Вновь вернувшись в Понт, Помпей не стал подготавливать экспедицию против Митридата, а занялся административными делами. Надо было сделать политические выводы из завоеваний Лукулла и своих собственных. Он реорганизовал Понтийское царство. Его западная часть была соединена с Вифинией и образовала одну провинцию Вифинию-Понт, а восточной части он оставил призрачную независимость. Вдоль торгового пути из Вифинии в Армению Помпей основал ряд городов — Помпейополь, Магнополь, Диосполь (Город Зевса), Никополь (Город победы). Вне новых римских границ он разделял территорию Малой Азии между местными царьками, ставшими фактически клиентами Рима. Доказавший свою верность Риму каппадокийский царь Ариобарзан увеличил владения, превратившись в главного стража римских интересов во внутренней части полуострова и обеспечивая сообщение между римскими провинциями в западной и северной частях Малой Азии с Киликией, расположенной в ее юго-восточной части. Под власть Ариобарзана была отдана и Софена, область, пограничная с Арменией, которая раньше была обещана Тиграну младшему, но затем у него отнята. В центре Малой Азии жили галаты, разделенные на четыре племени, которыми управляли так называемые тетрархи (четвертовластники). Теперь число этих областей было сокращено до трех, а правитель наиболее значительного племени Дейотар был сделан царем, и его территория тоже была расширена. Были сделаны и некоторые другие территориальные изменения в этой части мира.
Помпей отменил все распоряжения Лукулла и всячески подчеркивал, что никаких следов от управления Лукулла не должно остаться. Это касалось и сирийских дел. Положение в Сирии было довольно сложным. Последние годы существования династии Селевкидов были отмечены постоянной борьбой между различными представителями этого царского дома. Один сменял другого с пугающей быстротой, и часто свергнутый снова приходил к власти. На границы Сирии нападали арабские племена, набатейский царь Арета захватил Дамаск. Приморские города фактически стали независимыми. В этих условиях сирийцы обратились за помощью к Тиграну, приглашая его на трон. Тот, естественно, с удовольствием откликнулся на этот призыв. Но далеко не вся бывшая держава Селевкидов (точнее, то, что от нее осталось) подчинилась армянскому царю. Сопротивлялись ему финикийские города, а в Птолемаиде на палестинском побережье заперлась бывшая царица Клеопатра Селена. По условиям мира, заключенного Тиграном с Лукуллом, первый очищал Сирию, и Лукулл восстановил на троне сына Клеопатры Селены Антиоха XIII. Но против него выступил его родственник Филипп II. Два арабских шейха вмешались в эту борьбу, каждый на стороне одного из Селевкидов. Но затем они договорились вообще разделить Сирию между собой. Антиох был захвачен в плен царьком Эмесы Сапсикерамом, а Филиппу удалось ускользнуть и обосноваться в сирийской столице Антиохии. Но ненадолго. Вскоре там поднялся мятеж, и этим воспользовался Сапсикерам, который захватил столицу и усадил на трон своего пленника Антиоха. Все это означало агонию Селевкидов, что угрожало римским владениям и римскому влиянию в Малой Азии. И Помпей решил вмешаться.
Еще в 65 г. до н. э. легат Помпея Люций Афраний, который прославился во время войны с Серторием, вторгся в Северную Сирию и усмирил царька Таркомдимота, утвердившегося в горах Аман на северо-западе страны. Затем Помпей направил в Сирию своего квестора Марка Эмилия Скавра. Там уже находились Лоллий и Метелл Непот, которые были легатами Помпея во время войны с пиратами. Теперь они перешли под командование Скавра. Скавр двинулся на Дамаск и отнял его у набатейского царя. Этими действиями были подготовлены условия для прихода в Сирию самого Помпея. И в 64 г. до н. э. Помпей с армией пришел в эту страну. Антиох XIII попытался получить у Помпея подтверждение своего царского достоинства, но Помпей счел его креатурой Лукулла и отказал ему. Не видя никакой возможности сопротивления, Антиох бежал все к тому же Сапсикераму. Однако тому он уже не был нужен, и его убили. С Антиохом XIII сошел со сцены последний представитель династии Селевкидов. Теперь у Помпея были окончательно развязаны руки, и он объявил Сирию римской провинцией.
Но объявить Сирию провинцией еще не означало урегулировать положение в этой стране. В течение 64–63 гг. до н. э. Помпей и занимался ее преобразованием. Большая часть Сирии действительно стала провинцией. Приобретенная при последних Селевкидах независимость приморских городов была ликвидирована, их подчинили римской власти. Некоторые мелкие государства были уничтожены, другие Помпей решил сохранить, но взять под жесткий римский контроль. Так, было сохранено государство Таркондимота в северной части сирийского побережья и прибрежных горах. На юге, в горах Ливана, была сохранена якобы независимая Итурея. Но независимость всех этих царств, как и в Малой Азии, была призрачной.
