при первом же приближении регулярных формирований Красной Армии. Красноармейские части, поддержавшие Григорьева еще неделю назад, вернулись под «красное» командование. 19—20 мая григорьевцев выбили из Кременчуга, Черкасс, Кривого Рога. 21 мая войска атамана были разбиты под Киевом. 22 мая красные взяли Александрию – центр восставших, 23 мая – Знаменку, 26—31 мая части одесского направления вытеснили Григорьева из Николаева, Очакова, Херсона. В боях повстанцы понесли большие потери. Большинство григорьевцев разбежалось по домам. Остатки разбитых сил скрылись с оружием в степных селах и перешли к тактике партизанской войны. Тютюнник увел свой отряд на соединение с силами Петлюры (позднее он стал командиром 4—й киевской дивизии петлюровской армии).
