Влияние Польской католической церкви, однако, поставило УБ перед проблемой, решения которой не было и у советников. Одним из самых циничных изобретений УБ была подготовка подполковника Йерека Лабановского выступать в роли католического, православного или иудейского священника, когда приговоренные к смерти просили о присутствии духовного лица на казни.
Весной 1945 года, когда захват Польши коммунистами успешно осуществлялся, будущий председатель КГБ генерал Серов прибыл в Германию, чтобы возглавить «внутренний» (НКВД/НКГБ) отдел советской военной администрации (СБА). Администрация располагалась в берлинском пригороде Карлсхорст в огромном здании, окруженном железным забором, колючей проволокой, патрулями и полицейскими кордонами с собаками. Серов создал на территории СБА целый городок НКГБ (позже МГБ). Свой штаб он разместил в бывшем госпитале, когда-то красивые особняки отдал своим офицерам, развернул огромный гараж. Входить на территорию могли только сотрудники НКГБ/МГБ, которых насчитывалось около двух тысяч. Серов создал в советской оккупационной зоне мощную сеть НКГБ/МГБ, поставив во главе нее генерал-майора Мельникова, бывшего советника молодой польский УБ. Зона делилась на районы (Bezirke), каждый со своим штабом НКГБ/МГБ, которые в свою очередь подразделялись на округа (Kreis), контролируемые «оперативными группами». Этот колоссальный аппарат осуществлял наблюдение за политическими партиями, церковью, профсоюзами и направлял процесс советизации. Карлсхорст стал также крупнейшей советской зарубежной базой шпионажа против стран Запада. База в Лейпциге занималась нелегалами.
«Коммунизм для немцев, что корове седло», — жаловался Сталин. Руководство ГКП (Германской коммунистической партии) возвратилось из своей московской ссылки 30 апреля 1945 года — в день самоубийства Гитлера в его берлинском бункере. Двое наиболее выдающихся членов руководства — шестидесятилетний Вильгельм Пик (ставший впоследствии первым президентом Германской Демократической Республики) и пятидесятидвухлетний Вальтер Ульбрихт (первый секретарь правящей партии ГДР) — были ветеранами коммунистического подполья, а также ставленниками НКВД. Серов и руководство ГКП действовали вначале робко, не зная, каким образом будет осуществлено взятие страны под контроль коммунистов. По прибытии из Москвы Ульбрихт заявил своим ближайшим соратникам: «Все будет выглядеть демократично, но мы должны все держать под контролем.» Первой его тактической задачей было создать неформальную антифашистскую коалицию из ГКП и трех других, разрешенных СВА партий. Свободные выборы в советской зоне могли, вероятно, продемонстрировать большинство социал-демократов (СДП), но разгул насилия и грабежей, которым Красная Армия отметила победу, лишили ГКП всякой надежды на занятие лидирующей роли в стране без помощи мощных сил СВА и НКГБ/МГБ.
Обеспокоенный ростом популярности социал-демократов, глава СВА маршал Жуков стал оказывать давление на руководство СДП с целью добиться от него согласия на объединение с коммунистами. Английские власти получили жалобы от двух выдающихся социал-демократов, которым НКГБ приказало под страхом ареста «агитировать за объединение». Отказавшиеся уже брошены в тюрьму Заксенхаузен», бывшую при фашистах концлагерем. Председатель западногерманской СДП Эрих Олленауэр заявлял, что по меньшей мере 20.000 несогласных членов социал-демократической партии Восточной Германии подверглись преследованиям, заключению и даже были убиты в период с декабря 1945 года по апрель 1946 года. В результате развернутой НКГБ кампании массового устрашения 22 апреля 1946 года — в день рождения Ленина — произошло объединение ГКП и СДП в Социалистическую единую партию Германии (СЕПГ). Другим важным итогом стало мощное подавление социал-демократии в Восточной Германии. Несмотря на угрозы на первых муниципальных и региональных выборах осенью 1946 года СЕПГ набрала едва 50 процентов голосов, но движение в сторону однопартийного государства остановить было уже невозможно.
В августе 1947 года по приказу 201 СВА в Восточной Германии под контролем МГБ была создана полиция безопасности, Комиссариат 5 (К—5), предшественник Службы государственной безопасности ГДР (ССД), организованной в октябре 1949 года после провозглашения Германской Демократической Республики. Глава К—5, а впоследствии и ССД Вильгельм Цайсер был старым агентом ГРУ в Германии, а во время Гражданской войны в Испании командовал 13-й интернациональной бригадой под псевдонимом «генерал Гомес». Одним из ближайших его помощников был также агент ГРУ со стажем Рудольф Геррнштадт, среди заслуг которого числится вербовка немецкого дипломата Рудольфа фон Шелиха. В Восточной Германии, как и в Польше, советники из МГБ давали инструкции по подтасовке результатов выборов. На первых общенациональных выборах в ГДР в 1950 году СЕПГ получила 99,7 процента голосов — вдвое больше, чем в 1946 году.
Между двумя войнами до прихода к власти Гитлера в Германии была массовая коммунистическая партия. В Румынии, напротив, партия была почти такой же слабой, как и в Польше, причем большинство ее составляли представители нацменьшинств. В последний год войны партию пришлось восстанавливать практически с нуля. В марте 1944 года НКГБ направило группу из трех человек во главе со своим румынским агентом Эмилем Боднарасом для подготовки партийного руководства к приходу Красной Армии. Боднарасу удалось провести встречу в тюремной больнице с Георге Георгиу-Деж и другими заключенными лидерами компартии, на котором Георгиу-Деж обвинил действующего секретаря подпольной партии Стефана Фориса в связях с полицией. Георгиу-Деж занял его место. Это был первый из его коварных маневров в борьбе за власть с московским бюро румынских коммунистов в изгнании, которое возглавляли агенты НКГБ Анна Паукер и Василе Лука. После оккупации Румынии Красной Армией в августе 1944 года Георгиу-Деж был освобожден, а Форис брошен в тюрьму. Два года спустя по приказу Георгиу-Деж Фориса без суда повесили.
