Первой массированной наступательной операцией партизан в тылу немцев, скоординированной с действиями Красной Армии, была «рельсовая война», целью которой было разрушение железнодорожных коммуникаций немцев во время Курской битвы с помощью огромного количества взрывчатки, которую сбрасывали партизанам с самолетов. Операция удалась лишь частично. Хотя и было взорвано несколько тысяч зарядов, железные дороги, от которых немцы зависели, разрушены не были. В недавнем советском исследовании разведывательной работы, проводимой партизанами во время Второй мировой войны, наиболее успешными названы действия 11-й партизанской бригады до и во время наступления, в результате которого в январе 1944 года была прорвана 880-дневная блокада Ленинграда. Из бригады регулярно поступали радиограммы с подробной информацией о перемещениях немецких войск по автомобильным и железным дорогам.

«К началу наступления… разведчики бригады установили количество и дислокацию частей, имена командующих, они, фиксировали передвижение штабов и частей 21 вражеской дивизии и бригады и определили местонахождение штабов 38-го армейского корпуса и 18-й армии, а также расположение четырех аэродромов. С началом наступления советских войск… разведчики часто выводили наступающих в тыл и во фланги противника».

Из-за огромного количества партизан в тылу у немцев абвер был буквально завален работой. К лету 1944 года немецкая контрразведка обнаружила 20.000 советских агентов, и предполагалось, что их количество увеличивается на 10.000 каждые три месяца. Наиболее сложно поддавались обнаружению «беспризорники» — подростки, обученные разведке и диверсиям. Даже солдаты вермахта уважали этих ребят за мужество. В одном докладе рассказывается о «подростке», которого поймали, когда он делал пометки о передвижении войск. На допросе он отказался сказать, кто послал его на задание, и «нес явную чушь». Тогда решили его испугать. Вначале его заставили присутствовать на расстреле семи взрослых пленных, а потом велели и самому приготовиться к смерти. В последний момент, когда солдаты уже взяли его на мушку, ему сказали, что его оставят в живых, если он скажет правду.

Мальчик усмехнулся и ответил, что знает, что его убьют, даже если все расскажет. Допрашивающий его офицер вновь пообещал оставить его в живых, если он скажет, кто его послал, на что мальчик ответил: «Я прекрасно знаю, что вы все равно меня убьете, даже если я скажу вам правду. Так вот я сейчас ее говорю — я вам шесть раз соврал и совру в седьмой.»

В докладе не говорится о судьбе мальчика. Скорее всего, его расстреляли.

В годы Великой Отечественной войны научная, а также политическая и военная разведка стали оказывать большое влияние на советскую политику. В области науки наибольшая важность придавалась информации, касающейся атомной бомбы. Первое предупреждение об англо-американском решении создать атомную бомбу поступило, по всей видимости, от Джона Кэрнкросса. В октябре 1940 года этот вопрос подробно обсуждался в Британском комитете по науке, возглавляемом лордом Хэнки, у которого Кэрнкросс работал личным секретарем. Летом 1941 года после секретного доклада комитета «Мауд», в котором предсказывалось — несколько оптимистично, — что к концу 1943 года может быть создано «очень мощное оружие» с использованием урана-235, вопрос снова был поставлен на обсуждение. Комитет по науке, как и комитет «Мауд» признал, что производство атомной бомбы (ей было присвоено кодовое наименование проект «Тьюб эллойз») потребует широкого привлечения к работе Соединенных Штатов, с которыми уже началось секретное сотрудничество. Хэнки стал членом созданного осенью 1941 года консультационного комитета «Тьюб эллойз». Кэрнкросс, несомненно, передал в Центр соответствующую информацию.

В апреле 1942 года М.Г. Первухин, заместитель председателя Совета Народных Комиссаров и нарком химической промышленности, по распоряжению Сталина получил толстое досье с материалами НКВД и ГРУ о работе над атомной бомбой за рубежом. Первухин предложил показать материалы физикам, которые смогут оценить их важность. В мае молодой советский физик Г. Н. Флеров, в то время лейтенант авиации, писал Сталину: «Очень важно не потерять времени и создавать урановую бомбу.» Просматривая американские и английские научные журналы, Флеров обратил внимание, что из них исчезли статьи по ядерному распаду, а имена ведущих в этой области ученых больше не встречаются. Он пришел к правильному выводу, что ядерные исследования засекречены и Соединенные Штаты создают атомную бомбу. Сталин был вне себя от ярости, что ядерную угрозу Советскому Союзу обнаружила не Академия наук, а какой-то лейтенант на фронте.

В конце 1942 года Государственный комитет обороны во главе со Сталиным принял указ об учреждении при Академии наук лаборатории для создания атомной бомбы. Решение было принято в критический момент войны, вопреки советам многих советских ученых, считавших, что на создание бомбы потребуется от десяти до двадцати лет. Было ясно, что использовать бомбу в войне с Германией не придется, но она отвлечет от фронта и без того чрезвычайно скудные ресурсы. Принимая решение о создании атомной бомбы в разгар битвы за Сталинград, Сталин думал не о нуждах Великой Отечественной войны, а о послевоенном мире, в котором, если у США и Англии будет атомная бомба, то и Советский Союз должен ее иметь. В конце 1942 года Сталин, похоже, уже понял, что война может закончиться и без разрушения фашистского государства, и в этом случае Россия окажется перед послевоенной Германией, вооруженной атомным оружием. Но лишь разведывательные данные о работе союзников окончательно убедили Сталина в необходимости создавать атомную бомбу.

Первым и, пожалуй, наиболее важным из «атомных шпионов», которые поставляли научную информацию об англо-американских атомных исследованиях, был Клаус Фукс. Его первые доклады, несомненно, были среди документов, с которыми по приказу Сталина в апреле 1942 года ознакомили сначала Первухина, а затем и других советских физиков. Фукс родился в семье, которую немецкая газета назвала «красные лисы из Киля» («фукс» по-немецки — лиса) за цвет как их волос, так и политических пристрастий. Его отец был выдающимся квакерским лидером из династии протестантских пасторов. Фукс вступил в КПГ в 1932 году в возрасте двадцати одного года, будучи студентом Кильского университета, и стал руководителем студенческой коммунистической группы. После прихода Гитлера к власти ему пришлось бежать из Германии, и в сентябре 1933 года он оказался в Англии на правах беженца. Вскоре он вступил в подпольную КПГ в Англии и выполнял различные мелкие поручения, в основном пропагандистского характера. В 1934 году Фукс начал готовить докторскую диссертацию по физике в Бристольском университете и защитил ее в декабре 1936 года. В Бристоле он принимал активное участие в деятельности подставной организации «Общество культурных связей с Советским Союзом.» На проводившихся в обществе театрализованных чтениях материалов показательных процессов Фукс поразил своего научного руководителя, будущего Нобелевского лауреата сэра Невилла Мотта страстью, с которой он играл Вышинского, «обвиняя подсудимых с такой холодной злобой, которой никак нельзя было предположить в столь тихом и скромном молодом человеке.»