Когда Цезарь вернулся из Испании в Рим, ему поступило огромное количество жалоб на Антония. Но Цезарь тогда нуждался в Антонии и поэтому никакого внимания на эти жалобы не обратил. Он готовился к войне на Балканском полуострове. Несмотря на зимнее время и на господство на Адриатическом море помпеянского флота, Цезарь, стремясь как можно быстрее перенести войну на Балканы и не допустить высадки противника в Италии, переправился со своим авангардом в район Диррахия. Антонию же и другому своему легату Квинту Фуфию Калену (тоже обладавшему пропреторским рангом) он поручил собрать в Брундизии подкрепления и затем следовать за ним на балканский театр военных действий. Поскольку все балканское побережье напротив Брундизия было занято войсками Помпея, Калену выполнить поручение Цезаря не удалось. Тогда главная тяжесть переправы легла на плечи Антония. Помпеянская эскадра во главе с тестем Помпея Люцием Скрибонием Либоном захватала остров, лежащий у выхода из гавани Брундизия, и этим фактически гавань блокировала. Такой успех Либона грозил полностью отрезать армию Цезаря от его италийского тыла и в значительной степени обрекал Цезаря на поражение. Антонию надо было во что бы то ни стало деблокировать Брундизий и прийти на помощь Цезарю. Антоний предпринял совершенно неожиданный маневр. Он вооружил и укрепил свои легкие корабли, на которые посадил воинов, а две триремы сумели заманить боевые корабли Либона непосредственно в гавань Брундизия. И когда эти корабли оказались в гавани, на них со всех сторон налетели легкие суда Антония. Один корабль Либона был захвачен, остальные бежали. Антоний заблаговременно расставил по берегу своих всадников, которые не давали морякам Либона высадиться для пополнения запасов пресной воды. В результате Либон был вынужден отступить и освободить путь из Брундизия на восток.
Эта неудача Либона не смутила помпеянских флотоводцев, и те еще более внимательно стали следить за войсками Антония и Калена, чтобы не допустить их переправы. И все же к концу зимы Антоний вышел из Брундизия. Он рассчитывал на особо благоприятный юго-западный ветер, но все время дул южный. Однако Антоний все-таки снялся с якоря. Ветер переменился именно на юго-западный, которого Антоний так долго и напрасно ждал, но за это время флот Антония миновал лагерь Цезаря и пристал к берегу много севернее, да притом еще и понес по пути некоторые потери. Но все же главное было достигнуто: армия Антония, состоявшая из трех легионов ветеранов, одного легиона новобранцев и 800 всадников, оказалась на балканском берегу Адриатического моря и двинулась на соединение с войском Цезаря. Помпей попытался помешать их соединению, но неудачно. Армии соединились, и это изменило соотношение сил. И хотя перевес все еще был на стороне Помпея (особенно на море), он уже не был столь внушительным. Антоний принимал активное участие и в боях, продолжавшихся в районе Диррахия, и в походе в глубь материка, который Цезарь предпринял, чтобы не дать Помпею эффективно использовать свой флот.
В решающем сражении при Фарсале 9 августа 48 г. до н. э. Антоний командовал левым крылом армии Цезаря. Битва закончилась полной победой Цезаря и бегством Помпея. Отправляясь преследовать бегущего Помпея, Цезарь послал Антония в Рим. После битвы при Фарсале Цезарь снова стал диктатором, и по его приказу консул этого года Публий Сервилии Ватия Исаврик назначил начальником конницы при Цезаре Антония. Некоторые коллеги Антония по авгурату пытались этому воспрепятствовать, ссылаясь на старинное установление, по которому начальник конницы назначался только на шесть месяцев, но консул сумел сломить это сопротивление, ссылаясь на то, что если диктатор назначен на более длительный срок, то и его начальник конницы тоже должен исполнять свои обязанности столько же времени. Таким образом, Антоний стал вторым человеком в государстве, а во время отсутствия Цезаря фактически первым. А Цезарь действительно завяз в восточных делах и долго не мог вернуться в Рим.
