НКВД располагало не менее мощным, хотя и куда менее заметным потенциалом в самой республиканской Испании. Руководство на месте осуществлял будущий перебежчик Александр Орлов, который приехал в Испанию в сентябре 1936 года и главной задачей которого было обеспечить победу сталинизма над атакующей его марксистской ересью. В июле Исполнительный Комитет Коммунистического Интернационала (ИККИ) информировал Испанскую компартию:

«Независимо ни от чего необходимо добиться окончательного разгрома троцкистов путем изображения их в глазах масс как фашистской секретной службы, осуществляющей провокации на пользу Гитлера и генерала Франко, пытающейся расколоть Народный фронт, проводящей клеветническую кампанию против Советского Союза, секретную службу, активно помогающую фашизму в Испании».

Такой сектантский фанатизм был чужд большей части тридцати пяти тысяч иностранных добровольцев, преимущественно коммунистов, отправившихся в Испанию для того, чтобы вступить в интербригады и защитить Республику. Для них, как и для большей части «европейских левых», которые ошибочно считали восстание Франко заговором, подготовленным Гитлером и Муссолини, война была крестовым походом против международного фашизма. Для многих, как, например, для поэта У.Х. Одена, это было величайшим эмоциональным переживанием всей жизни:

Сталин и сам ухватил это настроение в открытом письме коммунистическому руководству Испании в октябре: «Освобождение Испании от ига фашистских реакционеров является не только лишь внутренней заботой испанцев, но общим делом всего прогрессивного человечества». Однако главной заботой Сталина была не фашистская угроза, а проникновение троцкизма.

В Париже в главном центре по набору добровольцев для интербригад, желающих отправиться в Испанию в случае, если они не были членами партии, обычно опрашивали переодетые офицеры НКВД. Большинству добровольцев с паспортами предлагали оставить их по прибытии в Испанию, после чего документы направлялись в Москву диппочтой. НКВД особенно было довольно уловом из двух тысяч американских паспортов, которыми потом пользовались его нелегалы.

База интербригад в Альбасете находилась под контролем политуправления Коминтерна, во главе которого стоял представитель ИККИ от Франции Андре Марти, в течение ряда лет работавший на советскую военную разведку и охотно помогавший НКВД в его войне с троцкизмом. Не было больше ни одного коммуниста в западном мире, который был бы настолько же помешан на искоренении антисталинской ереси, как Марти. Вместе с Марти появился и влиятельный контингент коминтерновских функционеров. Некоторые из них, как, например, заместители Марти, итальянцы Луиджи Лонго (он же Галло) и Джузеппе де Витторио (он же Николетти), с отвращением относились к его сектантскому фанатизму. Другие были доктринерами-сталинистами того же пошиба, что и Марти, включая будущего лидера Восточной Германии Вальтера Ульбрихта, в тот момент руководившего подразделением НКВД, которое охотилось за немецкими, австрийскими и швейцарскими «троцкистами» в интербригадах.

Поддержка, оказываемая республиканцам добровольцами из «интернациональных бригад», не могла сравниться с помощью, получаемой националистами из нацистской Германии и фашистской Италии. Гитлер, хотя и понимал, что Франко в глубине души скорее традиционалист, чем фашист, смотрел на Испанию как на удобный полигон для отработки технологии «блицкрига», которая позднее с сокрушительным успехом применялась в первые годы Второй мировой войны. Помощь, без проволочек предоставленная Гитлером летом 1936 года, уберегла повстанцев от быстрого разгрома и поставила Франко на путь, приведший в конце концов к победе.

Республиканцы страдали от еще одного очень серьезного обстоятельства. В отличие от националистов, они были расколоты на группировки. Хотя русские и не были причиной раскола, они довели разногласия между республиканцами до состояния гражданской войны, которая протекала, таким образом, на фоне настоящей Гражданской войны. К весне 1937 года борьба Сталина против троцкизма начала затмевать войну против Франко. Сталин опасался, что Рабочая партия марксистского единства (ПОУМ), сочувствовавшая троцкизму, несмотря на резкую критику в ее адрес со стороны самого Троцкого, может предоставить великому еретику убежище в Испании. Андрее Нин, ставший одним из основателей партии в 1935 году (когда-то он был личным секретарем Троцкого в Москве), был министром юстиции в правительстве Каталонии до декабря 1936 года, пока его не потеснили коммунисты.

В мае 1937 года испанские коммунисты при помощи НКВД приступили к уничтожению ПОУМ. Слуцкий, руководивший в то время Иностранным отделом, информировал резидентов НКВД: «Все наше внимание приковано к Каталонии и к беспощадной борьбе против троцкистских бандитов, фашистов и ПОУМ». В июне Нин был арестован и подвергнут жестоким пыткам. После того как он отказался признаться в воображаемых преступлениях, с него с живого сняли кожу. Коммунисты безуспешно пытались скрыть факт его смерти, сделав вид, что Нин попал в руки нацистской группы захвата. Вскоре после этого еще один из прежних секретарей Троцкого, Эрвин Вольф, работавший с ним во время норвежской ссылки, был похищен в Барселоне и ликвидирован НКВД. Среди тех, кто сочувствовал ПОУМ и погиб при подозрительных обстоятельствах, нужно назвать бывшего сторонника Троцкого Курта Ландау; Марка Рейна, сына давнего меньшевистского лидера Рафаэля Абрамовича; Хосе Роблеса, бывшего лектора в университете Джона Хопкинса в Соединенных Штатах; журналиста «Боба» Смайли, сына лидера английских шахтеров. Многие рядовые члены ПОУМ были незаконно расстреляны по приговору коммунистического дисциплинарного суда. Остальные члены руководства были арестованы в июне 1937 года. Их адвокат, Бенито Пабон, был настолько напуган возможностью покушения, что бежал на Филиппины.