Церковь занимала особое положение в иерархии и системе отношений в Московском государстве.

Служилые, торговые, посадские и пашенные люди были обременены обязанностями перед государством и друг другом: первые – службой, остальные – тяглом. Наряду с обязанностями, имелись и права, хотя и незначительные. Общим было право на суд по бесчестию. Служилые владели землей и зависимыми людьми и вместе с торговыми людьми привлекались к участию в управлении (включая земские соборы). Посадские и крестьяне обладали правом на самоуправление и до 1580‐х годов – свободой перехода.

Духовенство разделялось на черное (иерархи и монахи) и белое (приходские священники и дьяконы). Верхушка этого сословия (епископы и игумены) обладала существенными привилегиями (феодальное землевладение, участие в управлении, право на суд по бесчестию, право на суд над подвластным населением), исполняло обязанности по молитвенному предстательству пред Богом за монарха и всех христиан.

Для секуляризированного сознания молитвенная обязанность духовенства не представляется важной и необходимой. Петр I называл монахов тунеядцами и стремился возложить на монастыри обязательства перед государством и обществом. Однако в Средние века считали иначе. Церковь осуществляла важнейшую роль, обеспечивая идеологическую основу всей русской жизни, освящая земную иерархию и мироустройство. Церковью благословлялась царская власть и ее деяния, утверждались обязанности и, отчасти, права подданных. Духовенство осуществляло обряд крестного целования в верности монарху и его службе. Измена этой клятве влекла за собой строгое церковное наказание (епитимью) – до 20 лет поста, как за убийство или блуд с кем-то из близких родственников. В некоторых покаянных текстах этот грех и вовсе объявлен непростительным. Соборное уложение 1649 года карало за измену государю смертью, а за ложное целование креста в гражданских исках – отлучением от Церкви на шесть лет. В Смутное время страну захлестнула эпидемия крестных целований, отказа от присяги и новых присяг. Книжники справедливо усматривали в этом признак глубокого нравственного упадка общества.

Молитвенное предстательство черного и белого духовенства осуществлялось ежедневно и по нескольку раз на церковных службах. На литургии возглашалась молитва за царя и членов его семейства, за духовенство и всех православных христиан. Ежедневно читались синодики-помянники, содержавшие списки имен усопших христиан, за поминовение души которых совершалась молитва. Синодики открывались именами князей, царей и иерархов, затем перечислялись вкладчики обители или храма. В дни памяти служили панихиды и совершали трапезы в память умерших жертвователей (кормы). Поминальные практики в Средние века имели широкое распространение и большую популярность. Русские люди всех сословий, от бояр до крестьян, стремились жертвовать в монастыри с тем, чтобы там совершалось поминовение их предков, родных и самих вкладчиков. Наибольшей популярностью пользовались монастыри, прославленные своими чудотворцами и святынями: Троице-Сергиев, Кирилло-Белозерский, Иосифо-Волоцкий, Соловецкий, Чудов, Новодевичий, Симонов, ярославский Спасо-Преображенский и другие. На вкладах росло монастырское землевладение, пополнялась казна, строились и украшались храмы и другие сооружения.

К концу XV века в руках монастырей и архиереев оказалось значительное количество земель, пожертвованных чаще всего вкладами на помин души. Верховную власть такое положение не устраивало, поскольку земля пропадала для службы. В монашестве также существовали противники церковного землевладения – последователи преподобного Нила Сорского, получившие имя нестяжателей. Опираясь на нестяжательскую традицию, Иван III попытался отобрать у Церкви земельные владения. Но на церковном соборе 1503 года иерархи восстали против секуляризации, и верховной власти пришлось отступить. Церковное землевладение осталось в неприкосновенности и продолжало увеличиваться в размерах. Мощный всплеск пришелся на годы опричнины и после нее, когда бояре и дворяне, напуганные репрессиями, массово жертвовали вотчинные земли в монастыри на спасение души.

Не имея возможности изъять церковные владения, верховная власть стремилась ограничить приток земель к церковным феодалам и урезать их права. Запретительные меры принимались в 1551 («Приговор о вотчинах» на Стоглавом соборе), 1562, 1572, 1580 и 1584 годах. Были отменены налоговые льготы духовенства (тарханы), сокращены пути поступления новых владений в монастыри и установлен контроль над этим процессом со стороны государства. Однако ограничения работали недостаточно, а главное – огромные земельные владения по-прежнему оставались «втуне». Чтобы хоть как-то компенсировать это, на церковные земли были наложены налоги, а в военное время иерархи и монастыри обязали выставлять даточных людей (вспомогательное войско).

Иерархи, настоятели крупных монастырей и священники городских соборов составляли элиту духовного сословия. Помимо них, существовало немало мелких обителей, небогатых приходов на посадах и в сельской местности. На Стоглавом соборе эти представители черного и белого духовенства стали объектом жесткой критики со стороны Ивана IV, обвинившего монахов, попов и диаконов в «упивании безмерном», небрежении обязанностями, ругани, драках во время службы и «всяком безчинии». Невысоким был и уровень образованности духовенства. Церковные иерархи сетовали, что общины («земля») представляли на должность священников малограмотных и даже вовсе безграмотных кандидатов. Но какими бы ни были эти попы, они составляли единое целое с прихожанами, их избиравшими. Священник воспринимался, прежде всего, как жрец, посредник между общиной и высшими силами. Он занимал важную роль в коллективе слобожан или сельчан, участвовал в местном самоуправлении и сношениях общины с внешним миром. Плоть от плоти посада и волости, священник был активным участником мирского волнения в Смуту, что нашло отражение в сатирическом стихотворении XVII века «Поп Емеля»:

Средневековое сознание было насыщено мистикой. Чудеса воспринимались как естественная и необходимая часть жизни. Между духовным и материальным мирами не было границ, а сверхъестественное представало в разных видах и формах. В религиозном сознании русского средневекового человека органично уживались христианское вероучение и реликты дохристианских (языческих) представлений. Чудесные явления ангелов и святых отнюдь не отрицали чародейства и оборотней, а составляли с ними единую и вместе с тем разнообразную картину мира. В земную жизнь людей проникали малые и большие послания и посланники горнего мира и преисподней. Божественный знак, равно как и бесовская природа могли быть обретены в самых обыденных явлениях. Для понимания событий Смутного времени эти особенности мышления русского средневекового человека имеют принципиальное значение.

Религиозное мировоззрение было нанизано на ось эсхатологических ожиданий. И конец света, и постоянные чудеса являлись отчетливой реальностью. Признаками грядущего апокалипсиса были появления монстров, природные бедствия, умножение грехов, нестроения и мятежи. Братоубийственная Смута соответствовала представлениям о «последних временах». Но это был не первый апокалипсис в русской истории. Ожидание конца света пронизывает русское летописание и церковные сочинения XII–XIV веков. Удельные книжники видели слуг Темного властелина в князьях – объединителях Руси Иване III и Василии III, а царство Антихриста – в Московском царстве.