Став фактическим наместником Цезаря в Риме и Италии, Антоний был вынужден вплотную заняться некоторыми весьма сложными делами. Цезарь начал свою политическую карьеру как популяр и скоро стал неоспоримым лидером этой «партии». Как говорилось выше, популяры стремились достичь своих целей, опираясь на народные массы и в значительной степени противопоставляя себя сенату, а поэтому проводили или стремились провести те или иные мероприятия в пользу как крестьянства, так и, пожалуй, даже в большей степени, городского плебса. Для широких слоев рядового римского населения победа Цезаря означала появление надежды на удовлетворение своих заветных стремлений. А самым серьезным был в это время долговой вопрос. В 48 г. до н. э. претор Марк Целий Руф выступил с предложением отмены долговых процентов, а затем, встретив сопротивление консула Сервилия Ватин и других властей, взял его обратно, но зато предложил вообще отменить все долговые обязательства и на год отложить квартирную плату. В ответ сенат, по докладу консула, снял Целия с должности и даже вывел из своего состава, а второй претор Гай Требоний с оружием в руках прогнал его с судейского места. Целий направился в Южную Италию, куда на помощь себе призвал Тита Анния Милона, в свое время приговоренного за убийство Клодия к изгнанию, и они оба возглавили народные волнения, причем Милон действовал от имени Помпея. Видимо, население Италии в это время было настроено в большой степени процезаревски и поэтому особенно активной поддержки повстанцам не оказало. Милон и Целий были убиты, и спокойствие в Италии было восстановлено. Все эти дела закончились, по-видимому, еще до возвращения Антония в Рим. Но в следующем году начались новые волнения, с которыми уже пришлось иметь дело Антонию.
В 47 г. до н. э. с программой отмены долгов выступил народный трибун Публий Корнелий Долабелла. Он был еще довольно молодым, но чрезвычайно честолюбивым человеком. Приблизительно три года назад он женился на дочери Цицерона и был тогда противником Цезаря, но, подобно Куриону, из-за нужды в деньгах стал цезарианцем. Он был на 13 лет моложе Антония, но входил в число его друзей. Пользуясь этой дружбой, Долабелла пытался провести свое предложение с помощью всемогущего начальника конницы. Против Долабеллы решительно выступили другой трибун Люций Требеллий, а также близкий друг Цезаря Гай Азиний Поллион. И Антоний встал на их сторону. На это его толкнули и соображения личного порядка. Антоний заподозрил свою жену в измене именно в Долабеллой и с позором выгнал ее из дома. Теперь уже не только о дружбе между Антонием и Долабеллой не могло быть и речи, но и о простом нейтралитете. Антоний решительно выступил против предложения трибуна. В ответ Долабелла со своими сторонниками занял форум. Сенат официально поручил Антонию и восьми народным трибунам, т. е. всем, кроме Долабеллы и ради видимости объективности Требеллия, навести в городе порядок. Антоний только этого и ждал. Опираясь и на свои полномочия, и на постановление сената, он ввел на форум войска и силой подавил движение. Правда, волнения в городе еще продолжались, но до открытого сражения противостояние уже не доходило. Другим делом, с которым пришлось столкнуться Антонию, были волнения среди цезаревских ветеранов в Кампании. Антоний был вынужден сам отправиться в Кампанию и успокоить ветеранов.
В то же время, как и два года назад, Антоний перемежал занятия государственными делами кутежами и любовными приключениями. Выгнав из дома свою жену Антонию, он женился на Фульвии, происходившей из довольно известного плебейского рода, хотя отец ее ничем особенным не был известен. Главное было в другом. Первым мужем Фульвии был тот Публий Клодий Пульхр, который в свое время был неистовым трибуном, вожаком вооруженной банды, красноречивым оратором и ярым врагом Катона и Цицерона. После гибели Клодия Фульвия, уже имевшая двух детей, стала женой Куриона. Но в 49 г. до н. э. Курион, возглавивший войска Цезаря, направленные сначала на Сицилию, а затем в Африку, погиб на африканской земле, и Фульвия снова осталась вдовой. И Клодий, и Курион были друзьями юности Антония, и тот теперь взял дважды овдовевшую Фульвию в жены. Но это не мешало Антонию бесконечно пировать, снова сблизиться не только с Киферидой, но и с другими артистами, которые в римском общественном мнении стояли довольно низко, окружить себя безмерной роскошью и даже разъезжать на колеснице, запряженной львами. Он купил на аукционе значительную часть конфискованного имущества Помпея, включая его дом, но отказался платить всю требуемую сумму и даже возмутился, когда ее от него потребовали. Все это вызвало недовольство в Риме. Низы были недовольны подавлением движения Долабеллы, а верхи возмущены поведением цезаревского наместника, который так демонстративно рвал со старинными традициями и принятыми этическими нормами.