Помпей не ограничился урегулированием положения в Сирии. В это время к югу от нее в Иудее шла борьба между братьями Аристобулом и Гирканом. Гиркан, которому помогал набатейский царь Арета, осадил Иерусалим, в котором заперся Аристобул. Тогда Аристобул обратился за помощью к Скавру, который в то время действовал в Сирии. Он просто подкупил его, и тот потребовал от Ареты очистить Иудею. Арета, уже потеряв Дамаск, не решился спорить с римским командиром и отступил, а Аристобул нагнал его и разбил. Но в дело вмешался Помпей, к тому времени прибывший в Сирию. Оба брата добивались его благосклонности, но Помпей решил встать на сторону Гиркана. Тот и по характеру был гораздо менее энергичным и способным, чем его брат, да к тому же Аристобул слишком уж возвысился после победы над Аретой. Аристобул попытался лично убедить Помпея изменить позицию, но добился только собственного ареста, после чего римская армия подошла к Иерусалиму. Сторонники Гиркана сумели настоять на открытии ему ворот, но их противники укрепились в храме и не собирались сдаваться. Осада храма продолжалась больше двух месяцев. В конце концов римляне ворвались в храм. Многие его защитники пали в бою, причем их убийцами были не только римляне, но и соотечественники — сторонники Гиркана. Помпей торжественно вошел в захваченный храм и вступил в Святое Святых, особое помещение в храме, где, по преданию, обитал сам Бог и куда входить мог только первосвященник, да и то лишь вдень Пасхи. Помпей передал власть Гиркану. При этом у Иудеи были отняты многие города, особенно приморские, и включены в провинцию Сирию. Отныне правитель Иудеи превратился в римскую марионетку и должен был все свои действия согласовывать с наместником Сирии.
Помпей решил добиться подчинения Набатеи. Но в это время он получил известия о событиях на Боспоре. Там против отца восстал сын Митридата Фарнак, поддержанный армией. Попытки подавить мятеж или договориться с Фарнаком не удались, и вскоре Митридат был окружен в собственном дворце на горе в центре Пантикапея, столицы Боспора. Не желая попасть живым в руки мятежного сына, он решил покончить с собой, приняв яд. Но яд не подействовал на крепкий организм царя, и тогда он попросил некоего Битоита, командира галльских наемников, заколоть его. Тот выполнил просьбу Митридата. Узнав обо всем этом, Помпей тотчас покинул Иудею и направился в Малую Азию. Там в Синопе, бывшей столице Понта, он встретился с послами Фарнака, который просил его либо отдать ему все бывшее царство отца, либо по крайней мере Боспорское царство. Помпей согласился на последнее. Самого Митридата Помпей пышно похоронил в царской гробнице.
Со смертью Митридата и подчинением Фарнака миссия, возложенная на Помпея законом Манилия, была выполнена, и он мог спокойно возвращаться в Рим, чем он и занимался торжественно, не торопясь, наслаждаясь отдыхом, почестями и пирами в течение 63–62 гг. до н. э. В Рим он еще в 63 г. до н. э. отправил своего шурина Квинта Цецилия Металла Непота, который был избран народным трибуном на следующий год. Непот по поручению Помпея, который считал Цицерона своим врагом, начал против него пропагандистскую кампанию, обвиняя его в незаконной казни римских граждан. Непот предложил разрешить Помпею заочно баллотироваться в консулы и вызвать его из Азии для войны с Катилиной. Эти предложения из-за решительного противодействия Катона были отвергнуты, да и с Цицероном расправиться не удалось. Правда, сам Цицерон попробовал найти общий язык с Помпеем, предлагая ему дружбу и выражая надежду на возвращение с Помпеем в Рим спокойствия и мира. После неудачи миссии Непота Помпей отправил в Рим письмо с просьбой отложить консульские выборы, чтобы он мог лично поддержать на этих выборах своего легата Марка Пупия Пизона. Против этого опять же решительно выступил Катон, и просьба была отвергнута. Правда, Пизон был все же избран вместе с Марком Валерием Мессалой, но по авторитету Помпея был нанесен сильный удар: ему ясно показали, что сенат не потерпит его возвышения, хотя Помпея и его войска очень боялись. Когда в Рим пришло известие о возвращении Помпея, его соперник Красе предпочел уехать из Италии.
